PDB-6pk8: Antibody scFv-M204 dimeric state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pk8

タイトル

Antibody scFv-M204 dimeric state

要素

scFv-M204 antibody

キーワード

IMMUNE SYSTEM / anti-tau-oligomer scFv antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.91 Å

データ登録者

Abskharon, R. / Sawaya, M.R. / Seidler, P.M. / Cascio, D. / Eisenberg, D.S.

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	1R01 AG029430	米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)	RF1 AG054022	米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)	1F32 NS095661	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	1F32 NS095661	米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)		米国

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a conformational antibody that binds tau oligomers and inhibits pathological seeding by extracts from donors with Alzheimer's disease.
著者: Abskharon, R. / Seidler, P.M. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yang, T.P. / Philipp, S. / Williams, C.K. / Newell, K.L. / Ghetti, B. / DeTure, M.A. / Dickson, D.W. / Vinters, H.V. / Felgner, P.L. ...

履歴

登録	2019年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pk8.cif.gz	343.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pk8.ent.gz	278.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pk8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pk8_validation.pdf.gz	468.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pk8_full_validation.pdf.gz	474.8 KB	表示
XML形式データ	6pk8_validation.xml.gz	30.5 KB	表示
CIF形式データ	6pk8_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/6pk8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6pilC 6pscC 5gs3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pzh-2 6lbe-1 6v2n-d 6lbe-2 4ong-d 4xeh-d 6bsl-d 5f6i-d 1s7x-3 3tbs-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: scFv-M204 antibody

B: scFv-M204 antibody

C: scFv-M204 antibody

D: scFv-M204 antibody

ヘテロ分子

109 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: scFv-M204 antibody

B: scFv-M204 antibody

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: scFv-M204 antibody

D: scFv-M204 antibody

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.600, 105.260, 176.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	A	A	2 - 231	2 - 244
2	1	LYS	LYS	B	B	2 - 231	2 - 244
1	2	SER	SER	A	A	2 - 232	2 - 245
2	2	SER	SER	C	C	2 - 232	2 - 245
1	3	SER	SER	A	A	2 - 232	2 - 245
2	3	SER	SER	D	D	2 - 232	2 - 245
1	4	LYS	LYS	B	B	2 - 231	2 - 244
2	4	LYS	LYS	C	C	2 - 231	2 - 244
1	5	LYS	LYS	B	B	2 - 231	2 - 244
2	5	LYS	LYS	D	D	2 - 231	2 - 244
1	6	SER	SER	C	C	2 - 232	2 - 245
2	6	SER	SER	D	D	2 - 232	2 - 245

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: 抗体	scFv-M204 antibody 分子量: 27061.957 Da / 分子数: 4 / 断片: scFv / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pMES4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.15 M Ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0, 15% PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.91→90.41 Å / Num. obs: 25041 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 3.73 % / B_iso Wilson estimate: 46.195 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.171 / R_rim(I) all: 0.198 / Χ²: 0.954 / Net I/σ(I): 6.67

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.91-2.99	3.475	0.975	1.17	5737	1838	1651	0.481	1.144	89.8
2.99-3.07	3.835	0.848	1.47	6876	1801	1793	0.562	0.986	99.6
3.07-3.16	3.864	0.76	1.69	6863	1780	1776	0.612	0.883	99.8
3.16-3.25	3.813	0.559	2.28	6428	1690	1686	0.752	0.649	99.8
3.25-3.36	3.764	0.478	2.64	6301	1686	1674	0.792	0.556	99.3
3.36-3.48	3.718	0.383	3.33	5890	1602	1584	0.876	0.445	98.9
3.48-3.61	3.525	0.282	4.36	5341	1561	1515	0.919	0.331	97.1
3.61-3.76	3.406	0.207	5.41	4980	1504	1462	0.957	0.244	97.2
3.76-3.92	3.901	0.184	6.66	5583	1434	1431	0.972	0.213	99.8
3.92-4.12	3.956	0.142	8.15	5451	1386	1378	0.986	0.164	99.4
4.12-4.34	3.928	0.104	10.11	5197	1330	1323	0.994	0.119	99.5
4.34-4.6	3.889	0.093	11.66	4714	1226	1212	0.992	0.108	98.9
4.6-4.92	3.742	0.089	12.4	4382	1180	1171	0.992	0.103	99.2
4.92-5.31	3.827	0.098	11.4	4198	1106	1097	0.994	0.113	99.2
5.31-5.82	3.741	0.104	10.59	3793	1026	1014	0.991	0.121	98.8
5.82-6.51	3.673	0.12	9.67	3317	930	903	0.987	0.139	97.1
6.51-7.51	3.28	0.107	9.84	2578	837	786	0.99	0.125	93.9
7.51-9.2	3.838	0.061	16.03	2660	704	693	0.997	0.071	98.4
9.2-13.02	3.613	0.041	21.08	2027	572	561	0.998	0.048	98.1
13.02-90.41	3.266	0.043	18.04	1081	345	331	0.998	0.052	95.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	87.67 Å
Translation	3.5 Å	87.67 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5GS3

5gs3

解像度: 2.91→90.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 41.506 / SU ML: 0.331 / SU R Cruickshank DPI: 0.3196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.398
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2379	2504	10 %	RANDOM
R_work	0.1856	-	-	-
obs	0.1909	22537	98.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 136.86 Å² / B_iso mean: 52.733 Å² / B_iso min: 25.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.19 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	2.44 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.91→90.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6789	0	20	32	6841
B_iso mean	-	-	44.62	41.05	-
残基数	-	-	-	-	899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	6977
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.616	1.653	9520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.279	1.565	14482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.86	5	891
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.001	22.23	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.475	15	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.265	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	959
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7769
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1483

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	6641	0.09
1	2	B	6641	0.09
2	1	A	6768	0.07
2	2	C	6768	0.07
3	1	A	6127	0.13
3	2	D	6127	0.13
4	1	B	6659	0.09
4	2	C	6659	0.09
5	1	B	6090	0.14
5	2	D	6090	0.14
6	1	C	6113	0.13
6	2	D	6113	0.13

LS精密化シェル

解像度: 2.91→2.986 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	164	-
R_work	0.331	1485	-
all	-	1649	-
obs	-	-	89.47 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2343	-0.343	-0.2054	0.5611	0.1886	0.7825	0.0247	-0.0331	0.0428	-0.1031	0.0069	-0.0711	0.0109	0.0026	-0.0316	0.0958	0.0091	0.0088	0.1061	0.0091	0.0124	12.4	42.4403	5.3573
2	0.2164	0.2319	0.0003	0.6486	-0.2739	0.6101	-0.0308	-0.0302	-0.002	-0.0335	0.0522	0.0713	0.002	0.0389	-0.0214	0.0595	0.0163	-0.0156	0.1082	0.0122	0.0209	4.6253	36.1433	24.578
3	0.1025	-0.1625	0.0518	0.6021	0.18	0.8228	0.0421	-0.0346	-0.0149	-0.0156	-0.0308	-0.0034	-0.0845	-0.0174	-0.0113	0.0865	-0.0066	-0.0005	0.1032	0.0148	0.021	33.5045	23.4902	36.6526
4	1.3224	-0.0137	-0.2284	0.2735	0.1801	0.3288	0.0491	0.0271	-0.103	-0.0481	-0.0274	-0.0002	-0.0044	-0.0095	-0.0216	0.0752	0.0087	-0.0078	0.1026	-0.0149	0.0177	24.4824	15.1777	18.7296
5	0.4401	0.3525	0.0265	0.5657	0.4826	0.7901	0.0116	0.0281	0.0271	0.0681	-0.0329	0.0417	0.0257	-0.0601	0.0213	0.1247	-0.0136	0.0112	0.0995	-0.0206	0.0073	18.2739	39.6647	79.8062
6	0.1153	0.1974	0.0244	0.6238	0.5124	0.7861	0.0061	0.0175	0.0119	-0.0075	0.0611	-0.0201	-0.0075	0.0412	-0.0673	0.0605	-0.0197	-0.0135	0.109	-0.0121	0.0185	26.0718	34.6749	60.1306
7	0.2251	0.3052	0.0196	0.492	-0.1613	0.651	0.0657	0.0279	0.0083	0.1227	-0.0118	0.0294	-0.0186	0.0213	-0.0539	0.08	0.0141	0.0067	0.1067	0.0027	0.0379	-2.1216	22.323	46.8466
8	0.7805	0.2606	0.3799	0.6012	0.0243	0.2072	0.0023	-0.0259	-0.072	0.0634	0.0277	-0.0339	-0.0163	-0.006	-0.03	0.0738	0.0001	-0.0009	0.1194	0.0176	0.009	7.5661	12.024	63.7026

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	120 - 232
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	2 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	120 - 232
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 119
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	120 - 232
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	120 - 232

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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