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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pqb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of aminoglycoside-resistance methyltransferase RmtC bound to S-adenosylhomocysteine (SAH) | ||||||
![]() | 16S rRNA (guanine(1405)-N(7))-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase / ribosome / aminoglycoside resistance / S-adenosylhomocysteine | ||||||
機能・相同性 | 16S rRNA (guanine1405-N7)-methyltransferase / Ribosomal RNA aminoglycoside-resistance methyltransferase, Gram-negative bacteria / Ribosomal RNA aminoglycoside-resistance methyltransferase / Ribosomal RNA methyltransferase (FmrO) / rRNA methyltransferase activity / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / response to antibiotic / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / 16S rRNA (guanine(1405)-N(7))-methyltransferase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nosrati, M. / Hoffer, E.D. / Conn, G.L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Functionally critical residues in the aminoglycoside resistance-associated methyltransferase RmtC play distinct roles in 30S substrate recognition. 著者: Nosrati, M. / Dey, D. / Mehrani, A. / Strassler, S.E. / Zelinskaya, N. / Hoffer, E.D. / Stagg, S.M. / Dunham, C.M. / Conn, G.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 446.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 371.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6cn0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32290.963 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q33DX5, 16S rRNA (guanine1405-N7)-methyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-SAH / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.97 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1 M Na HEPES pH 7.0, 3 mM mellitic acid PH範囲: 6.8-7.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.14→41 Å / Num. obs: 32552 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 10.82 |
反射 シェル | 解像度: 3.14→3.25 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 3224 / CC1/2: 0.419 / Rpim(I) all: 0.87 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6CN0 解像度: 3.14→40.885 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.25
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 256.43 Å2 / Biso mean: 134.1971 Å2 / Biso min: 68.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.14→40.885 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 136.1806 Å / Origin y: 124.3803 Å / Origin z: 23.0524 Å
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精密化 TLSグループ |
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