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- PDB-6pil: Antibody scFv-M204 monomeric state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pil
タイトルAntibody scFv-M204 monomeric state
要素scFv-M204 antibody
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-tau-oligomer scFv antibody
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Abskharon, R. / Sawaya, M.R. / Seidler, P.M. / Cascio, D. / Eisenberg, D.S.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)1R01 AG029430 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)RF1 AG054022 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)1F32 NS095661 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1F32 NS095661 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of a conformational antibody that binds tau oligomers and inhibits pathological seeding by extracts from donors with Alzheimer's disease.
著者: Abskharon, R. / Seidler, P.M. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yang, T.P. / Philipp, S. / Williams, C.K. / Newell, K.L. / Ghetti, B. / DeTure, M.A. / Dickson, D.W. / Vinters, H.V. / Felgner, P.L. ...著者: Abskharon, R. / Seidler, P.M. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yang, T.P. / Philipp, S. / Williams, C.K. / Newell, K.L. / Ghetti, B. / DeTure, M.A. / Dickson, D.W. / Vinters, H.V. / Felgner, P.L. / Nakajima, R. / Glabe, C.G. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2019年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: scFv-M204 antibody
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1684
ポリマ－27,0621
非ポリマー1063
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.420, 60.420, 159.420
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: 抗体 scFv-M204 antibody


分子量: 27061.957 Da / 分子数: 1 / 断片: scFv / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / プラスミド: pMES4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): WK6
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.24 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Phosphate/Citrate pH 4.2, 20% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.7749 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→56.5 Å / Num. obs: 15422 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.593 % / Biso Wilson estimate: 46.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 11.14 / Num. measured all: 55416 / Scaling rejects: 2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.2-2.263.6530.6441.914091113111200.7360.75299
2.26-2.323.6920.5082.364098111411100.830.59699.6
2.32-2.393.610.4322.713830106810610.8440.50599.3
2.39-2.463.5280.3683.08352410369990.8930.43296.4
2.46-2.543.5720.3043.83601103410080.9250.35797.5
2.54-2.633.7720.2684.6236669819720.9260.31399.1
2.63-2.733.7860.2026.0835899549480.960.23599.4
2.73-2.843.7220.1687.0633879189100.9660.19799.1
2.84-2.973.6510.129.1131768778700.9890.1499.2
2.97-3.113.6130.09311.0930538608450.9920.10898.3
3.11-3.283.3860.07513.5526148127720.9930.08795.1
3.28-3.483.7110.06416.8928397727650.9940.07499.1
3.48-3.723.6440.05519.6626137267170.9950.06598.8
3.72-4.023.5430.04721.8924166936820.9970.05598.4
4.02-4.43.490.03825.821156206060.9980.04497.7
4.4-4.923.2930.03227.3817195795220.9980.03890.2
4.92-5.683.5320.03326.7418515335240.9990.03998.3
5.68-6.963.4510.03824.6315014474350.9980.04597.3
6.96-9.843.1220.02826.9710493623360.9990.03392.8
9.84-56.53.1090.02232.3468423322010.02794.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALE20180126データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→56.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.904 / SU R Cruickshank DPI: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.219 / SU Rfree Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.177
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1543 10.01 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.198 15421 97.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 124.68 Å2 / Biso mean: 42.9 Å2 / Biso min: 21.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.0125 Å20 Å20 Å2
2---5.0125 Å20 Å2
3---10.025 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.28 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→56.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1707 0 3 105 1815
Biso mean--50.84 44.59 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d562SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes287HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1750HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion239SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1991SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1750HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2387HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.86
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.06
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.22 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3719 31 10.03 %
Rwork0.2726 278 -
all0.2811 309 -
obs--97.19 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.7207 Å / Origin y: 14.1659 Å / Origin z: 25.7847 Å
111213212223313233
T-0.0307 Å2-0.031 Å20.0097 Å2--0.0786 Å20.0131 Å2---0.0749 Å2
L0.9249 °2-0.4964 °2-0.2993 °2-1.3443 °20.7601 °2--2.569 °2
S-0.0271 Å °-0.0105 Å °0.074 Å °-0.13 Å °0.1085 Å °-0.0526 Å °-0.2047 Å °-0.0644 Å °-0.0814 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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