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- PDB-4nqa: Crystal structure of liganded hRXR-alpha/hLXR-beta heterodimer on DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nqa
タイトルCrystal structure of liganded hRXR-alpha/hLXR-beta heterodimer on DNA
要素
  • 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*T)-3'
  • Liver X nuclear receptor beta
  • Nuclear receptor coactivator 2
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / multi-domain / RXR / LXR / DBD / LBD / ligand / zinc finger / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / regulation of lipid storage / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process ...positive regulation of secretion of lysosomal enzymes / positive regulation of high-density lipoprotein particle assembly / positive regulation of pancreatic juice secretion / phosphatidylcholine acyl-chain remodeling / negative regulation of response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of pinocytosis / regulation of lipid storage / positive regulation of lipoprotein lipase activity / apolipoprotein A-I receptor binding / positive regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of lipid storage / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / negative regulation of lipid transport / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear vitamin D receptor binding / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cold-induced thermogenesis / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / nuclear steroid receptor activity / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / locomotor rhythm / aryl hydrocarbon receptor binding / positive regulation of protein metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of lipid metabolic process / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / transcription regulator inhibitor activity / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / Recycling of bile acids and salts / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of proteolysis / positive regulation of adipose tissue development / hormone-mediated signaling pathway / : / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / peptide binding / SUMOylation of transcription cofactors / VLDLR internalisation and degradation / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / cholesterol homeostasis / transcription coregulator binding / response to progesterone / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of miRNA transcription / lipid metabolic process / negative regulation of inflammatory response / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / Transcriptional regulation of granulopoiesis / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / : / nervous system development / HATs acetylate histones / ATPase binding / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific
類似検索 - 分子機能
Liver X receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) ...Liver X receptor / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-965 / (9cis)-retinoic acid / DNA / DNA (> 10) / Liver X nuclear receptor beta / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Oxysterols receptor LXR-beta / Nuclear receptor coactivator 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.102 Å
データ登録者Lou, X.H. / Toresson, G. / Benod, C. / Suh, J.H. / Phillips, K.J. / Webb, P. / Gustafsson, J.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structure of the retinoid X receptor alpha-liver X receptor beta (RXR alpha-LXR beta ) heterodimer on DNA.
著者: Lou, X. / Toresson, G. / Benod, C. / Suh, J.H. / Philips, K.J. / Webb, P. / Gustafsson, J.A.
履歴
登録2013年11月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22016年11月9日Group: Non-polymer description / Source and taxonomy
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Liver X nuclear receptor beta
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
E: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*T)-3'
H: Retinoic acid receptor RXR-alpha
I: Liver X nuclear receptor beta
J: Nuclear receptor coactivator 2
K: Nuclear receptor coactivator 2
L: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3'
M: 5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,03624
ポリマ－198,74712
非ポリマー2,28812
水00
1
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Liver X nuclear receptor beta
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
E: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,51812
ポリマ－99,3746
非ポリマー1,1446
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13450 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area41020 Å2
手法PISA
2
H: Retinoic acid receptor RXR-alpha
I: Liver X nuclear receptor beta
J: Nuclear receptor coactivator 2
K: Nuclear receptor coactivator 2
L: 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3'
M: 5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,51812
ポリマ－99,3746
非ポリマー1,1446
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13510 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area43320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.783, 85.783, 238.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 AHBI

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 41120.352 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 98-462 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / プラスミド: pCDF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質 Liver X nuclear receptor beta / Nuclear receptor subfamily 1 / group H / member 2 / isoform CRA_c


分子量: 44062.469 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 72-461 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H2, hCG_22944 / プラスミド: pET27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: F1D8P7, UniProt: P55055*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 4分子 CDJK

#3: タンパク質・ペプチド
Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1579.866 Da / 分子数: 4 / 断片: peptide (UNP residues 686-698) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOA2, BHLHE75, TIF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15596

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 ELFM

#4: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*GP*GP*TP*CP*AP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*A)-3'


分子量: 5515.591 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DR4 DNA response element / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*TP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*TP*GP*AP*CP*CP*T)-3'


分子量: 5515.591 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DR4 DNA response element / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 12分子

#6: 化合物 ChemComp-9CR / (9cis)-retinoic acid


分子量: 300.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O2 / コメント: 抗がん剤, 抗腫瘍剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-965 / [3-(3-{[2-chloro-3-(trifluoromethyl)benzyl](2,2-diphenylethyl)amino}propoxy)phenyl]acetic acid


分子量: 582.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H31ClF3NO3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 6% PEG8000, 18% isopropanol, 0.05 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月8日
放射モノクロメーター: cryo-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→100 Å / Num. all: 31133 / Num. obs: 30417 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 3.42 / Observed criterion σ(I): 11.7 / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.102→48.971 Å / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.92 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2178 1313 5.13 %RANDOM
Rwork0.1803 ---
obs0.1864 25687 82.62 %-
all-25687 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.102→48.971 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11380 1464 134 0 12978
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413380
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.82818301
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7275277
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1052-3.22920.3511730.3351276X-RAY DIFFRACTION37
3.2292-3.37560.3215940.24891624X-RAY DIFFRACTION47
3.3756-3.55280.26621270.22782375X-RAY DIFFRACTION69
3.5528-3.77420.24411740.20613045X-RAY DIFFRACTION89
3.7742-4.06380.20821770.18183155X-RAY DIFFRACTION92
4.0638-4.46940.191470.16183251X-RAY DIFFRACTION95
4.4694-5.10840.251580.16733180X-RAY DIFFRACTION93
5.1084-6.40710.22251780.18493203X-RAY DIFFRACTION93
6.4071-21.36010.18531850.16073168X-RAY DIFFRACTION91

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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