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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pi8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Marinobacter subterrani acetylpolyamine amidohydrolase (msAPAH) complexed with acetate | ||||||
![]() | Acetylpolyamine amidohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / acetylpolyamine amidohydrolase / polyamine deacetylase / hydrolase / hydrolase inhibitor / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Osko, J.D. / Christianson, D.W. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and Function of the Acetylpolyamine Amidohydrolase from the Deep Earth HalophileMarinobacter subterrani. 著者: Osko, J.D. / Roose, B.W. / Shinsky, S.A. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 162.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 37980.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Msub_13096 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 510分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-K / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 % / 解説: Thick cubic crystals |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 10 mg/ml msAPAH Protein, 0.2 M calcium acetate hydrate, 20% w/v PEG 3350, 1:1 ratio protein to precipitant |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.635→28.081 Å / Num. obs: 95962 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.69 Å / Num. unique obs: 9560 / Rpim(I) all: 0.531 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB: 4ZUM 解像度: 1.635→28.081 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.26
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.635→28.081 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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