PDB-6pkh: Zebrafish N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylgluc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pkh

タイトル

Zebrafish N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA) catalytic domain auto-inhibited by pro-peptide

要素

N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase

キーワード

HYDROLASE / uncovering enzyme / mannose 6-phosphate / glycosidase / pro-peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

secretion of lysosomal enzymes / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of the Mannose-6-Phosphate Uncovering Enzyme.
著者: Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.

履歴

登録	2019年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pkh.cif.gz	199.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pkh.ent.gz	158.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pkh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pkh_validation.pdf.gz	767.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pkh_full_validation.pdf.gz	769.3 KB	表示
XML形式データ	6pkh_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	6pkh_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pkh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pkh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pkgSC 6pkiC 6pkuC 6pkyC 6u11C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5w8o-d 1cw2-d 1k8x-d 3pqs-d 2i6s-d 1k7f-d 4mea-d 1c9d-d 4o3z-d 5hva-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase

ヘテロ分子

36.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase

ヘテロ分子

A: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.954, 73.954, 109.288
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-671- HOH
2	1	A-922- HOH

#1: タンパク質

N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase

分子量: 35633.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: nagpa
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: F1QSF9

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-4/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: sodium citrate, HEPES pH 7.5, cryo-protected with sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 38530 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 15.3 % / Net I/σ(I): 47.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / Num. unique obs: 2264

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6PKG

6pkg

解像度: 1.6→35.026 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.41

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1726	2904	5.54 %
R_work	0.138	-	-
obs	0.1399	52393	68.57 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→35.026 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2374	0	60	427	2861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	2517
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.915	3435
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.21	1506
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	395
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	444

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6263	0.3208	32	0.3042	537	X-RAY DIFFRACTION	16
1.6263-1.6543	0.2796	44	0.2731	748	X-RAY DIFFRACTION	22
1.6543-1.6844	0.2308	55	0.256	945	X-RAY DIFFRACTION	27
1.6844-1.7168	0.234	66	0.2144	1107	X-RAY DIFFRACTION	32
1.7168-1.7518	0.2219	79	0.2123	1332	X-RAY DIFFRACTION	39
1.7518-1.7899	0.1887	86	0.1888	1479	X-RAY DIFFRACTION	43
1.7899-1.8315	0.2084	92	0.181	1622	X-RAY DIFFRACTION	47
1.8315-1.8773	0.1963	109	0.1748	1846	X-RAY DIFFRACTION	54
1.8773-1.9281	0.2228	122	0.1917	2106	X-RAY DIFFRACTION	61
1.9281-1.9848	0.1957	139	0.1667	2333	X-RAY DIFFRACTION	68
1.9848-2.0489	0.1701	158	0.1478	2619	X-RAY DIFFRACTION	76
2.0489-2.1221	0.1933	167	0.1388	2877	X-RAY DIFFRACTION	84
2.1221-2.2071	0.2109	178	0.1363	3120	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2071-2.3075	0.1751	193	0.1477	3193	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3075-2.4291	0.179	197	0.1328	3369	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4291-2.5813	0.1807	201	0.138	3387	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5813-2.7805	0.1889	198	0.1361	3351	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7805-3.0602	0.1809	200	0.1271	3401	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0602-3.5026	0.1614	195	0.1153	3346	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5026-4.4116	0.1181	195	0.1051	3364	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4116-35.0348	0.1602	198	0.14	3407	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2152	-0.126	0.0776	0.4003	0.1444	0.2166	0.1568	0.2973	-0.0413	-0.1592	-0.132	0.0838	0.0219	-0.0376	0.0056	0.1172	0.017	-0.0119	0.1668	0.0044	0.096	16.5772	44.027	38.7585
2	0.1226	0.2629	0.0324	0.6699	-0.0659	0.5517	-0.0193	-0.1582	0.1242	0.203	0.1089	0.0538	-0.0602	-0.0681	0.4614	0.138	0.0466	0.0105	0.1589	-0.0465	0.0936	11.0508	57.2722	59.2184
3	1.0543	-0.2227	-0.1652	0.8946	-0.5632	0.6473	-0.0777	-0.1819	-0.1936	-0.0889	0.0147	0.1648	-0.0188	-0.2465	-0.0508	0.1116	0.0047	-0.0247	0.1643	0.015	0.135	22.5644	33.6783	60.4892
4	0.8519	-0.3925	-0.3023	0.9318	-0.1192	0.7458	-0.0112	0.0167	0.1444	0.0258	-0.0095	-0.127	-0.0692	0.0022	-0.0002	0.0908	-0.0107	-0.0019	0.0985	0.0067	0.1313	29.8969	52.0792	46.1475
5	0.2458	-0.3652	0.1828	0.9088	-0.4806	0.6315	0.0273	-0.0228	0.329	0.0923	-0.0267	-0.0348	-0.1303	-0.0782	0.0016	0.0887	-0.0005	0.0085	0.092	0.0004	0.1472	19.7165	59.967	50.7282
6	0.6635	-0.1664	0.0731	0.4126	0.2382	0.3767	-0.0216	-0.1017	0.3124	0.1183	0.0866	0.0314	-0.1655	-0.0345	0.013	0.0969	0.0201	0.0192	0.0709	0.004	0.1215	14.0777	57.7593	53.6012
7	0.6634	-0.3926	-0.3415	1.2321	-0.2049	0.3406	0.0032	-0.044	-0.0834	0.0259	0.0226	0.2216	0.0121	-0.1443	0.0347	0.0671	0.0116	-0.0014	0.1025	0.0066	0.0836	12.6607	43.7486	51.3557
8	0.793	-0.2719	0.2702	0.7074	0.1047	0.2663	-0.0274	-0.0813	-0.1372	0.1033	0.0327	0.0564	0.0392	-0.0128	0.0155	0.0931	0.0074	0.0058	0.0978	0.0223	0.0679	17.363	38.9053	55.3999
9	0.3198	-0.3483	0.0984	0.427	-0.1324	0.0427	-0.008	0.1243	0.0686	-0.0023	0.008	-0.0601	0.0692	0.1126	-0.0012	0.1018	0.0104	-0.015	0.1082	0.0068	0.1078	33.5489	37.0447	47.2559
10	0.562	-0.0854	-0.2255	0.2969	-0.4113	0.7732	-0.0477	-0.0352	0.1088	0.0679	0.0747	-0.1729	0.0126	0.1829	-0.0096	0.0909	0.022	-0.0236	0.1008	-0.002	0.1191	32.1911	44.6093	48.6782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 79 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 80 through 106 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 107 through 160 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 161 through 190 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 191 through 221 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 222 through 265 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 266 through 299 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 300 through 319 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 320 through 336 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)