PDB-6q1b: Crystal structure of oxidized iodotyrosine deiodinase (IYD) bound...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6q1b

タイトル

Crystal structure of oxidized iodotyrosine deiodinase (IYD) bound to FMN and 3-fluoro-L-tyrosine

要素

iodotyrosine deiodinase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / flavoprotein / dehalogenase / thermophile / halotyrosine

機能・相同性

機能・相同性情報

L-tyrosine binding / iodotyrosine deiodinase / iodotyrosine deiodinase activity / tyrosine metabolic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga neapolitana (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.596 Å

データ登録者

Sun, Z. / Kavran, J.M. / Rokita, S.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of oxidized Tn IYD bound to FMN and 3-fluoro-L-tyrosine
著者: Sun, Z. / Kavran, J.M. / Rokita, S.E.

履歴

登録	2019年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6q1b.cif.gz	255.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6q1b.ent.gz	206.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6q1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6q1b_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6q1b_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	6q1b_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	6q1b_validation.cif.gz	31 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/6q1b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6q1l-d 6pz0-d 4fea-d 5its-1 3slh-2 4k9h-3 5qdd-2 4jqz-d 1szm-1 2jed-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: iodotyrosine deiodinase

B: iodotyrosine deiodinase

ヘテロ分子

47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.305, 80.772, 102.076
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	iodotyrosine deiodinase / IYD 分子量: 22892.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga neapolitana (strain ATCC 49049 / DSM 4359 / NS-E) (バクテリア) 株: ATCC 49049 / DSM 4359 / NS-E / 遺伝子: CTN_0569 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9K712, iodotyrosine deiodinase
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-YOF / 3-FLUOROTYROSINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 199.179 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀FNO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM sodium citrate, pH 4.5, 3 M sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月6日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97946 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.596→39.08 Å / Num. obs: 47254 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 26.1 % / B_iso Wilson estimate: 17.37 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 17

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.6-1.62	22.7	1.618	49162	2162	0.883	0.332	1.653	2.1	93.2
8.74-39.08	23.8	0.068	8477	356	0.999	0.014	0.069	34	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.596→37.554 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.93

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2032	2382	5.05 %
R_work	0.1657	-	-
obs	0.1676	47170	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 209.19 Å² / B_iso mean: 26.8259 Å² / B_iso min: 9.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.596→37.554 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3089	0	133	407	3629
B_iso mean	-	-	14.65	37.13	-
残基数	-	-	-	-	369

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	3298
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.393	4479
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	467
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	560
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.845	1297

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.596-1.6281	0.4543	124	0.4012	2473	94
1.6281-1.6635	0.3299	132	0.2925	2572	100
1.6635-1.7022	0.3032	132	0.2218	2629	100
1.7022-1.7448	0.2369	144	0.193	2583	100
1.7448-1.7919	0.2284	134	0.1834	2614	100
1.7919-1.8447	0.2087	145	0.1872	2619	100
1.8447-1.9042	0.2329	154	0.1898	2597	100
1.9042-1.9723	0.229	151	0.1777	2615	100
1.9723-2.0512	0.2166	118	0.1612	2620	100
2.0512-2.1446	0.2183	121	0.1577	2653	100
2.1446-2.2576	0.1841	149	0.1453	2632	100
2.2576-2.399	0.1781	141	0.16	2636	100
2.399-2.5842	0.2537	160	0.1707	2642	100
2.5842-2.8442	0.1997	138	0.1773	2658	100
2.8442-3.2556	0.1952	142	0.1638	2703	100
3.2556-4.1009	0.1704	139	0.1283	2698	100
4.1009-37.554	0.1603	158	0.1481	2844	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -5.7218 Å / Origin y: -3.4097 Å / Origin z: 6.9105 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.112 Å²	-0.0045 Å²	-0.0034 Å²	-	0.1177 Å²	-0.0048 Å²	-	-	0.1082 Å²
L	0.553 °²	-0.0725 °²	0.0457 °²	-	0.5398 °²	-0.3831 °²	-	-	0.5644 °²
S	-0.0081 Å °	0.0205 Å °	-0.0262 Å °	-0.0144 Å °	0.0192 Å °	0.0153 Å °	0.0071 Å °	-0.0198 Å °	-0.0145 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 301
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	502
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	3 - 301
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	502
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	2 - 5
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	6
7	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 419

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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