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万見
- PDB-6pb1: Cryo-EM structure of Urocortin 1-bound Corticotropin-releasing fa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pb1
タイトルCryo-EM structure of Urocortin 1-bound Corticotropin-releasing factor 2 receptor in complex with Gs protein and Nb35
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Corticotropin-releasing factor receptor 2
  • Nanobody 35
  • Urocortin
キーワードSIGNALING PROTEIN / Corticotropin-releasing factor 2 receptor / urocortins1 / Gs protein / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


histone deacetylase inhibitor activity / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / positive regulation of corticotropin secretion / positive regulation of behavioral fear response / varicosity / negative regulation of hormone secretion / response to auditory stimulus / positive regulation of cAMP-mediated signaling / drinking behavior ...histone deacetylase inhibitor activity / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / positive regulation of corticotropin secretion / positive regulation of behavioral fear response / varicosity / negative regulation of hormone secretion / response to auditory stimulus / positive regulation of cAMP-mediated signaling / drinking behavior / negative regulation of appetite / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / neuropeptide hormone activity / positive regulation of vascular permeability / negative regulation of cell size / G protein-coupled peptide receptor activity / Class B/2 (Secretin family receptors) / negative regulation of feeding behavior / response to pain / positive regulation of calcium ion import / startle response / associative learning / PKA activation in glucagon signalling / peptide hormone binding / social behavior / hair follicle placode formation / developmental growth / neuropeptide signaling pathway / positive regulation of collagen biosynthetic process / D1 dopamine receptor binding / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / intracellular transport / T cell migration / D2 dopamine receptor binding / Adenylate cyclase inhibitory pathway / positive regulation of protein localization to cell cortex / renal water homeostasis / Hedgehog 'off' state / regulation of cAMP-mediated signaling / G protein-coupled serotonin receptor binding / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to forskolin / response to glucocorticoid / axon terminus / regulation of mitotic spindle organization / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to glucagon stimulus / positive regulation of cardiac muscle contraction / negative regulation of blood pressure / adenylate cyclase activator activity / regulation of insulin secretion / aerobic respiration / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / trans-Golgi network membrane / positive regulation of DNA replication / positive regulation of translation / Regulation of insulin secretion / female pregnancy / long-term synaptic potentiation / G protein-coupled receptor binding / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / sensory perception of sound / bone development / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G protein activity / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / platelet aggregation / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / response to peptide hormone / cognition / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / positive regulation of interleukin-6 production / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / vasodilation / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 2 / Urocortin/corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor conserved site / Corticotropin-releasing factor family signature. / corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / Corticotropin-releasing factor family / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 ...GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 2 / Urocortin/corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor conserved site / Corticotropin-releasing factor family signature. / corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / Corticotropin-releasing factor family / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Few Secondary Structures / Irregular / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / PALMITIC ACID / Urocortin / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Corticotropin-releasing factor receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ma, S. / Shen, Q. / Zhao, L.-H. / Mao, C. / Zhou, X.E. / Shen, D.-D. / de Waal, P.W. / Bi, P. / Li, C. / Jiang, Y. ...Ma, S. / Shen, Q. / Zhao, L.-H. / Mao, C. / Zhou, X.E. / Shen, D.-D. / de Waal, P.W. / Bi, P. / Li, C. / Jiang, Y. / Wang, M.-W. / Sexton, P.M. / Wootten, D. / Melcher, K. / Zhang, Y. / Xu, H.E.
資金援助 米国, 中国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM127710 米国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770796 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Molecular Basis for Hormone Recognition and Activation of Corticotropin-Releasing Factor Receptors.
著者: Shanshan Ma / Qingya Shen / Li-Hua Zhao / Chunyou Mao / X Edward Zhou / Dan-Dan Shen / Parker W de Waal / Peng Bi / Chuntao Li / Yi Jiang / Ming-Wei Wang / Patrick M Sexton / Denise Wootten / ...著者: Shanshan Ma / Qingya Shen / Li-Hua Zhao / Chunyou Mao / X Edward Zhou / Dan-Dan Shen / Parker W de Waal / Peng Bi / Chuntao Li / Yi Jiang / Ming-Wei Wang / Patrick M Sexton / Denise Wootten / Karsten Melcher / Yan Zhang / H Eric Xu /
要旨: Corticotropin-releasing factor (CRF) and the three related peptides urocortins 1-3 (UCN1-UCN3) are endocrine hormones that control the stress responses by activating CRF1R and CRF2R, two members of ...Corticotropin-releasing factor (CRF) and the three related peptides urocortins 1-3 (UCN1-UCN3) are endocrine hormones that control the stress responses by activating CRF1R and CRF2R, two members of class B G-protein-coupled receptors (GPCRs). Here, we present two cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of UCN1-bound CRF1R and CRF2R with the stimulatory G protein. In both structures, UCN1 adopts a single straight helix with its N terminus dipped into the receptor transmembrane bundle. Although the peptide-binding residues in CRF1R and CRF2R are different from other members of class B GPCRs, the residues involved in receptor activation and G protein coupling are conserved. In addition, both structures reveal bound cholesterol molecules to the receptor transmembrane helices. Our structures define the basis of ligand-binding specificity in the CRF receptor-hormone system, establish a common mechanism of class B GPCR activation and G protein coupling, and provide a paradigm for studying membrane protein-lipid interactions for class B GPCRs.
履歴
登録2019年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20285
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Corticotropin-releasing factor receptor 2
U: Urocortin
A: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
N: Nanobody 35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,66615
ポリマ－154,8376
非ポリマー2,8299
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein / ...Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 43897.789 Da / 分子数: 1 / Mutation: A212G, S352A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAS, GNAS1, GSP, GNAI1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P63092, UniProt: P63096
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 37915.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P62873
#5: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P59768

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 抗体 , 3種, 3分子 PUN

#1: タンパク質 Corticotropin-releasing factor receptor 2 / CRFR-2 / Corticotropin-releasing hormone receptor 2 / CRH-R2


分子量: 45116.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRHR2, CRF2R, CRH2R
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13324
#2: タンパク質・ペプチド Urocortin


分子量: 4703.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55089
#6: 抗体 Nanobody 35


分子量: 15343.019 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 2種, 9分子

#7: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#8: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Urocortin 1-bound corticotropin-releasing factor 2 receptor in complex with Gs protein
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 66 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 67569 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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