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- PDB-6pfl: Crystal structure of Human HUWE1 WWE domain in complex with ADPR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pfl
タイトルCrystal structure of Human HUWE1 WWE domain in complex with ADPR
要素E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
キーワードTRANSFERASE / HUWE1 / WWE domain / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial fusion / histone ubiquitin ligase activity / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / HECT-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Golgi organization / protein monoubiquitination / positive regulation of protein ubiquitination / circadian regulation of gene expression / base-excision repair ...negative regulation of mitochondrial fusion / histone ubiquitin ligase activity / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / HECT-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / Golgi organization / protein monoubiquitination / positive regulation of protein ubiquitination / circadian regulation of gene expression / base-excision repair / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / membrane fusion / cell differentiation / Golgi membrane / Neutrophil degranulation / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain ...HUWE1, UBA domain / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / WWE domain / WWE domain superfamily / WWE domain / WWE domain profile. / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Halabelian, L. / Zeng, H. / Dong, A. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Human HUWE1 WWE domain in complex with ADPR
著者: Halabelian, L. / Zeng, H. / Dong, A. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2019年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
B: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1587
ポリマ－21,0392
非ポリマー1,1195
水48627
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
B: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
ヘテロ分子

A: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
B: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,31614
ポリマ－42,0784
非ポリマー2,23710
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area8610 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area14900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.423, 50.423, 128.412
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 / ARF-binding protein 1 / ARF-BP1 / HECT / UBA and WWE domain-containing protein 1 / HECT-type E3 ...ARF-binding protein 1 / ARF-BP1 / HECT / UBA and WWE domain-containing protein 1 / HECT-type E3 ubiquitin transferase HUWE1 / Homologous to E6AP carboxyl terminus homologous protein 9 / HectH9 / Large structure of UREB1 / LASU1 / Mcl-1 ubiquitin ligase E3 / Mule / Upstream regulatory element-binding protein 1 / URE-binding protein 1


分子量: 10519.563 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HUWE1, KIAA0312, KIAA1578, UREB1, HSPC272 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -pRARE2 / 参照: UniProt: Q7Z6Z7, HECT-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物 ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 % / Mosaicity: 0.25 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.4M NaCitrate, and 0.1M Tris-HCL pH7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→43.67 Å / Num. obs: 11221 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 67269 / Scaling rejects: 25
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.528 / Num. measured all: 5537 / Num. unique obs: 904 / CC1/2: 0.847 / Rpim(I) all: 0.221 / Rrim(I) all: 0.575 / Net I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MIW

6miw


解像度: 2.1→43.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 6.359 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2597 550 4.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.2106 10669 96.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 105.32 Å2 / Biso mean: 41.156 Å2 / Biso min: 18.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.51 Å2-0.25 Å2-0 Å2
2---0.51 Å20 Å2
3---1.64 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→43.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1205 0 57 27 1289
Biso mean--48.51 44.88 -
残基数----154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0121300
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4391.6591782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2481.5792458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3625153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.55619.73776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.81615181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4171515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02322
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 31 -
Rwork0.287 777 -
all-808 -
obs--98.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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