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Yorodumi- PDB-6pxl: 3.74 Angstroms resolution structure of HlsU with an axial-channel plug -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6pxl | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | 3.74 Angstroms resolution structure of HlsU with an axial-channel plug | ||||||
Components | ATP-dependent protease ATPase subunit HslU | ||||||
Keywords | HYDROLASE / AAA+ ATPase / peptidase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationprotein denaturation / HslUV protease complex / proteasome-activating activity / protein unfolding / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / cellular response to heat / response to heat / protein domain specific binding / magnesium ion binding ...protein denaturation / HslUV protease complex / proteasome-activating activity / protein unfolding / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / cellular response to heat / response to heat / protein domain specific binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.741 Å | ||||||
Authors | Baytshtok, V. / Grant, R.A. / Sauer, R.T. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Cell Rep / Year: 2021Title: Heat activates the AAA+ HslUV protease by melting an axial autoinhibitory plug. Authors: Baytshtok, V. / Fei, X. / Shih, T.T. / Grant, R.A. / Santos, J.C. / Baker, T.A. / Sauer, R.T. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6pxl.cif.gz | 1.8 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6pxl.ent.gz | 1.6 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6pxl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/6pxl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/6pxl | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6pxiC ![]() 6pxkC ![]() 1do0S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 50967.012 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-ADP / #3: Chemical | #4: Chemical | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 57.03 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 0.2 M ammonium sulfate, 18% PEG-3350, 0.1 M TRIS pH 7.5 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9792 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 6, 2016 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.74→100 Å / Num. obs: 68296 / % possible obs: 94.62 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 10.3 |
| Reflection shell | Resolution: 3.74→3.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 1.17 / Num. unique obs: 68296 / CC1/2: 0.691 / Rpim(I) all: 0.397 / Rrim(I) all: 0.694 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1DO0 Resolution: 3.741→49.56 Å / SU ML: 0.52 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 29.03
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 388.31 Å2 / Biso mean: 159.6123 Å2 / Biso min: 68.93 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.741→49.56 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
Citation










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