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- PDB-6l8o: Crystal structure of the K. lactis Rad5 (Hg-derivative) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l8o
タイトルCrystal structure of the K. lactis Rad5 (Hg-derivative)
要素DNA repair protein RAD5
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA damage tolerance / Helicase / Snf2 family
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / ATP-dependent activity, acting on DNA / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / DNA repair / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HIRAN domain / HIRAN domain / HIRAN / : / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain ...HIRAN domain / HIRAN domain / HIRAN / : / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / : / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / SNF2, N-terminal / SNF2-related domain / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Helicase conserved C-terminal domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA repair protein RAD5
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Shen, M. / Xiang, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31870769 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the multi-activity factor Rad5 in replication stress tolerance.
著者: Shen, M. / Dhingra, N. / Wang, Q. / Cheng, C. / Zhu, S. / Tian, X. / Yu, J. / Gong, X. / Li, X. / Zhang, H. / Xu, X. / Zhai, L. / Xie, M. / Gao, Y. / Deng, H. / He, Y. / Niu, H. / Zhao, X. / Xiang, S.
履歴
登録2019年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,9065
ポリマ－109,1821
非ポリマー7244
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area43050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.635, 187.635, 197.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1203-

HG

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein RAD5


分子量: 109182.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
株: NRRL Y-1140 / 遺伝子: RAD5, KLLA0F17479g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6CJM4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.24 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.9M Ammonium citrate tribasic pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.009 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.009 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 31355 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 56.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 39.8
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 50.7 % / Rmerge(I) obs: 3.566 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1540 / CC1/2: 0.548 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→46.909 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.79
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2294 1742 5.98 %
Rwork0.1914 --
obs0.1937 31265 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→46.909 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6791 0 11 0 6802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4969346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4474250
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411046
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031189
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3003-3.34550.3702970.351993X-RAY DIFFRACTION89
3.3455-3.39330.3621530.31212190X-RAY DIFFRACTION100
3.3933-3.4440.36551520.32382151X-RAY DIFFRACTION100
3.444-3.49780.33761320.33262232X-RAY DIFFRACTION100
3.4978-3.55510.29631520.28842178X-RAY DIFFRACTION100
3.5551-3.61640.26471590.25442190X-RAY DIFFRACTION100
3.6164-3.68210.29621510.24352209X-RAY DIFFRACTION100
3.6821-3.75290.25071110.22382208X-RAY DIFFRACTION100
3.7529-3.82950.30721310.23322201X-RAY DIFFRACTION100
3.8295-3.91270.25531460.20532199X-RAY DIFFRACTION100
3.9127-4.00360.2031190.18642241X-RAY DIFFRACTION100
4.0036-4.10370.18711400.17612150X-RAY DIFFRACTION100
4.1037-4.21460.23251430.17392179X-RAY DIFFRACTION100
4.2146-4.33850.21951470.16162223X-RAY DIFFRACTION100
4.3385-4.47850.18391230.15172222X-RAY DIFFRACTION100
4.4785-4.63840.16221350.14092196X-RAY DIFFRACTION100
4.6384-4.82390.16931430.13412197X-RAY DIFFRACTION100
4.8239-5.04320.17681720.15292174X-RAY DIFFRACTION100
5.0432-5.30880.2021230.16472199X-RAY DIFFRACTION100
5.3088-5.64090.26451520.18642203X-RAY DIFFRACTION100
5.6409-6.07560.25071470.19882199X-RAY DIFFRACTION100
6.0756-6.68540.28641460.2112188X-RAY DIFFRACTION100
6.6854-7.64920.24771590.19042186X-RAY DIFFRACTION100
7.6492-9.62350.17661220.16252214X-RAY DIFFRACTION100
9.6235-46.9090.22371290.19492212X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6835-0.2138-1.31423.4142-0.23362.50630.00680.32821.9154-0.3634-0.1025-0.2029-0.31930.2662-0.09170.9633-0.0157-0.14330.74430.15481.59565.3655120.22284.6913
23.29892.24581.60382.02541.58530.6765-0.06220.8258-1.5704-0.2291-0.45410.660.26040.0008-0.25941.64910.21570.09632.14-0.06962.423453.071497.415490.3951
33.2252-0.38520.50721.60020.12991.94660.3158-0.50280.06240.1061-0.0215-0.17010.04240.1466-0.25820.641-0.02590.06830.90050.00260.729226.763998.88998.3918
45.44022.1605-1.02515.961-1.0972.2291-0.1510.274-0.1992-0.00710.1061-0.12060.2334-0.18160.07530.67310.0893-0.03630.7722-0.00360.630611.270461.553184.6642
53.52132.10851.60656.82533.37665.49270.0482-0.2052-0.024-0.37780.10620.43220.4173-0.4693-0.15470.9906-0.0179-0.00651.15230.25950.99771.300389.422959.2511
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 174:329 )A174 - 329
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 330:361 )A330 - 361
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 362:729 OR RESID 1204:1204 ) )A362 - 729
4X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND ( RESID 362:729 OR RESID 1204:1204 ) )A1204
5X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND ( RESID 730:795 OR RESID 936:1114 OR RESID 1203:1203 ) )A730 - 795
6X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND ( RESID 730:795 OR RESID 936:1114 OR RESID 1203:1203 ) )A936 - 1114
7X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND ( RESID 730:795 OR RESID 936:1114 OR RESID 1203:1203 ) )A1203
8X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND ( RESID 827:935 OR RESID 1201:1202 ) )A827 - 935
9X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND ( RESID 827:935 OR RESID 1201:1202 ) )A1201 - 1202

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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