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- PDB-6pks: MicroED structure of proteinase K from low-dose merged lamellae t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pks
タイトルMicroED structure of proteinase K from low-dose merged lamellae that were not pre-coated with platinum 2.16A resolution (LD)
要素Proteinase K
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / Subtilase family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Parengyodontium album (菌類)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Martynowycz, M.W. / Zhao, W. / Hattne, J. / Jensen, G.J. / Gonen, T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35 GM122588 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)2P50GM082545 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Qualitative Analyses of Polishing and Precoating FIB Milled Crystals for MicroED.
著者: Michael W Martynowycz / Wei Zhao / Johan Hattne / Grant J Jensen / Tamir Gonen /
要旨: Microcrystal electron diffraction (MicroED) leverages the strong interaction between matter and electrons to determine protein structures from vanishingly small crystals. This strong interaction ...Microcrystal electron diffraction (MicroED) leverages the strong interaction between matter and electrons to determine protein structures from vanishingly small crystals. This strong interaction limits the thickness of crystals that can be investigated by MicroED, mainly due to absorption. Recent studies have demonstrated that focused ion-beam (FIB) milling can thin crystals into ideal-sized lamellae; however, it is not clear how to best apply FIB milling for MicroED. Here, the effects of polishing the lamellae, whereby the last few nanometers are milled away using a low-current gallium beam, are explored in both the platinum-precoated and uncoated samples. Our results suggest that precoating samples with a thin layer of platinum followed by polishing the crystal surfaces prior to data collection consistently led to superior results as indicated by higher signal-to-noise ratio, higher resolution, and better refinement statistics. This study lays the foundation for routine and reproducible methodology for sample preparation in MicroED.
履歴
登録2019年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20365
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9311
ポリマ－28,9311
非ポリマー00
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: PISA
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.470, 67.470, 105.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28930.783 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 106-384 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Parengyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学

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試料調製

構成要素名称: Proteinase K / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.02893 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Parengyodontium album (菌類)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 20 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Proteinase K purchased from Sigma.
試料支持詳細: unspecified
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 273 K

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データ収集

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DIFFRACTION / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 90 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 0.03 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / Num. of diffraction images: 100 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 100
詳細: Continuous rotation with a rotation rate of 0.2 degrees per second and a readout every 3 seconds
画像スキャンサンプリングサイズ: 28 µm / 横: 4096 / 縦: 4096
EM回折カメラ長: 2055 mm
EM回折 シェル解像度: 2.16→41.52 Å / フーリエ空間範囲: 98.87 % / 多重度: 9.4 / 構造因子数: 13527 / 位相残差: 26.59 °
EM回折 統計フーリエ空間範囲: 98.87 % / 再高解像度: 2.16 Å / 測定した強度の数: 126914 / 構造因子数: 13527 / 位相誤差: 26.59 ° / 位相残差: 26.59 ° / 位相誤差の除外基準: 0 / Rmerge: 0.45 / Rsym: 0.47

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (1.14_3260: ???) / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
6PHENIX1.15モデルフィッティング
8PHENIX2.8.2分子置換
12PHENIX1.15.2３次元再構成
13PHENIX1.15モデル精密化
画像処理詳細: This was the new CetaD
EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 67.5 Å / B: 67.5 Å / C: 105.4 Å / 空間群名: 96 / 空間群番号: 96
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.16 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
原子モデル構築B value: 34.2 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 6CL7

6cl7


PDB chain-ID: A / Accession code: 6CL7 / Pdb chain residue range: 106-384 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化解像度: 2.16→41.52 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.58
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2522 1589 6.47 %copied from 6cl7
Rwork0.2274 ---
obs0.2291 13527 98.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_bond_d0.0022070
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_angle_d0.5372814
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_dihedral_angle_d3.1461208
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_chiral_restr0.04312
ELECTRON CRYSTALLOGRAPHYf_plane_restr0.003370
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1602-2.22990.42231320.35672007ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY95
2.2299-2.30960.32581520.33752050ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY98
2.3096-2.40210.3531370.30932145ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99
2.4021-2.51140.29871630.29412077ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99
2.5114-2.64380.29751330.27582092ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99
2.6438-2.80940.30431440.26112119ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99
2.8094-3.02630.31031390.26632095ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99
3.0263-3.33070.22491430.22912100ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99
3.3307-3.81250.24891510.19552113ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99
3.8125-4.80230.18231510.16292100ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY99
4.8023-43.470.20981440.1872074ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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