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- PDB-6p7e: Structure of T7 DNA Polymerase Bound to a Primer/Template DNA and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p7e
タイトルStructure of T7 DNA Polymerase Bound to a Primer/Template DNA and a Peptide that Mimics the C-terminal Tail of the Primase-Helicase
要素
  • ASP-THR-ASP-PHE peptide
  • DNA (25-MER)
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*A)-3')
  • DNA-directed DNA polymerase
  • THR-ASP-PHE peptide
  • TrxA
キーワードTRANSFERASE/DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA Replication / DNA polymerase / DNA binding protein / TRANSFERASE-DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA synthesis involved in DNA replication / DNA exonuclease activity / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / 3'-5' exonuclease activity / cell redox homeostasis / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair ...DNA synthesis involved in DNA replication / DNA exonuclease activity / viral DNA genome replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / 3'-5' exonuclease activity / cell redox homeostasis / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA polymerase T7 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Thioredoxin / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain ...DNA-directed DNA polymerase T7 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Thioredoxin / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Thioredoxin-like superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed DNA polymerase / Thioredoxin 1 / Thioredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.001 Å
データ登録者Foster, B.M. / Rosenberg, D. / Salvo, H. / Stephens, K.L. / Bintz, B.J. / Hammel, M. / Ellenberger, T. / Gainey, M.D. / Wallen, J.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)GM055390 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Combined Solution and Crystal Methods Reveal the Electrostatic Tethers That Provide a Flexible Platform for Replication Activities in the Bacteriophage T7 Replisome.
著者: Foster, B.M. / Rosenberg, D. / Salvo, H. / Stephens, K.L. / Bintz, B.J. / Hammel, M. / Ellenberger, T. / Gainey, M.D. / Wallen, J.R.
履歴
登録2019年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed DNA polymerase
B: DNA-directed DNA polymerase
C: DNA-directed DNA polymerase
D: DNA-directed DNA polymerase
E: TrxA
F: TrxA
G: TrxA
H: TrxA
I: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*A)-3')
J: DNA (25-MER)
K: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*A)-3')
L: DNA (25-MER)
M: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*A)-3')
N: DNA (25-MER)
O: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*A)-3')
P: DNA (25-MER)
U: ASP-THR-ASP-PHE peptide
V: ASP-THR-ASP-PHE peptide
W: THR-ASP-PHE peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)427,89239
ポリマ－423,74319
非ポリマー4,14920
水55831
1
A: DNA-directed DNA polymerase
E: TrxA
I: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*A)-3')
J: DNA (25-MER)
U: ASP-THR-ASP-PHE peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,12610
ポリマ－106,0895
非ポリマー1,0375
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA-directed DNA polymerase
F: TrxA
K: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*A)-3')
L: DNA (25-MER)
V: ASP-THR-ASP-PHE peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,12610
ポリマ－106,0895
非ポリマー1,0375
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNA-directed DNA polymerase
G: TrxA
M: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*A)-3')
N: DNA (25-MER)
W: THR-ASP-PHE peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,01110
ポリマ－105,9745
非ポリマー1,0375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10340 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area40570 Å2
手法PISA
4
D: DNA-directed DNA polymerase
H: TrxA
O: DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*A)-3')
P: DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,6299
ポリマ－105,5924
非ポリマー1,0375
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8330 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area39790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.724, 102.698, 148.885
Angle α, β, γ (deg.)91.36, 96.83, 113.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
DNA-directed DNA polymerase / Gene product 5 / Gp5


分子量: 79703.578 Da / 分子数: 4 / 変異: D5A, E7A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P00581, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質
TrxA / Thioredoxin 1


分子量: 11818.582 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: trxA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: Q14F07, UniProt: P0AA25*PLUS

-
DNA鎖 , 2種, 8分子 IKMOJLNP

#3: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*GP*CP*AP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*CP*TP*TP*GP*CP*CP*GP*GP*TP*GP*A)-3')


分子量: 6551.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
#4: DNA鎖
DNA (25-MER)


分子量: 7518.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage T7 (ファージ)

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 UVW

#5: タンパク質・ペプチド ASP-THR-ASP-PHE peptide


分子量: 496.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage T7 (ファージ)
#6: タンパク質・ペプチド THR-ASP-PHE peptide


分子量: 381.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage T7 (ファージ)

-
非ポリマー , 3種, 51分子

#7: 化合物
ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.63 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25% PEG 4000, 0.1M LiSO4, and 0.1 M Tris pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→49.129 Å / Num. obs: 107350 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 7.64
反射 シェル解像度: 3→3.03 Å / Num. unique obs: 3336

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AJQ

2ajq


解像度: 3.001→49.129 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 26.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2481 5354 4.99 %
Rwork0.2142 --
obs0.2159 107350 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.001→49.129 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24899 3773 128 31 28831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00629827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17241171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.29716975
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0624420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0094651
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0007-3.03470.4221820.40033336X-RAY DIFFRACTION95
3.0347-3.07040.3861610.36063325X-RAY DIFFRACTION98
3.0704-3.10790.37411840.34053445X-RAY DIFFRACTION99
3.1079-3.14720.36751800.32173371X-RAY DIFFRACTION99
3.1472-3.18860.34832080.29553346X-RAY DIFFRACTION99
3.1886-3.23230.3271640.27613413X-RAY DIFFRACTION98
3.2323-3.27850.31071880.27063394X-RAY DIFFRACTION99
3.2785-3.32740.31511610.26823435X-RAY DIFFRACTION99
3.3274-3.37940.27931900.26353379X-RAY DIFFRACTION99
3.3794-3.43480.28741730.25763389X-RAY DIFFRACTION99
3.4348-3.4940.32321970.25453365X-RAY DIFFRACTION99
3.494-3.55750.31051620.25123434X-RAY DIFFRACTION99
3.5575-3.62590.30771730.24613409X-RAY DIFFRACTION99
3.6259-3.69990.29011640.23083421X-RAY DIFFRACTION99
3.6999-3.78030.28651760.22383413X-RAY DIFFRACTION99
3.7803-3.86820.21611760.21193459X-RAY DIFFRACTION99
3.8682-3.96490.23071890.21023347X-RAY DIFFRACTION99
3.9649-4.07210.23811610.19493428X-RAY DIFFRACTION99
4.0721-4.19180.23091920.1873402X-RAY DIFFRACTION99
4.1918-4.3270.20331710.17043430X-RAY DIFFRACTION99
4.327-4.48160.18542130.17033401X-RAY DIFFRACTION99
4.4816-4.66090.19471910.17343375X-RAY DIFFRACTION99
4.6609-4.87280.231940.18163398X-RAY DIFFRACTION99
4.8728-5.12950.20381980.17943441X-RAY DIFFRACTION99
5.1295-5.45050.2321740.18683379X-RAY DIFFRACTION99
5.4505-5.87070.22861770.19223415X-RAY DIFFRACTION99
5.8707-6.46030.2341790.19073430X-RAY DIFFRACTION99
6.4603-7.39240.21911650.18723443X-RAY DIFFRACTION99
7.3924-9.30330.17881680.16173428X-RAY DIFFRACTION99
9.3033-49.1360.18881430.19233345X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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