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- PDB-6psc: Antibody scFv-M204 trimeric state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6psc
タイトルAntibody scFv-M204 trimeric state
要素scFv-M204 antibody
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-tau-oligomer scFv antibody
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Abskharon, R. / Sawaya, M.R. / Seidler, P.M. / Cascio, D. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)1R01 AG029430 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)RF1 AG054022 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1F32 NS095661 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1F32 NS095661 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a conformational antibody that binds tau oligomers and inhibits pathological seeding by extracts from donors with Alzheimer's disease.
著者: Abskharon, R. / Seidler, P.M. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yang, T.P. / Philipp, S. / Williams, C.K. / Newell, K.L. / Ghetti, B. / DeTure, M.A. / Dickson, D.W. / Vinters, H.V. / Felgner, P.L. ...著者: Abskharon, R. / Seidler, P.M. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yang, T.P. / Philipp, S. / Williams, C.K. / Newell, K.L. / Ghetti, B. / DeTure, M.A. / Dickson, D.W. / Vinters, H.V. / Felgner, P.L. / Nakajima, R. / Glabe, C.G. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年8月12日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv-M204 antibody
B: scFv-M204 antibody
C: scFv-M204 antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,1863
ポリマ－81,1863
非ポリマー00
水00
1
A: scFv-M204 antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0621
ポリマ－27,0621
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: scFv-M204 antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0621
ポリマ－27,0621
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: scFv-M204 antibody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0621
ポリマ－27,0621
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.160, 60.160, 526.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 232 / Label seq-ID: 2 - 245

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 scFv-M204 antibody


分子量: 27061.957 Da / 分子数: 3 / 断片: scFv / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pMES4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate pH 5.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→65.8 Å / Num. obs: 10789 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 2.28 % / Biso Wilson estimate: 50.434 Å2 / CC1/2: 0.953 / Rmerge(I) obs: 0.24 / Rrim(I) all: 0.303 / Χ2: 0.922 / Net I/σ(I): 3.69 / Num. measured all: 24601
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.6-3.692.220.9230.9317658737950.4581.17291.1
3.69-3.792.1020.8170.9916318577760.6521.04290.5
3.79-3.92.3390.7191.4517198237350.610.90189.3
3.9-4.032.3480.5391.7318488427870.7880.6893.5
4.03-4.162.3370.3962.3516227566940.8610.49891.8
4.16-4.32.2860.2893.1216058017020.9110.36787.6
4.3-4.472.3350.2883.1115347156570.9210.36291.9
4.47-4.652.2470.2113.9914817426590.9510.26888.8
4.65-4.852.3180.1794.5712986605600.9710.22484.8
4.85-5.092.120.1854.4312216745760.9580.23685.5
5.09-5.372.4450.1854.6713696435600.9520.22987.1
5.37-5.692.3640.1954.3912535955300.9440.24489.1
5.69-6.092.4350.1974.2412325975060.9550.24584.8
6.09-6.572.4070.1914.5511055264590.9380.23787.3
6.57-7.22.180.1874.279225004230.9440.23684.6
7.2-8.052.1170.1165.688324533930.9840.14886.8
8.05-9.32.3380.0788.458304183550.9940.09684.9
9.3-11.382.2610.0739.996673692950.990.08979.9
11.38-16.12.1010.069.774372992080.9930.07469.6
16.1-65.81.9330.0699.462301951190.9940.08461

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PK8

6pk8


解像度: 3.6→65.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 101.953 / SU ML: 0.607 / SU R Cruickshank DPI: 0.6456 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.797
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2821 1079 10 %RANDOM
Rwork0.2516 ---
obs0.2545 9710 87.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 173.94 Å2 / Biso mean: 86.286 Å2 / Biso min: 54.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→65.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5103 0 0 0 5103
残基数----675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135232
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.6537137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2671.56510887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6635669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.33822.286210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.28815801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6511521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021113
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A69710.05
12B69710.05
21A69370.05
22C69370.05
31B69850.03
32C69850.03
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.693 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 79 -
Rwork0.381 715 -
all-794 -
obs--91.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7415-0.5126-0.04830.58660.07521.4293-0.0051-0.3118-0.0215-0.32990.2099-0.07470.0443-0.1879-0.20490.502-0.00770.02950.27840.00370.305425.12182.403251.3722
20.63980.2854-0.87282.22880.88831.97840.03120.04690.00140.07340.0873-0.17130.0611-0.0262-0.11850.3601-0.008-0.02110.3601-0.00770.309631.317711.31970.161
30.81040.46240.67020.7930.28171.437-0.03120.0690.09210.02940.07050.0109-0.072-0.0593-0.03930.48660.02310.00390.30020.00970.259526.746138.504240.4895
40.62310.82470.23121.4577-0.10271.5952-0.079-0.0254-0.2115-0.3322-0.0145-0.4211-0.0489-0.05610.09350.59170.00920.15480.3295-0.00420.158837.46929.272324.1093
51.73890.80170.10581.43320.54270.46130.13610.43050.04990.1387-0.03870.0432-0.0295-0.0042-0.09740.68-0.01-0.03430.3892-0.01310.059211.322117.92067.5596
61.1155-0.5203-0.27870.4070.23282.65850.077-0.1603-0.0745-0.1990.24060.00310.0574-0.0933-0.31760.4917-0.0371-0.10870.2852-0.04230.237715.372910.284927.4337
700000000000000-00.3819000.381900.3819000
800000000000000-00.3819000.381900.3819000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 119
2X-RAY DIFFRACTION2A120 - 232
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4B120 - 232
5X-RAY DIFFRACTION5C2 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6C120 - 232
7X-RAY DIFFRACTION7D2 - 119
8X-RAY DIFFRACTION8D120 - 232

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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