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- PDB-6pwj: Vibrio cholerae LapD S helix-GGDEF-EAL (apo) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pwj
タイトルVibrio cholerae LapD S helix-GGDEF-EAL (apo)
要素GGDEF and EAL domain-containing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / biofilm formation / cell adhesion / c-di-GMP signaling / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / membrane => GO:0016020 / nucleotide binding / signal transduction / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
LapD/MoxY, periplasmic domain / LapD/MoxY periplasmic domain, C-terminal / LapD/MoxY periplasmic domain / EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain ...LapD/MoxY, periplasmic domain / LapD/MoxY periplasmic domain, C-terminal / LapD/MoxY periplasmic domain / EAL domain / : / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / HAMP domain profile. / HAMP domain / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein / GGDEF and EAL domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Giglio, K.M. / Cooley, R.B. / Sondermann, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123609 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103485 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1332208 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: A Conserved Regulatory Circuit Controls Large Adhesins in Vibrio cholerae.
著者: Kitts, G. / Giglio, K.M. / Zamorano-Sanchez, D. / Park, J.H. / Townsley, L. / Cooley, R.B. / Wucher, B.R. / Klose, K.E. / Nadell, C.D. / Yildiz, F.H. / Sondermann, H.
履歴
登録2019年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GGDEF and EAL domain-containing protein
B: GGDEF and EAL domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8495
ポリマ－94,6502
非ポリマー1993
水19811
1
A: GGDEF and EAL domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3492
ポリマ－47,3251
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GGDEF and EAL domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5003
ポリマ－47,3251
非ポリマー1742
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.830, 129.830, 114.441
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"

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要素

#1: タンパク質 GGDEF and EAL domain-containing protein


分子量: 47325.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 (コレラ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H6T0A6, UniProt: A0A0H3AFX3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.5 M sodium acetate trihydrate, pH 7.0 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.6309 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6309 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→19.534 Å / Num. obs: 29068 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 45.17 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.7-2.837.70.4142966638680.9220.1590.4454.795.7
8.95-19.535.70.06843477600.9910.0280.07422.983.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimless0.5.8データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→12.69 Å / SU ML: 0.3158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.7815
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2427 1974 6.84 %
Rwork0.1987 26871 -
obs0.2017 28845 94.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→12.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6486 0 12 11 6509
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00136627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.36638961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0386994
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00251159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.42723926
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.770.29371400.25011898X-RAY DIFFRACTION95.19
2.77-2.840.34811410.25581926X-RAY DIFFRACTION95.34
2.84-2.920.28211420.25261907X-RAY DIFFRACTION95.13
2.92-3.020.2931450.24371914X-RAY DIFFRACTION94.75
3.02-3.120.29831420.24651912X-RAY DIFFRACTION94.22
3.12-3.250.26111380.23081904X-RAY DIFFRACTION94.58
3.25-3.390.26851460.22011930X-RAY DIFFRACTION94.84
3.39-3.570.22231390.21141911X-RAY DIFFRACTION94.43
3.57-3.780.24581400.1951921X-RAY DIFFRACTION94.45
3.78-4.070.25541420.18111927X-RAY DIFFRACTION93.92
4.07-4.460.2051380.16541917X-RAY DIFFRACTION93.54
4.46-5.070.1961420.1651915X-RAY DIFFRACTION93.37
5.07-6.260.22311370.19371925X-RAY DIFFRACTION92.47
6.26-12.690.21921420.17321964X-RAY DIFFRACTION91.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.27492232743-0.491612869045-0.3269072520211.05061292107-0.02193262527161.20317381740.2251340053250.2530852148930.387474460764-0.0981968785653-0.0511950602182-0.0148071698198-0.0220229704142-0.117292411892-0.140839035070.276034081999-0.06255185181890.06114646620240.3071628086820.03539344236630.29246754830753.719172269-47.40944347575.55506062046
22.32497471326-0.7771316002340.1601022523181.43600524470.05452525723151.167159464930.1461761811480.38548968852-0.497060135761-0.1315038910850.0225178128974-0.005554786348450.2331726429110.090826380761-0.1774217847250.319647946959-0.04660864670970.005192771984430.401954756144-0.111226944420.43108991102134.161756718-73.498400377614.0053848972
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 221:636
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND RESID 221:636

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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