PDB-6p8v: Structure of E. coli MS115-1 HORMA:CdnC:Trip13 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p8v

タイトル

Structure of E. coli MS115-1 HORMA:CdnC:Trip13 complex

要素

ATPase, AAA family
E. coli MS115-1 CdnC
E. coli MS115-1 HORMA

キーワード

PROTEIN BINDING / ATPase / Remodeller / HORMA domain / TRIP13 / Pch2

機能・相同性

機能・相同性情報

2'-5'-oligoadenylate synthetase activity / diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / nucleotide metabolic process / double-stranded RNA binding / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli MS 115-1 (大腸菌)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Ye, Q. / Corbett, K.D.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020
タイトル: HORMA Domain Proteins and a Trip13-like ATPase Regulate Bacterial cGAS-like Enzymes to Mediate Bacteriophage Immunity.
著者: Ye, Q. / Lau, R.K. / Mathews, I.T. / Birkholz, E.A. / Watrous, J.D. / Azimi, C.S. / Pogliano, J. / Jain, M. / Corbett, K.D.

履歴

登録	2019年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.2	2020年3月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.4	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ref Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6p8v.ent.gz	742.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6p8v_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6p8v_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6p8v_validation.xml.gz	78.3 KB	表示
CIF形式データ	6p8v_validation.cif.gz	104.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/6p8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/6p8v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6p80SC 6p82C 6p8jC 6p8oC 6p8pC 6p8rC 6p8sC 6p8uC 6pb3C 6u7bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	10730 7846 7850 6mvh-d 1grz-d 7845 5but-1 7853 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
実験データセット #1	データの種類: diffraction image data / 詳細: raw diffract dataset / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/680

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATPase, AAA family

B: ATPase, AAA family

C: ATPase, AAA family

D: ATPase, AAA family

E: ATPase, AAA family

F: ATPase, AAA family

G: E. coli MS115-1 CdnC

H: E. coli MS115-1 HORMA

ヘテロ分子

266 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.789, 138.516, 100.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ATPase, AAA family 分子量: 34636.684 Da / 分子数: 6 / 変異: E159Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli MS 115-1 (大腸菌) 遺伝子: HMPREF9540_01760 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Y2H4
#2: タンパク質	E. coli MS115-1 CdnC 分子量: 36451.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli MS 115-1 (大腸菌) 遺伝子: HMPREF9540_01758 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Y2H2
#3: タンパク質	E. coli MS115-1 HORMA 分子量: 19447.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BHS87_27760, CG706_08820 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X1LKT4, UniProt: D7Y2H3*PLUS
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M MOPS pH 7.0, 0.2 M MgCl2, and 14% PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→99.19 Å / Num. obs: 70640 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_pim(I) all: 0.091 / R_rim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.64→2.7 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 1.186 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4550 / CC_1/2: 0.292 / R_pim(I) all: 0.783 / R_rim(I) all: 1.426 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6P80

6p80

解像度: 2.64→88.876 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.32 / 位相誤差: 33.4

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2709	3478	4.93 %
R_work	0.2331	-	-
obs	0.235	70547	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→88.876 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17660	0	156	0	17816

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	18152
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.662	24668
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.461	11094
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	2821
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.64-2.6762	0.4204	124	0.371	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6762-2.7144	0.3704	142	0.3607	2746	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7144-2.7549	0.4102	130	0.3465	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7549-2.798	0.3815	135	0.347	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.798-2.8439	0.3775	143	0.3239	2639	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8439-2.8929	0.3649	152	0.3353	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8929-2.9455	0.3455	122	0.3004	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9455-3.0022	0.3738	131	0.301	2696	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0022-3.0634	0.3722	148	0.3011	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0634-3.1301	0.3446	157	0.2973	2666	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1301-3.2029	0.3422	150	0.2829	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2029-3.283	0.352	141	0.2821	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
3.283-3.3717	0.3005	149	0.2615	2667	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3717-3.471	0.3015	143	0.2585	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
3.471-3.583	0.3257	133	0.2509	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
3.583-3.7111	0.2727	137	0.2428	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7111-3.8596	0.2803	161	0.2328	2621	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8596-4.0353	0.2611	127	0.218	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0353-4.248	0.224	127	0.2068	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
4.248-4.5142	0.2293	141	0.1871	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5142-4.8627	0.2163	126	0.1782	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8627-5.352	0.2238	144	0.1875	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
5.352-6.1263	0.2428	122	0.2405	2721	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1263-7.7178	0.2383	145	0.218	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
7.7178-88.9263	0.1953	148	0.1749	2726	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7731	-0.1712	-0.2742	1.1978	-0.1119	3.9119	-0.0052	0.1095	0.0293	-0.1868	-0.0221	0.0636	-0.0689	-0.2215	-0	0.5389	0.0028	-0.0399	0.5147	-0.0298	0.5521	-18.8654	-41.3682	-21.1099
2	2.5277	-0.8196	0.4914	2.283	0.2581	1.3283	0.0003	-0.1288	-0.1362	-0.0143	0.0832	0.3346	0.0337	-0.2713	0	0.6559	-0.0456	0.0118	0.7416	0.0951	0.6283	-30.6601	-0.4903	33.8231
3	0.9044	0.4664	0.5841	2.5508	-0.3443	1.6029	-0.1182	0.024	0.2923	-0.0565	-0.1153	0.2935	-0.3988	-0.1023	-0.0003	0.6768	0.0322	0.0258	0.6334	0.0066	0.6016	-7.7893	19.1685	47.172
4	0.8516	0.082	0.1935	2.4802	0.6216	2.7905	-0.0511	-0.0952	-0.176	0.1826	-0.0355	0.2879	0.0455	-0.1518	0	0.5106	0.0037	0.038	0.5212	0.0348	0.5382	-5.2706	-4.0972	52.6895
5	1.8283	1.4967	-0.26	1.9679	0.1003	0.7781	-0.1155	-0.1593	0.1064	0.5989	0.0312	-0.2941	-0.1285	0.3059	-0	0.6317	-0.004	-0.1167	0.6825	0.0161	0.6253	27.9576	-0.5523	51.3593
6	1.9698	0.0205	1.1413	2.3884	-0.2917	1.8015	0.0612	-0.2718	-0.1932	0.3838	-0.0965	-0.1664	0.2482	-0.0709	0	0.6719	0.0036	0.0097	0.5917	0.0132	0.5986	19.6468	-21.5658	43.2734
7	2.5763	0.0215	-0.3124	1.5756	0.4408	2.0285	0.1629	0.1267	0.1636	-0.1059	0.2122	-0.5609	0.0714	0.4504	0.0001	0.6802	0.0546	-0.0906	0.7906	-0.1195	0.9221	43.2485	-21.7977	19.8552
8	1.9739	-0.6755	-1.1607	1.9351	1.2277	2.3549	-0.1105	-0.1089	-0.0497	0.039	0.0705	-0.2006	0.1858	0.1171	0	0.6268	-0.0121	-0.046	0.551	0.0194	0.6189	22.2863	-31.1091	13.0952
9	2.9846	-0.1957	-0.1094	1.7874	-1.4496	3.1494	0.2149	0.2353	0.3279	-0.1156	-0.0392	-0.2537	-0.7083	0.2224	0.0001	0.8219	0.0227	0.1258	0.6075	-0.0417	0.6288	24.7434	-20.2829	-17.7954
10	3.1308	0.2387	-0.8205	3.2498	-0.554	1.5867	-0.2406	0.5347	-0.5156	0.0209	0.2353	0.213	0.354	-0.3084	0.0001	0.9542	-0.0469	-0.0025	1.0533	-0.1244	0.9709	-33.1316	-6.415	-8.6798
11	2.544	0.4668	0.3433	2.3087	0.1431	3.4285	-0.0233	0.0397	0.2083	-0.2661	-0.0005	0.0482	-0.4059	-0.1338	-0	0.5595	0.0028	0.0384	0.5072	0.0097	0.5662	2.0606	-21.3084	-7.5257
12	1.8782	-0.2187	0.1161	1.4055	-0.4954	1.3149	-0.4019	0.1289	0.5212	0.0537	-0.0531	-0.1222	-0.6031	-0.5374	-0.0003	1.0336	0.0475	0.0191	0.8067	0.0509	0.6322	-12.6354	7.6363	-19.2229
13	0.499	0.8817	0.1432	2.4234	0.4502	1.307	-0.0219	-0.2635	-0.1058	0.6135	-0.0563	-0.0156	0.6866	0.028	0.0001	0.9406	0.0217	0.0588	0.6182	0.0289	0.6293	-20.5828	-51.8985	20.4503
14	1.5949	-0.1332	-0.2368	1.868	-0.248	2.3339	0.0601	0.0293	0.3619	-0.245	-0.0028	-0.3371	-0.3352	-0.0961	0.0002	0.7871	-0.0022	0.0262	0.6586	0.07	0.7617	-31.2015	18.2559	14.9064

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN G AND RESID 2:321 )	G	2 - 321
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 3:223 )	A	3 - 223
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 224:308 )	A	224 - 308
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 3:223 )	B	3 - 223
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 224:308 )	B	224 - 308
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN C AND RESID 3:223 )	C	3 - 223
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID 224:309 )	C	224 - 309
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 3:223 )	D	3 - 223
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN D AND RESID 224:309 )	D	224 - 309
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN F AND RESID 6:223 )	F	6 - 223
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN E AND RESID 5:223 )	E	5 - 223
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN E AND RESID 224:307 )	E	224 - 307
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN H AND RESID 0:172 )	H	0 - 172
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN F AND RESID 224:307 )	F	224 - 307

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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