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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p8j | ||||||
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タイトル | Structure of P. aeruginosa ATCC27853 CdnD D62N/D64N mutant bound to ATP | ||||||
要素 | Nucleotidyltransferase | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / second-messenger signaling / cGAS / CD-NTase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å | ||||||
データ登録者 | Ye, Q. / Corbett, K.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2020 タイトル: HORMA Domain Proteins and a Trip13-like ATPase Regulate Bacterial cGAS-like Enzymes to Mediate Bacteriophage Immunity. 著者: Ye, Q. / Lau, R.K. / Mathews, I.T. / Birkholz, E.A. / Watrous, J.D. / Azimi, C.S. / Pogliano, J. / Jain, M. / Corbett, K.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6p8j.cif.gz | 723.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6p8j.ent.gz | 609 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6p8j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6p8j_validation.pdf.gz | 508.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6p8j_full_validation.pdf.gz | 510.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6p8j_validation.xml.gz | 2.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6p8j_validation.cif.gz | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/6p8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/6p8j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6p80C 6p82SC 6p8oC 6p8pC 6p8rC 6p8sC 6p8uC 6p8vC 6pb3C 6u7bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データの種類: diffraction image data / 詳細: raw diffraction data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/671 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34202.422 Da / 分子数: 4 / 変異: D62N, D64N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: DY979_07585, EGY23_20895, IPC669_24880, PA5486_02902, PAERUG_E15_London_28_01_14_04351, PAMH19_6112 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A080VY32, UniProt: P0DTF7*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M sodium formate, and 20-22% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.47→100 Å / Num. obs: 201994 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.47→1.56 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.948 / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 31103 / CC1/2: 0.356 / Rrim(I) all: 1.143 / % possible all: 92.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6P82 解像度: 1.47→88.26 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.95
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.47→88.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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