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- PDB-6pbz: Crystal structure of Escherichia coli GppA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pbz
タイトルCrystal structure of Escherichia coli GppA
要素Guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / pppGpp / ppGpp / PPX / GppA
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate phosphatase / guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate diphosphatase activity / guanosine pentaphosphate catabolic process / phosphorus metabolic process / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / response to starvation
類似検索 - 分子機能
Guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate pyrophosphatase / Pyrophosphatase, GppA/Ppx-type / : / Ppx/GppA phosphatase, domain III / : / Ppx/GppA phosphatase / Ppx/GppA phosphatase family / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.475 Å
データ登録者Song, H. / Shaw, G.X. / Wang, C. / Ji, X.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Structure and activity of PPX/GppA homologs from Escherichia coli and Helicobacter pylori.
著者: Song, H. / Dharmasena, M.N. / Wang, C. / Shaw, G.X. / Cherry, S. / Tropea, J.E. / Jin, D.J. / Ji, X.
履歴
登録2019年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate pyrophosphatase
B: Guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate pyrophosphatase
C: Guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate pyrophosphatase
D: Guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,00712
ポリマ－219,7244
非ポリマー2848
水6,395355
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12110 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area78050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.829, 162.510, 165.669
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate pyrophosphatase / Guanosine pentaphosphate phosphohydrolase / pppGpp-5'-phosphohydrolase


分子量: 54930.926 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: gppA, gpp, b3779, JW5603 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P25552, guanosine-5'-triphosphate,3'-diphosphate phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 10% (v/v) PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月5日
放射モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 78268 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 7470 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3352: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.475→29.461 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 999 1.28 %
Rwork0.2246 --
obs0.2253 78098 96.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.475→29.461 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14849 0 8 355 15212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115169
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21620562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0819211
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0632393
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082675
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4747-2.60510.37211160.32639292X-RAY DIFFRACTION82
2.6051-2.76820.35311370.323110870X-RAY DIFFRACTION96
2.7682-2.98170.40311500.318111089X-RAY DIFFRACTION98
2.9817-3.28140.34351450.293111161X-RAY DIFFRACTION98
3.2814-3.75540.30551460.246611340X-RAY DIFFRACTION99
3.7554-4.72830.27691520.19911498X-RAY DIFFRACTION100
4.7283-29.46270.20361530.177911849X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8055-0.39020.63144.78711.66133.11660.1611-0.2257-0.19530.0186-0.004-0.01510.26210.04-0.14030.5074-0.0593-0.04790.555-0.00030.545452.745784.4142113.0856
24.2671-0.24250.11643.17852.18962.45930.05250.6102-0.4264-0.7729-0.1487-0.00020.6524-0.12570.08771.4090.11940.20790.91050.09350.792240.05595.891942.2637
32.3974-1.3978-0.20125.6131.44222.66590.0840.50280.2618-1.1353-0.21640.9381-0.3303-1.20570.08960.7434-0.0035-0.11241.28340.07570.982213.793271.25157.8497
44.08853.3562-0.88327.16162.15054.8685-0.0083-0.17140.08940.67070.1942-0.37330.15991.7608-0.11930.91550.1979-0.07621.40370.05810.913978.860261.913290.6748
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 132:285
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 132:285
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resid 132:285
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and resid 132:285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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