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- PDB-6p67: Crystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p67
タイトルCrystal Structure of a Complex of human IL-7Ralpha with an anti-IL-7Ralpha 2B8 Fab
要素
  • Anti-IL-7R 2B8 Fab heavy chain
  • Interleukin-7 receptor subunit alpha
  • anti-IL-7R 2B8 Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Interleukin-7 receptor extracellular dohmain / antibody 2B8 Fab fragment / protein polymer
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-7 receptor activity / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of DNA recombination / positive regulation of T cell differentiation in thymus / negative regulation of T cell apoptotic process / cellular homeostasis / cytokine receptor activity / regulation of cell size ...interleukin-7 receptor activity / interleukin-7-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of DNA recombination / positive regulation of T cell differentiation in thymus / negative regulation of T cell apoptotic process / cellular homeostasis / cytokine receptor activity / regulation of cell size / B cell proliferation / T cell homeostasis / B cell homeostasis / hemopoiesis / lymph node development / Interleukin-7 signaling / antigen binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / cell morphogenesis / T cell mediated cytotoxicity / cytokine-mediated signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / gene expression / T cell differentiation in thymus / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1870 / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type III domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins ...Immunoglobulin-like - #1870 / IL-7Ralpha, fibronectin type III domain / Fibronectin type III domain / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Fibronectin type III domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / Interleukin-7 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Walsh, S.T.R. / Kashi, L. / Kohnhorst, C.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: Leukemia / 年: 2020
タイトル: New anti-IL-7R alpha monoclonal antibodies show efficacy against T cell acute lymphoblastic leukemia in pre-clinical models.
著者: Hixon, J.A. / Andrews, C. / Kashi, L. / Kohnhorst, C.L. / Senkevitch, E. / Czarra, K. / Barata, J.T. / Li, W. / Schneider, J.P. / Walsh, S.T.R. / Durum, S.K.
履歴
登録2019年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Anti-IL-7R 2B8 Fab heavy chain
B: anti-IL-7R 2B8 Fab light chain
C: Anti-IL-7R 2B8 Fab heavy chain
D: anti-IL-7R 2B8 Fab light chain
E: Anti-IL-7R 2B8 Fab heavy chain
F: anti-IL-7R 2B8 Fab light chain
G: Interleukin-7 receptor subunit alpha
H: Anti-IL-7R 2B8 Fab heavy chain
I: Interleukin-7 receptor subunit alpha
J: Interleukin-7 receptor subunit alpha
K: Interleukin-7 receptor subunit alpha
L: anti-IL-7R 2B8 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,90820
ポリマ－294,26212
非ポリマー2,6468
水00
1
A: Anti-IL-7R 2B8 Fab heavy chain
B: anti-IL-7R 2B8 Fab light chain
K: Interleukin-7 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7874
ポリマ－73,5653
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Anti-IL-7R 2B8 Fab heavy chain
D: anti-IL-7R 2B8 Fab light chain
J: Interleukin-7 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,2115
ポリマ－73,5653
非ポリマー6462
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Anti-IL-7R 2B8 Fab heavy chain
F: anti-IL-7R 2B8 Fab light chain
I: Interleukin-7 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3735
ポリマ－73,5653
非ポリマー8082
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Interleukin-7 receptor subunit alpha
H: Anti-IL-7R 2B8 Fab heavy chain
L: anti-IL-7R 2B8 Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5376
ポリマ－73,5653
非ポリマー9723
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.900, 219.680, 90.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.328, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42
13
23
33
43

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 1 through 42 or (resid 43...A1 - 135
121(chain 'A' and (resid 1 through 42 or (resid 43...A140 - 223
211(chain 'C' and ((resid 1 and (name N or name...C1 - 135
221(chain 'C' and ((resid 1 and (name N or name...C140 - 223
311(chain 'E' and (resid 1 through 12 or (resid 13...E1 - 135
321(chain 'E' and (resid 1 through 12 or (resid 13...E140 - 223
411(chain 'H' and (resid 1 through 12 or (resid 13...H1 - 135
421(chain 'H' and (resid 1 through 12 or (resid 13...H140 - 223
112(chain 'B' and (resid 1 through 212 or (resid 213...B1 - 212
212(chain 'D' and (resid 1 through 212 or (resid 213...D1 - 212
312chain 'F'F1 - 212
412(chain 'L' and (resid 1 through 212 or (resid 213...L1 - 212
113(chain 'G' and ((resid 17 and (name N or name...G17 - 44
123(chain 'G' and ((resid 17 and (name N or name...G51 - 89
133(chain 'G' and ((resid 17 and (name N or name...G95 - 210
143(chain 'G' and ((resid 17 and (name N or name...G328
213(chain 'I' and ((resid 17 and (name N or name...I17 - 44
223(chain 'I' and ((resid 17 and (name N or name...I51 - 89
233(chain 'I' and ((resid 17 and (name N or name...I95 - 210
243(chain 'I' and ((resid 17 and (name N or name...I316
313(chain 'J' and (resid 17 through 18 or (resid 19...J17 - 44
323(chain 'J' and (resid 17 through 18 or (resid 19...J51 - 89
333(chain 'J' and (resid 17 through 18 or (resid 19...J95 - 210
343(chain 'J' and (resid 17 through 18 or (resid 19...J315
413(chain 'K' and (resid 17 through 18 or (resid 19...K17 - 44
423(chain 'K' and (resid 17 through 18 or (resid 19...K51 - 89
433(chain 'K' and (resid 17 through 18 or (resid 19...K95 - 210
443(chain 'K' and (resid 17 through 18 or (resid 19...K312

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 GIJK

#3: タンパク質
Interleukin-7 receptor subunit alpha / IL-7RA / CDw127


分子量: 25691.020 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL7R
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Variant (発現宿主): Schneider S2 / 参照: UniProt: P16871

-
抗体 , 2種, 8分子 ACEHBDFL

#1: 抗体
Anti-IL-7R 2B8 Fab heavy chain


分子量: 24269.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): Freestyle HEK293F
#2: 抗体
anti-IL-7R 2B8 Fab light chain


分子量: 23605.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): Freestyle HEK293F

-
糖 , 4種, 8分子

#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / IL-7RA / CDw127


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL7R
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Variant (発現宿主): Schneider S2
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / IL-7RA / CDw127


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL7R
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Variant (発現宿主): Schneider S2
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose / α-L-フコピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / IL-7RA / CDw127 / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 17% PEG 3350, 10% MPD, 0.2 lithium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, 20% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 70309 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 73.25 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.196 / Net I/σ(I): 8.41
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.08 / Num. unique obs: 6971 / CC1/2: 0.482 / % possible all: 98.72

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.refine1.16rc1_3535精密化
PHENIX1.16rc1_3535精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3di3 for IL-7R and 6P4Y for 2B8

3di3

6p4y


解像度: 2.9→43.77 Å / SU ML: 0.5116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.7175
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2663 1985 2.83 %
Rwork0.2486 68235 -
obs0.2491 70220 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 90.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→43.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19325 0 0 0 19325
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003119796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.660226944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04673064
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00383407
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.563711730
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.970.47471430.44444825X-RAY DIFFRACTION98.81
2.97-3.050.42371260.39774839X-RAY DIFFRACTION98.83
3.05-3.140.381510.3494856X-RAY DIFFRACTION98.7
3.14-3.240.38151340.32724838X-RAY DIFFRACTION98.83
3.24-3.360.33691520.29794842X-RAY DIFFRACTION99.13
3.36-3.490.29381410.28854845X-RAY DIFFRACTION99.18
3.49-3.650.30921470.29284890X-RAY DIFFRACTION99.23
3.65-3.850.28821360.26284877X-RAY DIFFRACTION99.44
3.85-4.090.25781360.25034881X-RAY DIFFRACTION99.33
4.09-4.40.24351440.21064881X-RAY DIFFRACTION99.58
4.4-4.840.22611380.1984886X-RAY DIFFRACTION99.52
4.84-5.540.2491440.2094932X-RAY DIFFRACTION99.76
5.54-6.980.24581470.2344902X-RAY DIFFRACTION99.72
6.98-43.770.18671460.20744941X-RAY DIFFRACTION99.16

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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