[日本語] English
- PDB-4elw: Structure of E. coli. 1,4-dihydroxy-2- naphthoyl coenzyme A synth... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4elw
タイトルStructure of E. coli. 1,4-dihydroxy-2- naphthoyl coenzyme A synthases (MENB) in complex with nitrate
要素1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
キーワードLYASE / Dihydroxynaphthoic acid synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase activity / bicarbonate binding / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase, MenB / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 ...1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase, MenB / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / SUCCINIC ACID / 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.551 Å
データ登録者Sun, Y.R. / Song, H.G. / Li, J. / Jiang, M. / Li, Y. / Zhou, J.H. / Guo, Z.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2012
タイトル: Active site binding and catalytic role of bicarbonate in 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme A synthases from vitamin K biosynthetic pathways
著者: Sun, Y.R. / Song, H.G. / Li, J. / Jiang, M. / Li, Y. / Zhou, J.H. / Guo, Z.H.
履歴
登録2012年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
B: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
C: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
D: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
E: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
F: 1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,16321
ポリマ-190,0276
非ポリマー1,13615
3,783210
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35900 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area48620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.503, 133.874, 153.407
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
1,4-Dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase / DHNA-CoA synthase


分子量: 31671.105 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : K12 / 遺伝子: menB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0ABU0, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase

-
非ポリマー , 5種, 225分子

#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : NO3
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C4H6O4
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2% Tacsimate, 100mM Tris buffer, 20% PEG 3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→42.85 Å / Num. obs: 51971 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 44.16 Å2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.551→42.849 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.8167 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2315 2637 5.11 %Random
Rwork0.1725 ---
obs0.1755 51645 99.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.702 Å2 / ksol: 0.323 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 112.44 Å2 / Biso mean: 50.6134 Å2 / Biso min: 26.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.4515 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.5144 Å20 Å2
3----11.9371 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.551→42.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12033 0 73 210 12316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08816618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721780
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052205
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5974574
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5513-2.59770.36471380.262477261598
2.5977-2.64770.3191180.24942575269399
2.6477-2.70170.32991270.22762522264999
2.7017-2.76040.33851240.22332567269199
2.7604-2.82470.28831320.22442559269199
2.8247-2.89530.27021300.20922538266899
2.8953-2.97350.31781500.201325482698100
2.9735-3.0610.28231420.19322574271699
3.061-3.15980.26641500.18932528267899
3.1598-3.27270.22731250.193925892714100
3.2727-3.40370.25121360.18382567270399
3.4037-3.55850.26131400.181325872727100
3.5585-3.7460.22041440.157825792723100
3.746-3.98050.17541640.14262553271799
3.9805-4.28760.18341370.127626142751100
4.2876-4.71860.1971440.12922593273799
4.7186-5.40030.22651400.14522616275699
5.4003-6.79940.20251390.183326712810100
6.7994-42.85460.20031570.17162751290899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.604-0.52090.05992.29550.56020.80380.1230.09170.3563-0.15570.0499-0.096-0.5196-0.0543-0.00010.3917-0.00290.0310.31850.04190.37250.391131.252414.9527
20.66760.0040.18320.4854-0.35110.68070.0209-0.044-0.00770.0383-0.03510.0123-0.0717-0.024800.27540.00930.01690.3048-0.01650.336949.537416.055718.5899
30.77690.45420.11070.3125-0.12140.5160.46820.1328-0.1032-0.1202-0.3064-0.2096-0.22470.4979-00.85130.0467-0.13050.54230.01970.469923.885910.6153-13.0528
40.2967-0.08770.09540.8716-0.55571.5791-0.0261-0.1512-0.13120.21220.0065-0.02180.0072-0.011400.3425-0.00490.00540.36510.0110.400818.5495-16.450144.4358
5-0.12380.1396-0.010.7707-0.4020.53420.03620.00220.0264-0.0627-0.0237-0.05620.0452-0.0021-00.33470.0180.00520.3429-0.0210.339625.3225-11.590330.0976
60.2180.1431-0.20740.1531-0.1290.17590.22490.4146-0.40850.13150.2963-0.0985-0.25430.19380.00060.67320.14380.04850.6886-0.00470.746567.4435-24.74826.042
70.2858-0.1961-0.17170.18670.14060.10570.03240.532-0.6529-0.63870.033-0.22460.32150.0986-0.00060.7722-0.03040.14470.5822-0.05580.458156.0741-19.8651-8.4884
80.81160.26440.39770.78511.1231.5721-0.11340.2174-0.1184-0.51240.07040.06290.0042-0.05710.00010.53590.05370.04770.4662-0.04670.501954.2426-13.0859-4.1114
9-0.44230.1123-0.32660.93270.34360.125-0.0051-0.02020.059-0.2684-0.05480.0486-0.06960.0153-00.38090.05140.03660.43390.00080.465752.7334-1.32625.1688
100.4115-0.3666-0.47240.74830.42911.0813-0.1391-0.14470.0492-0.09310.0929-0.2250.17450.098100.28250.06070.01410.3363-0.00720.405960.0943-10.406411.3077
110.6967-0.45770.17190.2683-0.06940.26640.26430.1974-0.08260.7764-0.3905-0.32840.4416-0.0662-0.00040.62930.0199-0.01990.5364-0.02260.461537.3293-19.11716.3851
120.9271-0.38350.31580.17940.00220.5280.1798-0.2949-0.19830.9157-0.1659-0.27770.01220.30810.00010.73090.025-0.13310.50070.0020.408656.8246-2.887552.2137
130.7270.735-0.26821.2483-1.0771.44650.1026-0.216-0.09360.2679-0.1101-0.0720.3502-0.100300.57150.0281-0.03440.51080.02680.402450.6183-10.520943.1299
14-0.15040.16740.16860.66160.44411.23950.0443-0.1149-0.16130.21790.0321-0.09810.06560.0433-0.00010.35320.0527-0.01510.4309-0.00230.357857.7084-6.828330.2134
150.40960.0813-0.02560.5571-0.08610.3395-0.0049-0.15190.01840.0857-0.03610.10220.08020.0058-0.00010.47780.0131-0.02490.3698-0.03290.402138.02636.09236.2808
160.55820.22870.36420.22940.32130.40790.4032-0.28450.34670.3985-0.3358-0.2313-0.16290.00790.00010.91260.21460.00470.862-0.07770.516219.923718.554444.5401
171.1637-0.4467-0.48311.23360.08271.33110.1120.2646-0.1818-0.573-0.09120.00130.25280.029-0.00010.4524-0.0533-0.04950.3564-0.060.370922.3069-18.6726-8.2232
181.554-0.5295-0.00120.44560.4581.4394-0.016-0.0349-0.1005-0.1530.0356-0.01880.3251-0.0462-0.00010.3817-0.0285-0.00740.3557-0.03140.385622.6754-17.30193.6034
19-0.45620.1792-0.53140.6480.15691.745-0.0373-0.04880.04530.0152-0.0254-0.02520.0144-0.1850.00010.31660.017-0.04370.38140.00970.384418.7604-9.44648.1708
200.4729-0.369-0.51950.4577-0.09250.49410.30580.1389-0.0329-0.4788-0.16960.0655-0.81610.1248-0.00010.845-0.03010.02270.43490.00470.429542.344211.369-4.4727
212.06560.3040.06831.6079-0.64821.2285-0.11920.08270.3860.03130.11710.0625-0.4592-0.185600.57260.1366-0.03990.3881-0.00440.510614.696326.632116.4438
220.11580.1537-0.17210.5650.13490.87480.00460.0113-0.03880.070.01360.0691-0.1570.017800.38380.0493-0.01240.382-0.00010.354821.812.1621.0661
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 4:86 )A4 - 86
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 87:259 )A87 - 259
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 260:285 )A260 - 285
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 5:86 )B5 - 86
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 87:285 )B87 - 285
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN C AND RESID 5:17 )C5 - 17
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 18:30 )C18 - 30
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 31:107 )C31 - 107
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 108:186 )C108 - 186
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN C AND RESID 187:238 )C187 - 238
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN C AND RESID 239:261 )C239 - 261
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN D AND RESID 4:30 )D4 - 30
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN D AND RESID 31:128 )D31 - 128
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN D AND RESID 129:222 )D129 - 222
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN D AND RESID 223:258 )D223 - 258
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN D AND RESID 259:285 )D259 - 285
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN E AND RESID 5:65 )E5 - 65
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN E AND RESID 66:159 )E66 - 159
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN E AND RESID 160:241 )E160 - 241
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN E AND RESID 242:285 )E242 - 285
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN F AND RESID 4:107 )F4 - 107
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN F AND RESID 108:285 )F108 - 285

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る