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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6pfh | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of TS-DHFR from Cryptosporidium hominis in complex with NADPH, FdUMP and 2-(2-(4-((2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)methyl)benzamido)-4-cyanophenyl)acetic acid. | |||||||||
要素 | Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase | |||||||||
キーワード | transferase/transferase inhibitor / Inhibitor / TS / TS-DHFR / TRANSFERASE / transferase-transferase inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å | |||||||||
データ登録者 | Czyzyk, D.C. / Valhondo, M. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019 タイトル: Structure activity relationship towards design of cryptosporidium specific thymidylate synthase inhibitors. 著者: Czyzyk, D.J. / Valhondo, M. / Deiana, L. / Tirado-Rives, J. / Jorgensen, W.L. / Anderson, K.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6pfh.cif.gz | 521.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6pfh.ent.gz | 429.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6pfh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6pfh_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6pfh_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6pfh_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6pfh_validation.cif.gz | 30.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/6pfh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6pf3C 6pf4C 6pf5C 6pf6C 6pf7C 6pf8C 6pf9C 6pfaC 6pfbC 6pfcC 6pfdC 6pfeC 6pffC 6pfgC 6pfiC 4q0eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60262.520 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム) 遺伝子: CHUDEA4_4460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PA-414 / 参照: UniProt: A0A0S4TER9 #2: 化合物 | ChemComp-NDP / #3: 化合物 | ChemComp-UFP / #4: 化合物 | ChemComp-OFD / [ #5: 化合物 | ChemComp-MTX / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.9 % |
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結晶化 | 温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Well solution 20 % PEG 6000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.06 M lithium sulfate, 0.1 M Tris Drop ratio 2:1 enzyme mix/well solution |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979303 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979303 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.94→30 Å / Num. obs: 115109 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.996 / Rsym value: 0.152 / Net I/σ(I): 10.51 |
反射 シェル | 解像度: 2.94→3.12 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 17791 / CC1/2: 0.791 / Rsym value: 0.93 / % possible all: 96.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4Q0E 解像度: 2.94→29.719 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.44
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.94→29.719 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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