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万見
- PDB-6p5u: Structure of an enoyl-CoA hydratase/aldolase isolated from a lign... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p5u
タイトルStructure of an enoyl-CoA hydratase/aldolase isolated from a lignin-degrading consortium
要素Enoyl-CoA hydratase
キーワードLYASE / lignin / ferulic acid / vanillin / enoyl-CoA hydratase/aldolase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2850 / : / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2850 / : / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Helix non-globular / Special / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Enoyl-CoA hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種uncultured organism (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liberato, M.V. / Squina, F.M.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/04105-4 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/50590-4 ブラジル
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2020
タイトル: The structure of a prokaryotic feruloyl-CoA hydratase-lyase from a lignin-degrading consortium with high oligomerization stability under extreme pHs.
著者: Liberato, M.V. / Araujo, J.N. / Sodre, V. / Goncalves, T.A. / Vilela, N. / Moraes, E.C. / Garcia, W. / Squina, F.M.
履歴
登録2019年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase
B: Enoyl-CoA hydratase
C: Enoyl-CoA hydratase
D: Enoyl-CoA hydratase
E: Enoyl-CoA hydratase
F: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,80613
ポリマ－187,9186
非ポリマー4,8887
水21,4561191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24970 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area49000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.280, 130.960, 115.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.680, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-CoA hydratase


分子量: 31319.721 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured organism (環境試料) / 遺伝子: Ech / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2P1BT02
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 25% PEG3000, 0.1 M Tri-sodium citrate pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.4586 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4586 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.96 Å / Num. obs: 85256 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.156 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 235067 / Scaling rejects: 26
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.142.70.6841205945490.5530.5040.8541.699.6
11.11-46.962.80.04714845380.9680.0380.06130.588.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.92 Å46.96 Å
Translation6.92 Å46.96 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J5I

2j5i


解像度: 2.1→43.398 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 4212 4.94 %
Rwork0.196 --
obs0.1976 85218 98.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.78 Å2 / Biso mean: 25.2935 Å2 / Biso min: 3.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→43.398 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11012 0 307 1191 12510
Biso mean--31.34 34.62 -
残基数----1446
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.12390.33881510.273627102861100
2.1239-2.14880.31751400.26327072847100
2.1488-2.17510.31241510.260126872838100
2.1751-2.20260.2961550.256527292884100
2.2026-2.23160.29091380.246227092847100
2.2316-2.26210.28661270.2427612888100
2.2621-2.29440.29581330.22927192852100
2.2944-2.32870.27481300.22927252855100
2.3287-2.36510.29361210.22812704282599
2.3651-2.40390.26391550.21172645280098
2.4039-2.44530.26571240.2182691281599
2.4453-2.48980.25621530.20722734288799
2.4898-2.53760.23811380.210726902828100
2.5376-2.58940.30781320.2127222854100
2.5894-2.64570.2441330.203427352868100
2.6457-2.70730.23411610.197926792840100
2.7073-2.7750.24161360.194927532889100
2.775-2.850.20651230.197627582881100
2.85-2.93380.22821290.186127252854100
2.9338-3.02850.22181600.1852676283699
3.0285-3.13670.23231670.19412681284899
3.1367-3.26230.18881350.17922667280298
3.2623-3.41070.21321420.17572690283297
3.4107-3.59040.21061260.16652671279798
3.5904-3.81520.1711600.15912703286399
3.8152-4.10960.1891360.15462734287099
4.1096-4.52280.16351450.14262679282498
4.5228-5.17630.17351470.16572661280897
5.1763-6.51810.23261410.21772640278196
6.5181-43.40710.23961230.2232621274493
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4073-0.0377-0.12570.6439-0.09241.07880.0235-0.00770.0983-0.0614-0.0063-0.0214-0.15890.0401-0.0240.2062-0.0102-0.01060.1514-0.00070.194418.68-6.200512.7611
20.7222-0.08210.14430.726-0.02820.58910.0137-0.07350.01350.0424-0.00880.0552-0.0114-0.1036-0.00420.1798-0.0107-0.00710.19890.00060.17780.4965-28.028328.9111
30.96810.40390.09430.6533-0.04510.6044-0.01540.1059-0.1158-0.04230.0267-0.06470.13310.04460.00090.20380.02530.0020.146-0.01860.161523.804-38.41388.1792
40.75810.2457-0.04430.71180.00020.59780.04670.0276-0.0797-0.0001-0.0215-0.12630.0560.1625-0.01620.18840.0262-0.02460.2217-0.0070.198646.2277-38.003632.2588
50.6067-0.1239-0.10980.59720.26140.96470.0432-0.09580.0924-0.0030.012-0.06-0.25350.1938-0.0580.2215-0.07140.00070.2044-0.00310.177639.5497-5.207337.661
60.3639-0.14160.120.92070.02620.7236-0.0014-0.1041-0.00880.07280.02150.01220.044-0.0434-0.01610.2074-0.00510.00070.240.01470.192122.4062-28.8353.623
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 12 through 254)A12 - 254
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 14 through 253)B14 - 253
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 12 through 253)C12 - 253
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 10 through 254)D10 - 254
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 9 through 254)E9 - 254
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 10 through 254)F10 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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