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- PDB-6pw3: LARP1 DM15 FYRE (F844Y, R847E) mutant bound to m7GpppG dinucleoti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pw3
タイトルLARP1 DM15 FYRE (F844Y, R847E) mutant bound to m7GpppG dinucleotide (capG)
要素La-related protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / HEAT-like / cap-binding / TOP mRNA / translation regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to rapamycin / translation activator activity / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA cap binding / TORC1 signaling / response to amino acid starvation / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA stabilization / post-transcriptional regulation of gene expression / positive regulation of macroautophagy ...cellular response to rapamycin / translation activator activity / eukaryotic initiation factor 4E binding / RNA cap binding / TORC1 signaling / response to amino acid starvation / RNA 7-methylguanosine cap binding / mRNA stabilization / post-transcriptional regulation of gene expression / positive regulation of macroautophagy / ribosomal small subunit binding / TOR signaling / positive regulation of translational initiation / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / cell population proliferation / negative regulation of translation / cadherin binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / RNA binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LARP1 HEAT repeat region / Protein of unknown function DM15 / Tandem repeat in fly CG14066 (La related protein), human KIAA0731 and worm R144.7. Unknown function. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE / La-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Lahr, R.M. / Berman, A.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
American Cancer Society
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Capturing the Mechanism Underlying TOP mRNA Binding to LARP1.
著者: Cassidy, K.C. / Lahr, R.M. / Kaminsky, J.C. / Mack, S. / Fonseca, B.D. / Das, S.R. / Berman, A.J. / Durrant, J.D.
履歴
登録2019年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: La-related protein 1
A: La-related protein 1
B: La-related protein 1
D: La-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0487
ポリマ－78,4174
非ポリマー1,6313
水81145
1
C: La-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4082
ポリマ－19,6041
非ポリマー8031
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: La-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6292
ポリマ－19,6041
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: La-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4082
ポリマ－19,6041
非ポリマー8031
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: La-related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6041
ポリマ－19,6041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.582, 87.355, 72.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.367, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
La-related protein 1 / La ribonucleoprotein domain family member 1


分子量: 19604.201 Da / 分子数: 4 / 変異: F844Y, R847E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LARP1, KIAA0731, LARP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PKG0
#2: 化合物 ChemComp-GTG / 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE / MRNA CAP ANALOG N7-METHYL GPPPG / 7-メチルGp3G


分子量: 803.440 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N10O18P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 100 mM Hepes 7.5, 0.08 M NaCl, 36% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X17B1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→29.3 Å / Num. obs: 30894 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 54.3315929648 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.34→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Num. unique obs: 2210

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZC4

4zc4


解像度: 2.34→29.24 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2672 1905 6.5 %
Rwork0.2205 --
obs0.2235 29243 94.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 74.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.34→29.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4961 0 105 45 5111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001604374000525299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5404504692487141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0286194663413669
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00122497334352893
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.87317633393013
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.34-2.40050.37491110.30851644X-RAY DIFFRACTION80.7639208468
2.4005-2.46540.371320.30051731X-RAY DIFFRACTION84.566500227
2.4654-2.53790.31181250.28551784X-RAY DIFFRACTION87.0497036024
2.5379-2.61970.32361230.27261881X-RAY DIFFRACTION91.2568306011
2.6197-2.71330.29131310.26471925X-RAY DIFFRACTION93.7528499772
2.7133-2.82180.30321490.27791964X-RAY DIFFRACTION95.39503386
2.8218-2.95020.42131290.27561996X-RAY DIFFRACTION96.5909090909
2.9502-3.10550.34911490.27682008X-RAY DIFFRACTION97.6018099548
3.1055-3.29990.31071300.26352034X-RAY DIFFRACTION98.6326344576
3.2999-3.55420.28081420.23442050X-RAY DIFFRACTION99.2753623188
3.5542-3.91120.23971520.20492067X-RAY DIFFRACTION99.4621246078
3.9112-4.47540.21461430.18362064X-RAY DIFFRACTION99.5040577096
4.4754-5.63190.21331460.17932076X-RAY DIFFRACTION99.8651685393
5.6319-29.240.25681430.20052114X-RAY DIFFRACTION99.4273127753

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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