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- PDB-6ptk: Crystal structure of the sulfatase PsS1_NC C84A with bound sulfate ion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ptk
タイトルCrystal structure of the sulfatase PsS1_NC C84A with bound sulfate ion
要素exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase
キーワードHYDROLASE / S1 sulfatase
機能・相同性Sulfatases signature 1. / Sulfatase, conserved site / sulfuric ester hydrolase activity / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3,6-anhydro-D-galactose / 4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / Sulfatase
機能・相同性情報
生物種Pseudoalteromonas fuliginea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Hettle, A.G. / Boraston, A.B.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2019
タイトル: Insights into the kappa / iota-carrageenan metabolism pathway of some marinePseudoalteromonasspecies.
著者: Hettle, A.G. / Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Vickers, C. / Abe, K.T. / Salama-Alber, O. / McGuire, B.E. / Hehemann, J.H. / Hui, J.P.M. / Berrue, F. / Banskota, A. / Zhang, J. / Bottos, E.M. / ...著者: Hettle, A.G. / Hobbs, J.K. / Pluvinage, B. / Vickers, C. / Abe, K.T. / Salama-Alber, O. / McGuire, B.E. / Hehemann, J.H. / Hui, J.P.M. / Berrue, F. / Banskota, A. / Zhang, J. / Bottos, E.M. / Van Hamme, J. / Boraston, A.B.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier ...chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase
B: exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase
C: exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase
D: exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,73549
ポリマ－226,6514
非ポリマー4,08445
水33,2021843
1
A: exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase
B: exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase
ヘテロ分子

A: exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase
B: exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,64348
ポリマ－226,6514
非ポリマー3,99244
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area16170 Å2
ΔGint-235 kcal/mol
Surface area62940 Å2
手法PISA
2
C: exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase
D: exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase
ヘテロ分子

C: exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase
D: exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,82750
ポリマ－226,6514
非ポリマー4,17646
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area16500 Å2
ΔGint-238 kcal/mol
Surface area62220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.830, 110.680, 175.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.380, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1090-

HOH

21A-1137-

HOH

31B-1104-

HOH

41B-1148-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24D
15B
25C
16B
26D
17B
27D
18C
28D
19C
29D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA36 - 50726 - 497
21LEULEUBB36 - 50726 - 497
12LEULEUAA36 - 50726 - 497
22LEULEUCC36 - 50726 - 497
13ALAALAAA36 - 41326 - 403
23ALAALADD36 - 41326 - 403
14PHEPHEAA415 - 506405 - 496
24PHEPHEDD415 - 506405 - 496
15LEULEUBB36 - 50726 - 497
25LEULEUCC36 - 50726 - 497
16ALAALABB36 - 41326 - 403
26ALAALADD36 - 41326 - 403
17PHEPHEBB415 - 506405 - 496
27PHEPHEDD415 - 506405 - 496
18ALAALACC36 - 41326 - 403
28ALAALADD36 - 41326 - 403
19PHEPHECC415 - 506405 - 496
29PHEPHEDD415 - 506405 - 496

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
exo-2S-iota carrageenan S1 sulfatase


分子量: 56662.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas fuliginea (バクテリア)
株: PS47 / 遺伝子: EU509_08820 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A063KNC1*PLUS
#4: 糖
ChemComp-G4S / 4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / 4-O-sulfo-beta-D-galactose / 4-O-sulfo-D-galactose / 4-O-sulfo-galactose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O9S
識別子タイププログラム
DGalp[4S]bCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
4-sulfo-b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Galp4SO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 6種, 1884分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-9RN / 3,6-anhydro-D-galactose / 3,6-アンヒドロ-α-D-ガラクトピラノ-ス


分子量: 162.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O5
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1843 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, Na cacodylate, Ca acetate, LiCl2, glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→68.78 Å / Num. obs: 201748 / % possible obs: 87 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / Rmerge(I) obs: 0.202 / Num. unique obs: 28359

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0253精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PT4

6pt4


解像度: 1.75→56.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.605 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.091
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1625 10249 5.1 %RANDOM
Rwork0.1396 ---
obs0.1407 191489 87.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 53.81 Å2 / Biso mean: 13.625 Å2 / Biso min: 5.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20.45 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→56.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15068 0 232 1843 17143
Biso mean--19.21 23.25 -
残基数----1888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01315749
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01713935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6341.65921345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5021.58732421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.95551892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.95922.46866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.746152550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5891596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.21968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0217611
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023353
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A167550.04
12B167550.04
21A167860.04
22C167860.04
31A130540.04
32D130540.04
41A31250.03
42D31250.03
51B167750.04
52C167750.04
61B131180.04
62D131180.04
71B31210.04
72D31210.04
81C130530.04
82D130530.04
91C31470.04
92D31470.04
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 740 -
Rwork0.17 13646 -
all-14386 -
obs--84.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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