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- PDB-1qok: MFE-23 AN ANTI-CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN SINGLE-CHAIN FV ANTIBODY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qok
タイトルMFE-23 AN ANTI-CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN SINGLE-CHAIN FV ANTIBODY
要素MFE-23 RECOMBINANT ANTIBODY FRAGMENT
キーワードIMMUNOGLOBULIN / SINGLE-CHAIN FV / ANTI-CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Anti-VIPase light chain variable region
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Boehm, M.K. / Corper, A.L. / Wan, T. / Sohi, M.K. / Sutton, B.J. / Thornton, J.D. / Keep, P.A. / Chester, K.A. / Begent, R.H.J. / Perkins, S.J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structure of the Anti-Carcinoembryonic Antigen Single-Chain Fv Antibody Mfe-23 and a Model for Antigen Binding Based on Intermolecular Contacts
著者: Boehm, M.K. / Corper, A.L. / Wan, T. / Sohi, M.K. / Sutton, B.J. / Thornton, J.D. / Keep, P.A. / Chester, K.A. / Begent, R.H.J. / Perkins, S.J.
履歴
登録1999年11月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年7月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52019年5月29日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.62019年9月25日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.72023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.82024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MFE-23 RECOMBINANT ANTIBODY FRAGMENT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8751
ポリマ－29,8751
非ポリマー00
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.700, 61.700, 128.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: 抗体 MFE-23 RECOMBINANT ANTIBODY FRAGMENT


分子量: 29874.986 Da / 分子数: 1 / 断片: SINGLE-CHAIN FV / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ANTI-CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN SINGLE-CHAIN FRAGMENT CONTAINING AN N-TERMINAL VH DOMAIN LINKED BY A 3 (4GLY-SER) LINKER TO A VL DOMAIN AND A C-TERMINAL MYC TAG
由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PUC119 / 細胞内の位置 (発現宿主): EXTRACELLULAR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: GenBank: 2299568, UniProt: Q8K1F2*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細SUBDIVISION OF CHAIN: A (C=CHAIN IDENTIFIER; RES1=START RESIDUE; RES1=END RESIDUE;A=ALT CHAIN ...SUBDIVISION OF CHAIN: A (C=CHAIN IDENTIFIER; RES1=START RESIDUE; RES1=END RESIDUE;A=ALT CHAIN IDENTIFIER) C RES1 RES2 A A 27 146 H IMMUNOGLOBULIN VH FRAGMENT A 147 161 LINKER A 162 270 L IMMUNOGLOBULIN VL FRAGMENT A 271 282 C-TERMINAL MYC TAG
Has protein modificationY
配列の詳細MFE-23 IS A RECOMBINANT PROTEIN THAT WAS PRODUCED FROM THE RANDOM COMBINATION OF A MOUSE VH AND VL ...MFE-23 IS A RECOMBINANT PROTEIN THAT WAS PRODUCED FROM THE RANDOM COMBINATION OF A MOUSE VH AND VL IMMUNOGLOBULIN DOMAINS IN A PHAGE DISPLAY LIBRARY. THE SEQUENCE IS PUBLISHED IN INTERNATIONAL PATENT APPLICATION PCT/GB94/02658.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD AT 18 DEGREES (CELSIUS). PROTEIN SOLUTION (2 MG/ML) WAS MIXED 1:1 WITH 100 MM TRIS-HCL (PH6.5) CONTAINING 45% SATURATED ...詳細: CRYSTALS WERE GROWN BY THE HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD AT 18 DEGREES (CELSIUS). PROTEIN SOLUTION (2 MG/ML) WAS MIXED 1:1 WITH 100 MM TRIS-HCL (PH6.5) CONTAINING 45% SATURATED AMMONIUM SULPHATE. A 10 UL DROPLET OF THIS MIXTURE WAS EQULIBRATED AGAINST 0.5 ML 100 MM TRIS-HCL (PH6.5) IN 45% AMMONIUM SULPHATE., pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
322.5 %satammonium sulfate1drop
4100 mMTris-HCl1reservoir
545 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: R-AXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年3月15日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→15 Å / Num. obs: 11539 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 30.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Num. unique obs: 1613

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FBJ

2fbj


解像度: 2.4→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.009
交差検証法: THROUGHOUT EXCEPT FOR FINAL REFINEMENT CYCLE
σ(F): 2
詳細: IN THE FINAL REFINEMENT CYCLE, THE WORKING AND TEST SETS WERE MERGED. AFTER THIS REFINEMENT, THE MODEL HAD AN R-FACTOR OF 19.0% AGAINST ALL REFLECTIONS BETWEEN 8.0 AND 2.4 ANGSTROMS..
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 933 8.1 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.205 11509 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1731 0 0 96 1827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.68
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.32
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 85 7.8 %
Rwork0.325 1007 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 11204 / Num. reflection Rfree: 909 / % reflection Rfree: 8.5 % / Rfactor all: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.32
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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