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万見
- PDB-6q0a: Crystal structure of MurA from Clostridium difficile, mutation C1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6q0a
タイトルCrystal structure of MurA from Clostridium difficile, mutation C116D, n the presence of UDP-N-acetylmuramic acid
要素UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
キーワードTRANSFERASE / antibiotics / peptidoglycan / clostridium difficile
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enolpyruvate transferase domain / Alpha-beta prism / UDP-n-acetylglucosamine1-carboxyvinyl-transferase; Chain / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EPZ / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Peptoclostridium difficile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Dopkins, B.J. / Call, C.J. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115921 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MurA from Clostridium difficile, mutation C116D, n the presence of UDP-N-acetylmuramic acid
著者: Dopkins, B.J. / Call, C.J. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2019年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7113
ポリマ－44,9701
非ポリマー7412
水4,990277
1
A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子

A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子

A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子

A: UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,84612
ポリマ－179,8804
非ポリマー2,9668
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area11330 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area53020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.409, 139.409, 139.409
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / Enoylpyruvate transferase / UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase / EPT


分子量: 44969.926 Da / 分子数: 1 / 変異: C116D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Peptoclostridium difficile (strain 630) (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: murA, CD630_01230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(2)
参照: UniProt: Q18CL1, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-EPZ / (2R)-2-{[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-2-{[(S)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-5-hydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}propanoic acid / UDP-N-アセチルムラミン酸


分子量: 679.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H31N3O19P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10% PEG 8000, 1 M NMe4Cl, 200 mM NaCl, 100 mM MOPS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 53427 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.9 % / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 80.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 2379 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 89.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6q03

6q03


解像度: 1.65→29.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.804 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.088
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1998 2693 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.1707 50734 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.01 Å2 / Biso mean: 27.509 Å2 / Biso min: 15.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→29.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3111 0 48 277 3436
Biso mean--22.66 35.61 -
残基数----416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133224
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0173152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7321.6394370
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6181.5757320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3245421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.80723.796137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.48915577
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2581514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2455
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02576
LS精密化 シェル解像度: 1.654→1.697 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 177 -
Rwork0.272 3734 -
all-3911 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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