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- PDB-6pe9: Crystal Structure of CD40 complexed to FAB516 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pe9
タイトルCrystal Structure of CD40 complexed to FAB516
要素
  • FAB Heavy chain
  • FAB Light chain
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD40 / FAB / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to erythropoietin / varicosity / B cell mediated immunity / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / response to cobalamin ...cellular response to erythropoietin / varicosity / B cell mediated immunity / positive regulation of interleukin-4-mediated signaling pathway / immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / CD40 signaling pathway / CD40 receptor complex / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / response to cobalamin / positive regulation of protein kinase C signaling / defense response to protozoan / B cell activation / B cell proliferation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / response to type II interferon / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / antigen binding / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to mechanical stimulus / platelet activation / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cellular response to tumor necrosis factor / signaling receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / protein-containing complex assembly / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / inflammatory response / protein domain specific binding / external side of plasma membrane / neuronal cell body / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor receptor 5 / Tumour necrosis factor receptor 5, N-terminal / : / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region ...Tumour necrosis factor receptor 5 / Tumour necrosis factor receptor 5, N-terminal / : / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Ribbon / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Argiriadi, M.A.
引用ジャーナル: BMC Mol Cell Biol / 年: 2019
タイトル: CD40/anti-CD40 antibody complexes which illustrate agonist and antagonist structural switches.
著者: Argiriadi, M.A. / Benatuil, L. / Dubrovska, I. / Egan, D.A. / Gao, L. / Greischar, A. / Hardman, J. / Harlan, J. / Iyer, R.B. / Judge, R.A. / Lake, M. / Perron, D.C. / Sadhukhan, R. / ...著者: Argiriadi, M.A. / Benatuil, L. / Dubrovska, I. / Egan, D.A. / Gao, L. / Greischar, A. / Hardman, J. / Harlan, J. / Iyer, R.B. / Judge, R.A. / Lake, M. / Perron, D.C. / Sadhukhan, R. / Sielaff, B. / Sousa, S. / Wang, R. / McRae, B.L.
履歴
登録2019年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAB Heavy chain
B: FAB Light chain
C: FAB Heavy chain
D: FAB Light chain
E: FAB Heavy chain
F: FAB Light chain
G: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
H: FAB Heavy chain
I: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
J: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
K: FAB Heavy chain
L: FAB Light chain
M: FAB Light chain
U: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
V: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)336,55520
ポリマ－336,07515
非ポリマー4805
水1,56787
1
A: FAB Heavy chain
B: FAB Light chain
ヘテロ分子

I: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4075
ポリマ－67,2153
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_757-x+5/2,y+1/2,-z+21
2
C: FAB Heavy chain
D: FAB Light chain
G: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2153
ポリマ－67,2153
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: FAB Heavy chain
F: FAB Light chain
U: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2153
ポリマ－67,2153
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: FAB Heavy chain
L: FAB Light chain
V: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5036
ポリマ－67,2153
非ポリマー2883
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
J: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5
K: FAB Heavy chain
M: FAB Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2153
ポリマ－67,2153
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)254.840, 224.035, 111.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体
FAB Heavy chain


分子量: 23780.588 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
FAB Light chain


分子量: 24246.926 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 5 / B-cell surface antigen CD40 / Bp50 / CD40L receptor / CDw40


分子量: 19187.449 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD40, TNFRSF5 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25942
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.74 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 1.6M Ammonium Sulfate 2% w/v PEG1000, 100 mM HEPES Sodium Salt pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.13→167.5 Å / Num. obs: 108254 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 3.13→3.14 Å / Num. unique obs: 1044 / CC1/2: 0.76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PE8

6pe8


解像度: 3.13→35.338 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2552 5445 5.05 %
Rwork0.2162 --
obs0.2182 107879 99.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.13→35.338 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18506 0 25 87 18618
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118980
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13425872
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.07511180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0612906
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063323
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.13-3.16560.37871700.31273452X-RAY DIFFRACTION100
3.1656-3.20280.3531580.29513451X-RAY DIFFRACTION100
3.2028-3.24180.32311870.28173350X-RAY DIFFRACTION100
3.2418-3.28280.3232060.27383443X-RAY DIFFRACTION100
3.2828-3.3260.32091960.26693415X-RAY DIFFRACTION100
3.326-3.37150.29441910.2693423X-RAY DIFFRACTION100
3.3715-3.41960.34591760.25483387X-RAY DIFFRACTION100
3.4196-3.47060.30462000.2543445X-RAY DIFFRACTION100
3.4706-3.52480.2931940.23533368X-RAY DIFFRACTION100
3.5248-3.58260.27361950.22533443X-RAY DIFFRACTION100
3.5826-3.64430.24911740.22893403X-RAY DIFFRACTION100
3.6443-3.71050.28171700.22343457X-RAY DIFFRACTION100
3.7105-3.78180.26851650.21773415X-RAY DIFFRACTION100
3.7818-3.85890.25381930.21293442X-RAY DIFFRACTION100
3.8589-3.94270.22632020.20083393X-RAY DIFFRACTION100
3.9427-4.03420.23061990.19463387X-RAY DIFFRACTION100
4.0342-4.1350.22051730.19323411X-RAY DIFFRACTION100
4.135-4.24660.19941680.18663436X-RAY DIFFRACTION99
4.2466-4.37130.2271710.17853405X-RAY DIFFRACTION99
4.3713-4.51220.21231690.17113421X-RAY DIFFRACTION99
4.5122-4.67310.21661850.17763412X-RAY DIFFRACTION99
4.6731-4.85970.20552010.17313420X-RAY DIFFRACTION99
4.8597-5.08030.23691720.1743425X-RAY DIFFRACTION99
5.0803-5.34730.22481910.18683413X-RAY DIFFRACTION100
5.3473-5.6810.20591460.1923452X-RAY DIFFRACTION99
5.681-6.11760.25451770.21433407X-RAY DIFFRACTION99
6.1176-6.72940.25561850.21923409X-RAY DIFFRACTION99
6.7294-7.69440.26821540.23223455X-RAY DIFFRACTION99
7.6944-9.66120.23151810.21363377X-RAY DIFFRACTION98
9.6612-35.34030.30171960.26933317X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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