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Yorodumi- PDB-4eml: Synechocystis sp. PCC 6803 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-coenzyme A s... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4eml | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Synechocystis sp. PCC 6803 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-coenzyme A synthase (MenB) in complex with bicarbonate | ||||||
Components | Naphthoate synthase | ||||||
Keywords | LYASE / 1 / 4-dihydroxy-2-naphthoyl-coenzyme A / synthase | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationLyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.043 Å | ||||||
Authors | Song, H.G. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2012Title: Active site binding and catalytic role of bicarbonate in 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl coenzyme A synthases from vitamin K biosynthetic pathways Authors: Sun, Y.R. / Song, H.G. / Li, J. / Jiang, M. / Li, Y. / Zhou, J.H. / Guo, Z.H. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4eml.cif.gz | 633.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4eml.ent.gz | 531 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4eml.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4eml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/4eml | HTTPS FTP |
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-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 30343.508 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: P73495, 1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 958 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-BCT / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-SO4 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.44 Å3/Da / Density % sol: 64.24 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.1 Details: 0.15M ammonium acetate, 0.02M L-proline, 0.1M bis-tris buffer (pH 6.1), 45% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 0.979 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 10, 2011 |
| Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.04→48.62 Å / Num. obs: 155103 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 27.98 Å2 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.043→48.619 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.75 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 38.2836 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.043→48.619 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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