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- PDB-6p7g: The co-crystal structure of BRAF(V600E) with PHI1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p7g
タイトルThe co-crystal structure of BRAF(V600E) with PHI1
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / inhibitor / cancer / melanoma / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function ...CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of axon regeneration / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / myeloid progenitor cell differentiation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / negative regulation of fibroblast migration / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / regulation of T cell differentiation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Frs2-mediated activation / stress fiber assembly / face development / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of stress fiber assembly / ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / substrate adhesion-dependent cell spreading / cellular response to calcium ion / thymus development / animal organ morphogenesis / Spry regulation of FGF signaling / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / visual learning / Negative regulation of MAPK pathway / centriolar satellite / long-term synaptic potentiation / cellular response to xenobiotic stimulus / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / T cell differentiation in thymus / MAPK cascade / presynapse / T cell receptor signaling pathway / regulation of cell population proliferation / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / neuron projection / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / postsynapse / protein kinase activity / cilium / ciliary basal body / protein serine kinase activity / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / mitochondrion / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E7M / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Agianian, B. / Gavathiotis, E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA178394 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA204314 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA013330 米国
引用
#1: ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2016
タイトル: An Integrated Model of RAF Inhibitor Action Predicts Inhibitor Activity against Oncogenic BRAF Signaling.
著者: Karoulia, Z. / Wu, Y. / Ahmed, T.A. / Xin, Q. / Bollard, J. / Krepler, C. / Wu, X. / Zhang, C. / Bollag, G. / Herlyn, M. / Fagin, J.A. / Lujambio, A. / Gavathiotis, E. / Poulikakos, P.I.
履歴
登録2019年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_keywords / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
D: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,4689
ポリマ－135,0114
非ポリマー2,4585
水90150
1
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8385
ポリマ－67,5052
非ポリマー1,3323
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Serine/threonine-protein kinase B-raf
D: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6314
ポリマ－67,5052
非ポリマー1,1252
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.780, 108.790, 126.380
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUAA449 - 72023 - 294
21GLUGLUBB449 - 72023 - 294
12GLUGLUAA449 - 72023 - 294
22GLUGLUCC449 - 72023 - 294
13GLUGLUAA449 - 72023 - 294
23GLUGLUDD449 - 72023 - 294
14LEULEUBB449 - 72123 - 295
24LEULEUCC449 - 72123 - 295
15LEULEUBB449 - 72123 - 295
25LEULEUDD449 - 72123 - 295
16LEULEUCC449 - 72123 - 295
26LEULEUDD449 - 72123 - 295

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 33752.668 Da / 分子数: 4 / 断片: Kinase domain residues 446-723
変異: I543A, I544S, I551K, Q562R, L588N, V600E, K630S, F667E, Y673S, A688R, L706S, Q709R, S713E, L716E, S720E, P722S, K723G
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1 / プラスミド: modified pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): BL21-Codon Plus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-E7M / 3-[(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-yl)ethynyl]-4-methyl-N-[4-({[2-(morpholin-4-yl)ethyl]amino}methyl)-3-(trifluoromethyl)phenyl]benzamide


分子量: 562.585 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C30H29F3N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M CHES/NaOH, 1 M Sodium Citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03324 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03324 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→82.45 Å / Num. obs: 36800 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.9 % / Rsym value: 0.289 / Net I/σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.966 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 5373 / Rsym value: 0.966 / % possible all: 96.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.16 Å82.45 Å
Translation6.16 Å82.45 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLM7.2.1データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→82.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 2.364 / ESU R Free: 0.38 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1875 5.1 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.249 34889 94.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 52.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.21 Å20 Å20 Å2
2--2.67 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→82.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8316 0 177 50 8543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198681
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.028145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5151.95111697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.7032.9818902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.10251031
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19523.615390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.232151579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.971565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A157100.1
12B157100.1
21A158460.09
22C158460.09
31A154220.1
32D154220.1
41B156800.09
42C156800.09
51B154780.11
52D154780.11
61C155080.1
62D155080.1
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 133 -
Rwork0.404 2550 -
obs--95.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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