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Yorodumi- PDB-6pki: Zebrafish N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylgluc... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6pki | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Zebrafish N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA) catalytic domain (C56S C230S) in complex with N-acetyl-alpha-D-glucosamine (alpha-GlcNAc) and mannose 6-phosphate (M6P) | |||||||||
Components | N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / uncovering enzyme / mannose 6-phosphate / glycosidase / n-acetylglucosamine | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationPhosphodiester glycosidase / Phosphodiester glycosidase / Teneurin-like EGF domain / Laminin-type EGF domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain Similarity search - Domain/homology | |||||||||
| Biological species | ![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.293 Å | |||||||||
Authors | Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B. | |||||||||
| Funding support | Canada, 1items
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Citation | Journal: Structure / Year: 2020Title: Crystal Structure of the Mannose-6-Phosphate Uncovering Enzyme. Authors: Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6pki.cif.gz | 683.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6pki.ent.gz | 579.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6pki.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pki | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6pkgSC ![]() 6pkhC ![]() 6pkuC ![]() 6pkyC ![]() 6u11C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | ![]()
| ||||||||
| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 34048.809 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C75S, C249S Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Sugars , 3 types, 17 molecules 




| #2: Sugar | ChemComp-NAG / #3: Sugar | ChemComp-NDG / #4: Sugar | ChemComp-M6P / |
|---|
-Non-polymers , 3 types, 630 molecules 




| #5: Chemical | ChemComp-1PE / | ||
|---|---|---|---|
| #6: Chemical | ChemComp-CL / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.92 Å3/Da / Density % sol: 68.62 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 50% PEG 200, 0.1M HEPES pH 6.5, soaked in 50mM N-acetylgucosamine and 50 mM mannose 6-phosphate without HEPES |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.2 / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: May 26, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.293→50 Å / Num. obs: 97753 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 28.5 % / Net I/σ(I): 21.9 |
| Reflection shell | Resolution: 2.293→2.38 Å / Num. unique obs: 9602 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6PKG Resolution: 2.293→22.661 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.92
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.293→22.661 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
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Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
Canada, 1items
Citation














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