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万見
- PDB-6p74: OLD nuclease from Thermus Scotoductus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p74
タイトルOLD nuclease from Thermus Scotoductus
要素Putative ATP-dependent endonuclease of the OLD family
キーワードHYDROLASE / ABC ATPase / Nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / exonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AAA domain, putative AbiEii toxin, Type IV TA system / : / Overcoming lysogenization defect protein-like, TOPRIM domain / OLD protein-like, TOPRIM domain / AAA ATPase domain / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / SAMARIUM (III) ION / OLD nuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus scotoductus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Chappie, J.S. / Schiltz, C.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: The full-length structure of Thermus scotoductus OLD defines the ATP hydrolysis properties and catalytic mechanism of Class 1 OLD family nucleases.
著者: Schiltz, C.J. / Adams, M.C. / Chappie, J.S.
履歴
登録2019年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ATP-dependent endonuclease of the OLD family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,84915
ポリマ－59,8251
非ポリマー2,02414
水1,18966
1
A: Putative ATP-dependent endonuclease of the OLD family
ヘテロ分子

A: Putative ATP-dependent endonuclease of the OLD family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,69830
ポリマ－119,6502
非ポリマー4,04828
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_566x,-y+1,-z+3/21
Buried area12270 Å2
ΔGint-347 kcal/mol
Surface area48070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.362, 101.737, 202.753
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative ATP-dependent endonuclease of the OLD family


分子量: 59825.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus scotoductus (バクテリア)
遺伝子: TSC_c04750 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E8PLM2

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非ポリマー , 5種, 80分子

#2: 化合物 ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.77 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M NaOAc pH 5.8, 0.3 M AmSO4, 7% PEG MME 2000, and 5 mM SmCl3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.0718 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→101.38 Å / Num. obs: 49235 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.1 % / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 2.12→2.18 Å / Num. unique obs: 741

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→101.377 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.64 / 位相誤差: 27.5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2291 4000 4.79 %
Rwork0.1926 --
obs0.1943 44131 98.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 335.82 Å2 / Biso mean: 91.7966 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→101.377 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4076 0 139 66 4281
Biso mean--201.51 74.78 -
残基数----512
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2001-2.22590.43841200.43292360248087
2.2259-2.25310.39821150.4222573268891
2.2531-2.28160.43681380.42712478261690
2.2816-2.31160.34471440.31122787293199
2.3116-2.34330.34851570.30212696285399
2.3433-2.37680.30011250.293628252950100
2.3768-2.41230.33751420.283627912933100
2.4123-2.450.27891360.281327372873100
2.45-2.49010.30281550.271227302885100
2.4901-2.53310.26521020.272728462948100
2.5331-2.57910.29171490.266127662915100
2.5791-2.62870.33871810.274827212902100
2.6287-2.68240.3171540.281128272981100
2.6824-2.74070.33451410.273327172858100
2.7407-2.80450.28411670.246627602927100
2.8045-2.87460.30341590.234327572916100
2.8746-2.95240.26741000.240528052905100
2.9524-3.03920.31871270.249827502877100
3.0392-3.13740.32791380.243827832921100
3.1374-3.24950.3371360.239128002936100
3.2495-3.37960.26271410.240327962937100
3.3796-3.53340.30091220.215427652887100
3.5334-3.71970.26141360.192327502886100
3.7197-3.95280.24761360.175828252961100
3.9528-4.2580.18811500.163727562906100
4.258-4.68650.17311290.148828042933100
4.6865-5.36460.15511610.148127402901100
5.3646-6.75860.19731180.175428222940100
6.7586-101.48420.1521210.136827852906100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.17640.95891.70585.86123.12846.3590.0128-0.3691-0.16781.38440.0301-0.05520.46790.1967-0.07070.90420.16480.08640.49660.03230.561857.79557.528141.558
24.26560.03920.84735.9313-0.67417.0729-0.2657-0.24550.74070.7161-0.11370.1237-0.60590.0310.41040.94910.16490.14380.5755-0.08920.876152.46369.736137.751
34.122-2.03980.34243.30462.43923.2077-0.4509-1.27530.882-0.66430.1504-0.25170.95190.70140.2811.58590.04780.28081.31710.13151.336635.73845.624146.253
40.51990.52831.31632.79492.88655.83310.0512-0.1120.1171-0.2737-0.4790.5153-0.2791-0.89290.48670.63880.13810.03720.7996-0.15440.998223.66958.659154.996
56.64810.99191.86851.34283.3058.1797-0.15130.15060.4909-0.3721-0.67930.713-0.6636-0.14240.88510.60650.0006-0.00010.767-0.00950.855827.05557.43153.365
62222222.586-9.9143-6.91038.9734-2.6202-4.235322.46837.6903-0.00811.84710.1519-0.37511.49710.19540.788240.4134.287151.408
74.70231.0929-2.60746.4595-1.8083.95780.12770.4221-0.1548-0.2431-0.18160.3048-0.0334-0.26840.11340.57440.1028-0.02550.6324-0.10880.601942.9343.074132.434
83.3665-1.2278-1.16793.94520.47451.9462-0.0737-0.03430.18110.27450.0797-0.1408-0.0635-0.0094-0.03020.50970.08420.02680.47490.02240.362664.88635.53123.776
93.9684.71743.52886.77015.55344.9028-0.27270.6513-0.02020.06760.2937-0.06720.41960.9004-0.070.66170.13350.00970.6303-0.00110.594370.91526.716100.821
107.39790.97620.70972.7415-0.39984.11570.0109-0.5496-0.89530.4302-0.02480.26950.5813-0.38090.02940.61730.11460.06850.47090.09380.587673.65518.371121.211
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:67 )A1 - 67
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 68:141 )A68 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 142:153 )A142 - 153
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 154:208 )A154 - 208
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 209:237 )A209 - 237
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 245:245 )A245
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 246:318 )A246 - 318
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 319:435 )A319 - 435
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 436:470 )A436 - 470
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 471:525 )A471 - 525

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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