PDB-6pgv: Human Josephin-2 in complex with ubiquitin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pgv

タイトル

Human Josephin-2 in complex with ubiquitin

要素

Josephin-2
Polyubiquitin-B

キーワード

HYDROLASE / deubiquitinating enzyme / Josephin / ubiquitin

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / protein deubiquitination / Josephin domain DUBs / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Grasty, K.C. / Weeks, S.D. / Loll, P.J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the activity and regulation of human Josephin-2
著者: Grasty, K.C. / Weeks, S.D. / Loll, P.J.

履歴

登録	2019年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2025年4月2日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pgv.cif.gz	108.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pgv.ent.gz	83.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pgv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pgv_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pgv_full_validation.pdf.gz	437.3 KB	表示
XML形式データ	6pgv_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	6pgv_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/6pgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/6pgv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7c5w-d 5h5y-2 4ftu-d 1nri-d 3unp-d 1igm-d 2ihf-d 6ai4-2 5oqd-5 5ko3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Josephin-2

B: Polyubiquitin-B

ヘテロ分子

29.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, No evidence for higher-order complex formation from gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.120, 102.120, 92.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

#1: タンパク質	Josephin-2 / Josephin domain-containing protein 2 分子量: 20872.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JOSD2, SBBI54 / プラスミド: pETHSUL-Jos2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TAC2, ubiquitinyl hydrolase 1
#2: タンパク質	Polyubiquitin-B 分子量: 8519.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0CG47
#3: 化合物	ChemComp-NEH / ETHANAMINE / エチルアミン分子量: 45.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₇N
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.2 M CaCl2, 22.5% (w/v) PEG 6000; microbatch under Al's Oil

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X6A / 波長: 0.900, 0.9787, 0.9792, 0.9700, 1.0053, 1.0089

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月23日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9	1
2	0.9787	1
3	0.9792	1
4	0.97	1
5	1.0053	1
6	1.0089	1

反射

解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 12866 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 77 % / B_iso Wilson estimate: 50.4 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.007 / R_rim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 81.6

反射シェル

解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 46.2 % / R_merge(I) obs: 0.99 / Num. unique obs: 1237 / CC_1/2: 0.949 / R_pim(I) all: 0.145 / R_rim(I) all: 1 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS	Jan 26, 2018	データ削減
XSCALE	Jan 26, 2018	データスケーリング
PHENIX	(1.14_3260)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→19.815 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.58 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	1134	4.83 %	random
R_work	0.201	-	-	-
obs	-	23492	98.41 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.815 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1801	0	0	24	1825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1832
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.498	2478
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.455	1119
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	287
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	319

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3001-2.4047	0.3616	146	0.2729	2771	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4047-2.5312	0.2798	150	0.2478	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5312-2.6894	0.2377	141	0.2259	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6894-2.8965	0.2839	122	0.2382	2838	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8965-3.1869	0.2218	158	0.2297	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1869-3.6456	0.2361	154	0.2089	2764	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6456-4.5836	0.1776	144	0.1677	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5836-19.8158	0.2212	119	0.1777	2871	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-1.8481	1.3053	-5.14	-2.4837	-2.7867	6.6914	-0.0288	0.5684	0.1666	-0.2287	0.0022	0.0594	-1.2391	-0.5319	-0.1977	0.7928	-0.0233	-0.0442	0.6552	0.0443	0.4825	-20.1703	41.3088	-8.4444
2	7.8562	-5.0991	4.4748	3.275	-3.4707	8.763	-1.3676	0.0235	2.916	-1.1443	-0.0188	-1.6713	-1.7568	1.7852	-0.3372	1.3594	-0.1591	0.1043	0.4908	0.1621	-0.0292	-11.8863	47.8644	-3.0673
3	5.4631	-1.0453	1.1468	3.0847	1.3187	6.0117	-0.2156	0.0581	-0.621	-0.2766	0.0006	0.0257	0.4198	0.8075	0.177	0.3361	0.0498	0.1205	0.4161	0.0485	0.4338	-11.8537	31.3146	6.2334
4	5.8231	0.3875	2.2506	4.5592	1.0934	7.2486	-0.1501	0.6132	-1.5855	-0.2813	-0.1056	0.2435	1.1302	-0.0898	0.1516	0.6362	0.0161	0.0926	0.3815	-0.1253	0.8361	-18.9887	24.4728	-1.0239
5	6.5302	-0.9088	1.5857	5.252	-1.0633	3.4122	-0.106	-1.0295	-0.3063	0.4331	0.1866	-0.6854	-0.0563	0.2264	0.0729	0.333	0.0719	0.0078	0.5843	0.1439	0.4846	-12.5252	31.083	13.7218
6	6.3896	1.5288	2.8438	8.101	-1.8952	3.9798	-0.2444	0.4116	0.3383	0.386	-0.8367	-0.6238	0.0181	1.592	0.5034	0.4267	0.1138	0.0146	0.9696	0.2399	0.5285	5.2943	38.5287	9.3698
7	2.0283	1.3058	0.9506	1.8227	-2.9479	2.5927	-0.8158	2.0007	1.157	0.195	-0.8253	-0.953	-0.251	1.9965	0.1622	0.5945	-0.0177	-0.0424	1.5321	0.3703	0.7857	8.4635	42.1801	5.4904

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 13:45 )	A	13 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 46:68 )	A	46 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 69:111 )	A	69 - 111
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 122:167 )	A	122 - 167
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 168:186 )	A	168 - 186
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 1:49 )	B	1 - 49
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND ( RESID 50:75 OR RESID 101:101 ) )	B	50 - 75
8	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND ( RESID 50:75 OR RESID 101:101 ) )	B	101

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