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- PDB-6ppn: Structure of S. pombe Lsm2-8 with unprocessed U6 snRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ppn
タイトルStructure of S. pombe Lsm2-8 with unprocessed U6 snRNA
要素
  • (Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 2
  • (U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 5
  • Mimic of unprocessed U6 snRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm2-8 complex / chromosome, telomeric repeat region / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm2-8 complex / chromosome, telomeric repeat region / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / telomerase holoenzyme complex / telomerase RNA binding / U2 snRNP / P-body assembly / tRNA processing / U2-type prespliceosome / poly(U) RNA binding / precatalytic spliceosome / telomerase holoenzyme complex assembly / U5 snRNP / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA folding / spliceosomal snRNP assembly / U6 snRNA binding / U2 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / maturation of SSU-rRNA / P-body / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / mRNA binding / chromatin binding / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sm-like protein Lsm8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Sm-like protein Lsm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG ...Sm-like protein Lsm8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Sm-like protein Lsm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / SH3 type barrels. - #100 / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / LSM complex subunit lsm4 / LSM complex subunit lsm5 / LSM2-LSM8 complex subunit lsm8 / LSM complex subunit lsm7 / LSM complex subunit lsm2 / LSM complex subunit lsm6 / LSM complex subunit lsm3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Montemayor, E.J. / Butcher, S.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM118131 米国
引用ジャーナル: Rna / 年: 2020
タイトル: Molecular basis for the distinct cellular functions of the Lsm1-7 and Lsm2-8 complexes.
著者: Montemayor, E.J. / Virta, J.M. / Hayes, S.M. / Nomura, Y. / Brow, D.A. / Butcher, S.E.
履歴
登録2019年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mimic of unprocessed U6 snRNA
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
C: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
D: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
G: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
H: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
I: Mimic of unprocessed U6 snRNA
J: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
K: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
L: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
M: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
N: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
O: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
P: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,73216
ポリマ－159,73216
非ポリマー00
水1,69394
1
A: Mimic of unprocessed U6 snRNA
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
C: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
D: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
G: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
H: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8668
ポリマ－79,8668
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: Mimic of unprocessed U6 snRNA
J: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
K: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
L: Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
M: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
N: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
O: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
P: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,8668
ポリマ－79,8668
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.280, 135.390, 168.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

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U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 5種, 10分子 BJEMFNGOHP

#2: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2


分子量: 11003.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm2, SPCC1620.01c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94408
#5: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5


分子量: 8860.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm5, SPBC20F10.09 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O42978
#6: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6


分子量: 8489.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm6, SPAC2F3.17c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UUI1
#7: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7


分子量: 13317.060 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm7, SPCC285.12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74499
#8: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8


分子量: 10572.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm8, SPCC1840.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74483

-
Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 2種, 4分子 CKDL

#3: タンパク質 Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3


分子量: 10824.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm3, SPBC9B6.05c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y7M4
#4: タンパク質 Probable U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4


分子量: 15007.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: lsm4, SPBC30D10.06 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14352

-
RNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 96分子 AI

#1: RNA鎖 Mimic of unprocessed U6 snRNA


分子量: 1792.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.84 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4
詳細: 200 mM KCl, 50 mM sodium HEPES pH 7.4, 35 % Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979183 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979183 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→168 Å / Num. obs: 80785 / % possible obs: 63.3 % / 冗長度: 13.6 % / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.9→2.08 Å / Num. unique obs: 4039

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EMG, 4EMH, 4EMK, 4C92, 4M7D

4emg

4emh

4emk

4c92

4m7d


解像度: 1.91→67.7 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE /
反射数%反射
obs80785 63.3 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→67.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8615 168 0 94 8877

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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