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万見
- PDB-6pm9: Crystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pm9
タイトルCrystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAcase bound to MK-8719
要素
  • O-GlcNAcase TIM-barrel domain
  • O-GlcNAcase stalk domain
キーワードHYDROLASE / O-GLCNACASE / GH84 / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


glycoprotein metabolic process / hyalurononglucosaminidase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / protein O-GlcNAcase / protein deglycosylation / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / glycoprotein catabolic process / protein O-linked glycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / identical protein binding ...glycoprotein metabolic process / hyalurononglucosaminidase activity / N-acetylglucosamine metabolic process / protein O-GlcNAcase / protein deglycosylation / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / glycoprotein catabolic process / protein O-linked glycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-N-acetylglucosaminidase / beta-N-acetylglucosaminidase / Glycosyl hydrolases family 84 (GH84) domain profile. / : / Acyl-CoA N-acyltransferase / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-OQ1 / Protein O-GlcNAcase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Klein, D.J. / Selnick, H.G. / Duffy, J.L. / McEachern, E.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of MK-8719, a Potent O-GlcNAcase Inhibitor as a Potential Treatment for Tauopathies.
著者: Selnick, H.G. / Hess, J.F. / Tang, C. / Liu, K. / Schachter, J.B. / Ballard, J.E. / Marcus, J. / Klein, D.J. / Wang, X. / Pearson, M. / Savage, M.J. / Kaul, R. / Li, T.S. / Vocadlo, D.J. / ...著者: Selnick, H.G. / Hess, J.F. / Tang, C. / Liu, K. / Schachter, J.B. / Ballard, J.E. / Marcus, J. / Klein, D.J. / Wang, X. / Pearson, M. / Savage, M.J. / Kaul, R. / Li, T.S. / Vocadlo, D.J. / Zhou, Y. / Zhu, Y. / Mu, C. / Wang, Y. / Wei, Z. / Bai, C. / Duffy, J.L. / McEachern, E.J.
履歴
登録2019年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-GlcNAcase TIM-barrel domain
B: O-GlcNAcase TIM-barrel domain
C: O-GlcNAcase TIM-barrel domain
D: O-GlcNAcase TIM-barrel domain
E: O-GlcNAcase stalk domain
F: O-GlcNAcase stalk domain
G: O-GlcNAcase stalk domain
H: O-GlcNAcase stalk domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,69112
ポリマ－249,6188
非ポリマー1,0734
水63135
1
A: O-GlcNAcase TIM-barrel domain
B: O-GlcNAcase TIM-barrel domain
F: O-GlcNAcase stalk domain
G: O-GlcNAcase stalk domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,3466
ポリマ－124,8094
非ポリマー5372
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10910 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area35920 Å2
手法PISA
2
C: O-GlcNAcase TIM-barrel domain
D: O-GlcNAcase TIM-barrel domain
E: O-GlcNAcase stalk domain
H: O-GlcNAcase stalk domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,3466
ポリマ－124,8094
非ポリマー5372
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11490 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area35740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.920, 91.460, 94.610
Angle α, β, γ (deg.)77.270, 62.610, 62.860
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
O-GlcNAcase TIM-barrel domain / OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Meningioma- ...OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Meningioma-expressed antigen 5 / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase / Nuclear cytoplasmic O-GlcNAcase and acetyltransferase / NCOAT


分子量: 43642.105 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGEA5, HEXC, KIAA0679, MEA5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60502, protein O-GlcNAcase
#2: タンパク質
O-GlcNAcase stalk domain / OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Meningioma- ...OGA / Beta-N-acetylglucosaminidase / Beta-N-acetylhexosaminidase / Beta-hexosaminidase / Meningioma-expressed antigen 5 / N-acetyl-beta-D-glucosaminidase / N-acetyl-beta-glucosaminidase / Nuclear cytoplasmic O-GlcNAcase and acetyltransferase / NCOAT


分子量: 18762.463 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGEA5, HEXC, KIAA0679, MEA5
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O60502, protein O-GlcNAcase
#3: 化合物
ChemComp-OQ1 / (3aR,5S,6S,7R,7aR)-5-(difluoromethyl)-2-(ethylamino)-5,6,7,7a-tetrahydro-3aH-pyrano[3,2-d][1,3]thiazole-6,7-diol


分子量: 268.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14F2N2O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M K-Na-tartrate tetrahydrate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→70.484 Å / Num. obs: 52089 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 79.71 Å2 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.86→2.913 Å / Num. unique obs: 2510

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.86→40.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.806 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 4.505 / SU Rfree Blow DPI: 0.439
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.309 2706 5.2 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.243 52075 95.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 136.43 Å2 / Biso mean: 60.57 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.2021 Å2-6.917 Å212.1011 Å2
2--6.3583 Å210.7345 Å2
3----3.1562 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.86→40.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13813 0 68 35 13916
Biso mean--51.06 36.16 -
残基数----1688
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4909SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2368HARMONIC8
X-RAY DIFFRACTIONt_it14241HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1766SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact16692SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d14241HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg19261HARMONIC21.18
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.29
LS精密化 シェル解像度: 2.86→2.89 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2991 60 5.76 %
Rwork0.2669 982 -
all0.2688 1042 -
obs--86.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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