PDB-6pku: Guinea pig N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pku

タイトル

Guinea pig N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA) catalytic domain (C51S C221S) in complex with N-acetyl-alpha-D-glucosamine (alpha-GlcNAc) and mannose 6-phosphate (M6P)

要素

N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)

キーワード

HYDROLASE / uncovering enzyme / mannose 6-phosphate / glycosidase / N-acetylglucosamine

機能・相同性

Phosphodiester glycosidase / Phosphodiester glycosidase / secretion of lysosomal enzymes / membrane / 6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase

機能・相同性情報

生物種

Cavia porcellus (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.949 Å

データ登録者

Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of the Mannose-6-Phosphate Uncovering Enzyme.
著者: Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.

履歴

登録	2019年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pku.cif.gz	394.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pku.ent.gz	324.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pku.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pku_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pku_full_validation.pdf.gz	2.6 MB	表示
XML形式データ	6pku_validation.xml.gz	45.3 KB	表示
CIF形式データ	6pku_validation.cif.gz	64.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pku ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pku	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pkgSC 6pkhC 6pkiC 6pkyC 6u11C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4not-1 6pky-2 1gkl-d 4h35-d 4dpn-d 4tzd-d 4g0d-1 5gl2-3 5lr0-2 3vsz-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (1) #76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)

B: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)

C: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)

D: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)

ヘテロ分子

132 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)

C: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)

D: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.459, 232.556, 65.305
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA)

分子量: 32493.127 Da / 分子数: 4 / 変異: C67S, C237S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Cavia porcellus (哺乳類) / 遺伝子: NAGPA
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: H0VTT5

#2: 糖

ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 糖

ChemComp-M6P / 6-O-phosphono-alpha-D-mannopyranose / ALPHA-D-MANNOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-alpha-D-mannose / 6-O-phosphono-D-mannose / 6-O-phosphono-mannose / α-D-マンノピラノ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 657 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 mM tri-sodium citrate, 16% PEG 6000, soaked in 50 mM N-acetylglucosamine and 50 mM mannose 6-phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.949→50 Å / Num. obs: 149942 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 1.949→2.02 Å / Num. unique obs: 8692

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15_3459: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6PKG

6pkg

解像度: 1.949→30.779 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2324	3507	2.34 %
R_work	0.2012	-	-
obs	0.2019	149942	84.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.949→30.779 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8007	0	138	657	8802

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8306
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.819	11275
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.339	4904
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1250
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1504

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9485-1.9752	0.2376	68	0.2649	3268	X-RAY DIFFRACTION	46
1.9752-2.0034	0.301	128	0.2501	5283	X-RAY DIFFRACTION	78
2.0034-2.0333	0.3365	146	0.2493	6167	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0333-2.0651	0.3315	42	0.2422	1425	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0651-2.0989	0.4047	78	0.3129	3065	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0989-2.1351	0.2534	162	0.2145	6785	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1351-2.1739	0.2456	174	0.204	6979	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1739-2.2157	0.2196	136	0.2067	5774	X-RAY DIFFRACTION	100
2.261-2.3101	0.2939	138	0.2247	5564	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3101-2.3638	0.2399	168	0.1946	6823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3638-2.4229	0.2171	171	0.1912	7084	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4229-2.4884	0.2363	157	0.1977	6704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4884-2.5616	0.2127	162	0.2004	6999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5616-2.6442	0.3171	168	0.2092	6819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6442-2.7387	0.2666	168	0.2117	6962	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7387-2.8482	0.2467	160	0.1965	6859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8482-2.9778	0.2287	166	0.2041	6861	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9778-3.1346	0.2206	172	0.1935	6911	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1346-3.3308	0.2465	172	0.1885	6856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3308-3.5876	0.2187	158	0.1843	6851	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5876-3.948	0.1916	158	0.186	6631	X-RAY DIFFRACTION	96
3.948-4.5177	0.1942	156	0.1804	6511	X-RAY DIFFRACTION	95
4.5177-5.686	0.1984	150	0.189	6488	X-RAY DIFFRACTION	94
5.686-30.7828	0.2426	149	0.2321	6766	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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