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万見
- PDB-6ob1: Structure of WHB in complex with Ubiquitin Variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ob1
タイトルStructure of WHB in complex with Ubiquitin Variant
要素
  • (Ubiquitin) x 2
  • Anaphase-promoting complex subunit 2
キーワードPROTEIN BINDING / Ubiquitin / WHB
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / protein branched polyubiquitination / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process ...positive regulation of synapse maturation / Conversion from APC/C:Cdc20 to APC/C:Cdh1 in late anaphase / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / Aberrant regulation of mitotic exit in cancer due to RB1 defects / protein branched polyubiquitination / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / regulation of meiotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of synaptic plasticity / Phosphorylation of the APC/C / positive regulation of dendrite morphogenesis / protein K11-linked ubiquitination / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / Transcriptional Regulation by VENTX / positive regulation of axon extension / protein K48-linked ubiquitination / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / regulation of mitotic cell cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Assembly of the pre-replicative complex / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Separation of Sister Chromatids / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nervous system development / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cell differentiation / cell division / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. ...Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Anaphase-promoting complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Edmond, R.W. / Grace, C.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R35GM128855 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R37GM065930 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Protein engineering of a ubiquitin-variant inhibitor of APC/C identifies a cryptic K48 ubiquitin chain binding site.
著者: Edmond R Watson / Christy R R Grace / Wei Zhang / Darcie J Miller / Iain F Davidson / J Rajan Prabu / Shanshan Yu / Derek L Bolhuis / Elizaveta T Kulko / Ronnald Vollrath / David Haselbach / ...著者: Edmond R Watson / Christy R R Grace / Wei Zhang / Darcie J Miller / Iain F Davidson / J Rajan Prabu / Shanshan Yu / Derek L Bolhuis / Elizaveta T Kulko / Ronnald Vollrath / David Haselbach / Holger Stark / Jan-Michael Peters / Nicholas G Brown / Sachdev S Sidhu / Brenda A Schulman /
要旨: Ubiquitin (Ub)-mediated proteolysis is a fundamental mechanism used by eukaryotic cells to maintain homeostasis and protein quality, and to control timing in biological processes. Two essential ...Ubiquitin (Ub)-mediated proteolysis is a fundamental mechanism used by eukaryotic cells to maintain homeostasis and protein quality, and to control timing in biological processes. Two essential aspects of Ub regulation are conjugation through E1-E2-E3 enzymatic cascades and recognition by Ub-binding domains. An emerging theme in the Ub field is that these 2 properties are often amalgamated in conjugation enzymes. In addition to covalent thioester linkage to Ub's C terminus for Ub transfer reactions, conjugation enzymes often bind noncovalently and weakly to Ub at "exosites." However, identification of such sites is typically empirical and particularly challenging in large molecular machines. Here, studying the 1.2-MDa E3 ligase anaphase-promoting complex/cyclosome (APC/C), which controls cell division and many aspects of neurobiology, we discover a method for identifying unexpected Ub-binding sites. Using a panel of Ub variants (UbVs), we identify a protein-based inhibitor that blocks Ub ligation to APC/C substrates in vitro and ex vivo. Biochemistry, NMR, and cryo-electron microscopy (cryo-EM) structurally define the UbV interaction, explain its inhibitory activity through binding the surface on the APC2 subunit that recruits the E2 enzyme UBE2C, and ultimately reveal that this APC2 surface is also a Ub-binding exosite with preference for K48-linked chains. The results provide a tool for probing APC/C activity, have implications for the coordination of K48-linked Ub chain binding by APC/C with the multistep process of substrate polyubiquitylation, and demonstrate the power of UbV technology for identifying cryptic Ub-binding sites within large multiprotein complexes.
履歴
登録2019年3月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin
B: Ubiquitin
C: Anaphase-promoting complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3633
ポリマ－27,3633
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8550.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8552.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
#3: タンパク質 Anaphase-promoting complex subunit 2 / APC2 / Cyclosome subunit 2


分子量: 10259.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANAPC2, APC2, KIAA1406
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q9UJX6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic23D HNCA
161isotropic13D (H)CCH-TOCSY
181isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1111isotropic13D 1H-13C filtered NOESY
1121isotropic13D HBHA(CO)NH
2132isotropic22D 1H-15N HSQC
2142isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
2152isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
2172isotropic13D HNCA
2162isotropic13D HN(CA)CB
2182isotropic33D HBHA(CO)NH
2192isotropic13D 1H-15N NOESY
2202isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
2212isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
2222isotropic13D H(CCO)NH
2232isotropic23D 1H-13C filtered NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] WHB, 0.6 mM Ubiquitin Variant, 90% H2O/10% D2O
詳細: 0.5mM, 10mM HEPES, pH7, 100mM NaCl, 10mM DTT / Label: 15N_13C_WHB+UbVw / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMWHB[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.6 mMUbiquitin Variantnatural abundance1
試料状態詳細: 0.5mM, 10mM HEPES, pH7, 100mM NaCl, 10mM DTT / イオン強度: 100 mM / Label: 15N_13C_WHB+UbVw / pH: 7 / 圧: atmospheric atm / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001TCI probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002TCI probe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003TCI probe

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CNS精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Structures from cyana were minimized with CNS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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