PDB-6pkg: Zebrafish N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylgluc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pkg

タイトル

Zebrafish N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase (NAGPA) catalytic domain auto-inhibited by pro-peptide

要素

N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase

キーワード

HYDROLASE / uncovering enzyme / mannose 6-phosphate / glycosidase / pro-peptide

機能・相同性

機能・相同性情報

secretion of lysosomal enzymes / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of the Mannose-6-Phosphate Uncovering Enzyme.
著者: Gorelik, A. / Illes, K. / Nagar, B.

履歴

登録	2019年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年3月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2020年4月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pkg.cif.gz	363.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pkg.ent.gz	308.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pkg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6pkg_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pkg_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6pkg_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	6pkg_validation.cif.gz	39.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pkg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pkg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6pkhC 6pkiC 6pkuC 6pkyC 6u11C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xag-d 4xaz-d 6for-1 1s0j-d 5efz-1 4i75-d 1ms1-2 6fu6-d 1ms3-1 2ah2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase

B: N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase

ヘテロ分子

83.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.356, 124.356, 278.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	N-acetylglucosamine-1-phosphodiester alpha-N-acetylglucosaminidase 分子量: 35633.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: nagpa 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: F1QSF9

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1056.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-4/a4-b1_a6-f1_b4-c1_c3-d1_c6-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 321分子

#4: 化合物	... ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物	ChemComp-I2I / molecular iodine 分子量: 253.809 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: I₂
#6: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 7.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 83.73 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 50% PEG 200, 0.1M HEPES pH 6.4, soaked in 1M NaI

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.7712 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 90810 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 4913

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15_3459: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.8→35.658 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.1

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2081	3478	3.83 %
R_work	0.1831	-	-
obs	0.184	90810	88.3 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.658 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4748	0	210	257	5215

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4998
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.542	6755
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.159	2958
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	766
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	881

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8001-2.8384	0.3138	57	0.3257	1491	X-RAY DIFFRACTION	37
2.8384-2.8789	0.3118	66	0.2999	1591	X-RAY DIFFRACTION	41
2.8789-2.9219	0.3484	75	0.2748	1816	X-RAY DIFFRACTION	46
2.9219-2.9675	0.3085	87	0.2907	2143	X-RAY DIFFRACTION	54
2.9675-3.0161	0.3129	97	0.2858	2445	X-RAY DIFFRACTION	62
3.0161-3.0681	0.3157	127	0.2793	3109	X-RAY DIFFRACTION	79
3.0681-3.1239	0.2603	144	0.2894	3749	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1239-3.1839	0.2879	157	0.2783	3859	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1839-3.2489	0.2816	157	0.2584	3947	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2489-3.3195	0.2759	157	0.2213	3939	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3195-3.3966	0.2184	163	0.2052	3969	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3966-3.4815	0.2005	150	0.1911	3937	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4815-3.5756	0.1904	153	0.1752	3948	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5756-3.6807	0.2096	161	0.1723	3963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6807-3.7993	0.2231	157	0.153	3941	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7993-3.935	0.1811	156	0.1436	3946	X-RAY DIFFRACTION	100
3.935-4.0923	0.141	153	0.1243	3975	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0923-4.2783	0.1281	158	0.1182	3962	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2783-4.5034	0.1223	154	0.1174	3925	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5034-4.7849	0.153	162	0.1153	3951	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7849-5.1534	0.1568	155	0.1387	3947	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1534-5.6701	0.185	154	0.1569	3959	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6701-6.4863	0.2577	161	0.2001	3950	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4863-8.1559	0.2511	159	0.2105	3932	X-RAY DIFFRACTION	100
8.1559-35.658	0.2531	158	0.2444	3938	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7568	-2.6233	-4.0171	2.6483	0.8368	6.3002	0.0366	0.3103	0.2296	-0.244	0.0473	0.1282	0.1306	-0.795	-0.0374	0.5214	-0.156	-0.1227	0.5196	-0.0262	0.3688	69.1113	24.5957	68.8586
2	3.6454	1.3782	-0.2738	4.3012	-2.4652	3.261	-0.1857	-0.2524	-0.7456	0.1398	-0.1925	-0.3122	0.8795	0.9057	0.4298	0.6204	0.1556	0.0826	0.2916	0.0588	0.5438	90.5696	15.597	78.0935
3	3.4589	-0.396	0.0663	4.1646	3.3147	3.1688	0.0899	0.1612	0.6042	-0.1675	-0.2196	-0.7983	-0.4485	0.1774	0.2526	0.2982	-0.1153	0.0579	0.3369	-0.0096	0.4718	74.3395	29.7034	92.4183
4	2.5727	0.2273	-0.8615	1.5494	-0.4894	2.6052	-0.2017	0.2804	-0.5774	-0.4689	0.0236	0.119	0.8371	-0.3272	0.1763	0.6405	-0.1061	0.0125	0.2863	-0.0432	0.5256	72.222	10.0974	77.1729
5	2.6483	0.9752	-0.0543	4.5798	0.3389	3.311	0.0466	0.2958	-0.3861	-0.599	-0.0516	-0.4858	0.5575	0.0712	-0.0132	0.4215	0.0017	0.0863	0.2623	-0.014	0.3323	84.4821	18.4746	72.2364
6	3.9784	-1.3249	0.2474	4.367	-0.2455	2.3426	-0.0885	0.0761	0.1109	-0.102	0.0022	0.0152	0.0633	-0.1	0.05	0.2608	-0.1122	0.0333	0.2255	0.0186	0.2466	77.0163	26.7431	82.8424
7	3.2097	-1.0729	-1.2657	7.2601	1.6018	4.3705	0.003	-0.0234	-0.1393	-0.3964	0.0227	0.1826	0.7033	-0.832	-0.0326	0.4118	-0.227	-0.019	0.4113	0.0133	0.3324	61.9454	18.6361	85.3632
8	3.5705	-3.352	-4.1343	4.1746	2.9646	6.1729	-0.2119	-0.9168	0.3379	0.3887	0.456	-0.2356	0.1678	0.5748	-0.3606	0.4715	-0.0598	-0.0039	0.6171	-0.0407	0.45	58.9808	33.5422	117.0203
9	1.6563	-0.4629	-0.004	1.6977	-0.6122	1.6477	-0.0668	0.5173	-0.1101	-0.1396	0.1225	0.3663	0.0488	-1.1326	0.0144	0.3539	-0.2077	0.0421	0.8029	0.1345	0.5999	35.3019	31.1863	109.8639
10	4.8685	2.3225	-2.9057	2.5794	-3.5854	4.9748	0.1895	0.1141	0.2887	0.0724	0.0539	0.2812	-0.2592	-0.612	-0.1757	0.322	-0.0714	0.0285	0.4682	0.0762	0.4357	54.3168	33.746	92.7596
11	4.6476	0.7557	0.4236	4.429	0.8055	3.1292	0.2734	-0.3858	-0.7756	0.5763	-0.0748	-0.1078	0.7278	-0.1178	-0.2207	0.5093	-0.1587	0.0871	0.4447	0.1564	0.4607	51.964	15.4834	111.5102
12	2.472	-2.1562	-1.6581	3.8865	1.4553	5.1494	-0.1322	-0.2652	-0.3076	0.4623	0.1535	0.0217	0.5588	0.2154	0.0392	0.3629	-0.1558	-0.0104	0.4026	0.0849	0.4411	56.5319	19.7748	111.141
13	2.7487	0.8072	1.3922	3.083	0.2921	2.1349	-0.0591	-0.5892	-0.3243	0.1688	-0.0589	0.1753	0.3748	-0.5949	0.1619	0.3684	-0.1467	0.0728	0.6064	0.116	0.4016	40.4421	22.8283	116.4741
14	6.7166	-1.7624	0.2433	7.7023	-3.1056	6.1465	0.1044	-0.6621	0.8426	0.6526	0.221	0.1446	-0.7726	-0.6259	-0.3912	0.2805	-0.0599	0.1207	0.4367	0.0293	0.4102	45.154	40.3823	112.4393
15	5.8228	2.7685	-1.0658	4.6195	0.3527	3.2201	-0.1372	0.319	0.4017	-0.2129	0.2541	-0.073	-0.0315	-0.193	-0.119	0.2754	-0.0708	-0.0137	0.2845	0.0701	0.3338	53.2568	34.728	103.4023
16	5.6774	-1.0581	-1.7823	2.5066	0.4924	3.7817	0.0154	0.239	0.0467	-0.0769	0.0387	0.02	0.0585	-0.2335	-0.0783	0.2842	-0.1233	-0.0138	0.3018	0.0749	0.2381	55.7701	29.3626	101.2312
17	5.0898	-1.2383	-1.0918	2.2327	-0.4105	5.2807	0.1509	0.008	-0.4811	0.2938	-0.1418	-0.0691	0.4454	0.1618	-0.0255	0.3775	-0.0886	-0.0254	0.2557	0.0459	0.3065	59.0767	19.7238	104.7667

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 30 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 79 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 80 through 106 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 107 through 190 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 191 through 235 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 236 through 299 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 300 through 336 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 30 through 49 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 50 through 79 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 80 through 106 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 107 through 131 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 132 through 160 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 161 through 209 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 210 through 235 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 236 through 275 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 276 through 319 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 320 through 336 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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