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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6p8j | ||||||
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タイトル | Structure of P. aeruginosa ATCC27853 CdnD D62N/D64N mutant bound to ATP | ||||||
![]() | Nucleotidyltransferase | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / second-messenger signaling / cGAS / CD-NTase | ||||||
機能・相同性 | ![]() diadenylate cyclase activity / diadenylate cyclase / nucleotide metabolic process / nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ye, Q. / Corbett, K.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: HORMA Domain Proteins and a Trip13-like ATPase Regulate Bacterial cGAS-like Enzymes to Mediate Bacteriophage Immunity. 著者: Ye, Q. / Lau, R.K. / Mathews, I.T. / Birkholz, E.A. / Watrous, J.D. / Azimi, C.S. / Pogliano, J. / Jain, M. / Corbett, K.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 723.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 609 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6p80C ![]() 6p82SC ![]() 6p8oC ![]() 6p8pC ![]() 6p8rC ![]() 6p8sC ![]() 6p8uC ![]() 6p8vC ![]() 6pb3C ![]() 6u7bC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
実験データセット #1 | データの種類: diffraction image data / 詳細: raw diffraction data / Metadata reference: 10.15785/SBGRID/671 |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34202.422 Da / 分子数: 4 / 変異: D62N, D64N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DY979_07585, EGY23_20895, IPC669_24880, PA5486_02902, PAERUG_E15_London_28_01_14_04351, PAMH19_6112 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ATP / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M sodium formate, and 20-22% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.47→100 Å / Num. obs: 201994 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.47→1.56 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.948 / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 31103 / CC1/2: 0.356 / Rrim(I) all: 1.143 / % possible all: 92.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6P82 解像度: 1.47→88.26 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.95
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.47→88.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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