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- PDB-6phf: Pfs25 in complex with the human transmission blocking antibody 2587 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6phf
タイトルPfs25 in complex with the human transmission blocking antibody 2587
要素
  • 25 kDa ookinete surface antigen
  • 2587 Antibody Fab, Heavy Chain
  • 2587 Antibody Fab, Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / Complex / Antigen / Immunoglobulin
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Plasmodium vivax P25 fold / Plasmodium vivax P25 domain / Ookinete surface antigen, EGF domain / Pvs28 EGF domain / Orthogonal Prism / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Plasmodium vivax P25 fold / Plasmodium vivax P25 domain / Ookinete surface antigen, EGF domain / Pvs28 EGF domain / Orthogonal Prism / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
25 kDa ookinete surface antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者McLeod, B.R. / Julien, J.P.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1108403 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Potent antibody lineage against malaria transmission elicited by human vaccination with Pfs25.
著者: McLeod, B. / Miura, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Nguyen, N. / Shin, H. / Kim, D. / Volkmuth, W. / Ramisch, S. / Chichester, J.A. / Streatfield, S. / Woods, C. / Schief, W.R. / Emerling, D. ...著者: McLeod, B. / Miura, K. / Scally, S.W. / Bosch, A. / Nguyen, N. / Shin, H. / Kim, D. / Volkmuth, W. / Ramisch, S. / Chichester, J.A. / Streatfield, S. / Woods, C. / Schief, W.R. / Emerling, D. / King, C.R. / Julien, J.P.
履歴
登録2019年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2587 Antibody Fab, Heavy Chain
G: 25 kDa ookinete surface antigen
B: 2587 Antibody Fab, Light Chain
C: 2587 Antibody Fab, Heavy Chain
E: 25 kDa ookinete surface antigen
D: 2587 Antibody Fab, Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,9226
ポリマ－133,9226
非ポリマー00
水00
1
A: 2587 Antibody Fab, Heavy Chain
G: 25 kDa ookinete surface antigen
B: 2587 Antibody Fab, Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9613
ポリマ－66,9613
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 2587 Antibody Fab, Heavy Chain
E: 25 kDa ookinete surface antigen
D: 2587 Antibody Fab, Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9613
ポリマ－66,9613
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.236, 110.266, 147.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: 抗体 2587 Antibody Fab, Heavy Chain


分子量: 23951.740 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 25 kDa ookinete surface antigen / Pfs25


分子量: 20233.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13829
#3: 抗体 2587 Antibody Fab, Light Chain


分子量: 22776.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 20% (w/v) PEG 3350, and cryoprotected in 15% (v/v) ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. obs: 25850 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.284 / Rpim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.784 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2305 / CC1/2: 0.543 / Rpim(I) all: 0.334 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 3.1→39.752 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2665 1291 5.01 %
Rwork0.2371 --
obs0.2386 25791 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.752 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8766 0 0 0 8766
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.512215
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4465448
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041562
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.22410.3951400.35712669X-RAY DIFFRACTION100
3.2241-3.37080.33311410.33122666X-RAY DIFFRACTION100
3.3708-3.54840.30851420.28892703X-RAY DIFFRACTION100
3.5484-3.77050.29991420.26662683X-RAY DIFFRACTION100
3.7705-4.06140.24061420.23532706X-RAY DIFFRACTION100
4.0614-4.46960.24351430.19622710X-RAY DIFFRACTION100
4.4696-5.11520.21011430.18482724X-RAY DIFFRACTION100
5.1152-6.44020.25761450.21472757X-RAY DIFFRACTION100
6.4402-39.75540.25331530.21682882X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.30823.6015-1.38733.7587-0.28251.8339-0.07321.48751.05340.25580.5203-0.1123-0.45050.0169-0.31520.6776-0.02470.03380.35260.05570.2635-51.467439.8475163.447
25.6567-2.18290.69972.9206-0.2062.2111-0.0402-0.7414-0.00770.0440.3894-0.2166-0.6436-0.09240.08580.42960.14340.00770.17790.01060.2602-57.592240.2178173.4118
34.1196-0.367-2.06844.55910.8721.79890.3079-0.40050.39830.4761-0.34240.1349-0.0976-0.0579-0.02660.77950.1667-0.07310.2165-0.11390.342-53.516545.4428172.743
40.367-0.5386-0.3720.65550.82822.698-0.2382-0.168-0.1057-0.05020.08020.16380.1251-0.11580.09490.38120.03620.00050.20670.05320.2862-50.45327.5468159.8439
56.5894-2.72744.46412.60630.06525.9347-0.14710.1785-0.3048-0.3486-0.0381-0.18760.06060.01950.11970.5336-0.07440.03120.2057-0.00110.2367-44.287921.2188157.7123
61.8118-0.69270.42670.94580.84412.44150.00220.1302-0.1823-0.0084-0.07781.0543-0.08450.07370.08980.5360.18470.01240.08940.12060.5686-53.074117.5152149.2429
71.64080.3421-0.13461.1923-2.27634.5473-0.22930.1518-0.2025-0.5434-0.1308-0.12581.05070.2767-3.73230.61950.0378-0.18840.28090.27510.0865-50.380522.3848144.0311
87.565-0.3734-2.64394.44263.68944.05420.42720.09881.23321.0786-0.4796-0.24891.5216-0.030.13070.94910.21560.33880.76910.27410.7401-80.943838.5275206.9946
92.70291.5584.54318.11161.60717.7879-1.3614-1.3862-0.02970.61121.24950.19440.4218-0.03440.13170.64540.29660.13120.739-0.09650.422-78.788442.3363198.9447
107.1005-5.78337.54456.5853-5.76048.0670.18970.9848-0.77910.5625-0.33310.95590.4545-0.28210.15980.42380.02780.1021.3119-0.07150.6888-91.875846.0999204.0611
114.2745-2.1243-1.13734.16533.19864.86090.92460.21551.44120.55040.29970.1732-1.1018-1.683-0.95621.01950.10670.61741.5019-0.16881.5997-99.032254.4921208.7177
123.62814.3619-2.85977.4522-1.60163.75421.0064-0.07522.88510.57280.16641.7608-1.1688-0.6833-1.05240.75910.16320.14751.1772-0.40441.2918-85.326258.0571204.3476
137.9095-1.2982-2.14764.62954.23643.99440.4277-1.76371.03480.32970.4452-1.0589-2.07691.3392-1.04160.7471-0.09430.15460.9332-0.21970.8154-71.583955.6685201.4153
144.70790.21940.83120.835-1.7644.07970.5042-1.80241.65060.46970.0701-0.0933-1.2710.93760.14590.4372-0.17790.10180.45-0.30380.666-68.792850.5198193.627
152.7364-0.0017-0.62193.61563.23326.15040.5681-0.57540.54250.4454-0.33270.66310.06690.1819-0.12440.56110.0990.09770.4466-0.01350.4505-71.319140.4408192.7415
166.7461-4.4785-2.5898.2984-1.1842.5829-0.54580.0359-1.354-0.177-0.27811.63210.5883-0.83070.75170.918-0.14810.06390.5752-0.12190.5374-79.51337.1139191.1753
174.5196-4.11365.17046.5809-6.19926.70231.3618-1.6230.0793-0.63890.8260.91180.2682-1.274-1.38770.8651-0.21310.34571.1788-0.09651.0649-88.36725.5367189.1842
182.3165-2.7806-0.58434.83650.78343.0866-0.13020.0514-0.20220.25810.05540.15150.2058-0.21170.0850.4245-0.01-0.00020.22890.00710.2716-56.565722.9881184.605
191.85411.2887-1.10183.8841-2.75347.1101-0.0783-0.4173-0.19770.36630.2593-0.1602-0.01240.1003-0.17920.69080.1254-0.00560.22220.02760.3334-35.931510.2718155.5876
208.4893-2.9408-1.85292.15110.8211.5539-0.8607-0.8156-0.13740.66270.74370.0553-0.4090.60290.14240.91920.04360.06290.45580.00510.2265-31.96337.5475198.8048
214.26721.005-1.08516.17130.41724.0772-0.1650.06180.2950.10940.11650.2144-0.43430.58470.05860.4426-0.0199-0.06130.4182-0.00940.2169-27.399441.5799187.5177
222.5075-0.1798-3.13511.26550.19433.6077-0.0111-0.2480.05270.32810.0333-0.1452-0.14640.4191-0.09380.4362-0.0291-0.09560.3539-0.01890.1981-30.145938.459192.5888
232.36112.2544-0.0072.16780.08030.84670.1507-0.3136-0.6443-0.6825-0.024-1.1288-0.00570.2513-0.17580.6925-0.01710.19180.1408-0.27710.2818-37.083316.8964210.4742
244.8736-4.3871-5.09964.06574.55395.40250.4730.313-0.2352-0.7523-0.0943-0.45990.04740.2682-0.28490.5552-0.03340.01650.59430.04890.5084-4.378841.0018160.3893
253.417-0.1250.73794.6261.15442.2880.16060.33080.6508-0.64170.2007-1.0749-0.2193-0.0309-0.25960.61470.03130.08870.67940.16530.96476.731655.6063157.9199
265.28941.4154-1.70133.0302-3.55675.39090.25160.33460.3003-0.2547-0.8835-0.2519-0.03750.27280.56250.42230.0196-0.09330.2539-0.01250.4323-16.210752.6611167.1403
278.7670.3843-0.96325.73752.57547.9176-0.227-0.1011-1.251-0.4270.4907-1.22091.04391.1674-0.12910.51850.02120.06230.4520.1170.611-5.788933.0088168.9105
283.7153-1.45494.42438.27450.31717.01470.94380.8833-0.74390.21480.38321.94670.3504-0.2427-1.44020.78250.0761-0.16620.64290.28390.90384.506626.3866173.043
292.00942.4271-0.4563.5632-0.98330.9522-0.16760.0161-0.003-0.1070.08640.08220.39390.24380.08640.51810.11190.01510.19860.07040.2828-28.72322.7173176.6113
302.1199-0.6464-1.20842.61971.34522.5833-0.0493-0.1203-0.06790.0021-0.12550.0279-0.1351-0.08360.14520.56580.01750.00320.09340.02980.2858-50.30588.7119205.2239
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 17 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 18 through 52 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 53 through 99 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 100 through 164 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 165 through 184 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 185 through 210 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 211 through 221 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'G' and (resid 1 through 11 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resid 12 through 25 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'G' and (resid 26 through 44 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resid 45 through 54 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'G' and (resid 55 through 89 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 90 through 108 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 109 through 121 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 122 through 150 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 151 through 158 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 159 through 173 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 2 through 112 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 113 through 208 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1 through 17 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 18 through 68 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 69 through 126 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 127 through 221 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 1 through 25 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 26 through 89 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 90 through 134 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 135 through 158 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 159 through 173 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 1 through 112 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 113 through 208 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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