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- PDB-6p4b: HyHEL10 fab variant HyHEL10-4x (heavy chain mutations L4F, Y33H, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p4b
タイトルHyHEL10 fab variant HyHEL10-4x (heavy chain mutations L4F, Y33H, S56N, and Y58F) bound to hen egg lysozyme variant HEL2x-flex (mutations R21Q, R73E, C76S, and C94S)
要素
  • HyHEL10 Fab heavy chain
  • HyHEL10 Fab light chain
  • Lysozyme C
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / HEL2x-flex / HyHEL10-4x / Fab / antigen-antibody / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Immunoglobulin V-Type ...: / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MAb 44B1 light chain / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Langley, D.B. / Christ, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Conformational diversity facilitates antibody mutation trajectories and discrimination between foreign and self-antigens.
著者: Burnett, D.L. / Schofield, P. / Langley, D.B. / Jackson, J. / Bourne, K. / Wilson, E. / Porebski, B.T. / Buckle, A.M. / Brink, R. / Goodnow, C.C. / Christ, D.
履歴
登録2019年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: HyHEL10 Fab light chain
H: HyHEL10 Fab heavy chain
C: Lysozyme C
A: HyHEL10 Fab light chain
B: HyHEL10 Fab heavy chain
D: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,60415
ポリマ－124,2856
非ポリマー3199
水8,233457
1
L: HyHEL10 Fab light chain
H: HyHEL10 Fab heavy chain
C: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,39110
ポリマ－62,1433
非ポリマー2487
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: HyHEL10 Fab light chain
B: HyHEL10 Fab heavy chain
D: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2145
ポリマ－62,1433
非ポリマー712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.397, 65.722, 137.128
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.480, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 HyHEL10 Fab light chain


分子量: 23552.857 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: LC / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0E4B213
#2: 抗体 HyHEL10 Fab heavy chain


分子量: 24347.918 Da / 分子数: 2 / Mutation: L4F, Y33H, S56N, Y58F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14241.885 Da / 分子数: 2 / Mutation: R21Q, R73E, C76S, C94S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM citrate, pH 4.2, 1 M lithium chloride, 11% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→37.25 Å / Num. obs: 107151 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 710161 / Scaling rejects: 47
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.81-1.845.81.3832919750260.4630.6191.5181.394.5
9.89-37.256.40.03544376970.9990.0150.03840.398

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.1 Å37.25 Å
Translation5.1 Å37.25 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3D9A

3d9a


解像度: 1.9→34.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.079 / SU ML: 0.118 / SU R Cruickshank DPI: 0.1599 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.149
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2437 4548 4.9 %RANDOM
Rwork0.2027 ---
obs0.2048 87651 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.36 Å2 / Biso mean: 30.704 Å2 / Biso min: 13.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å20.79 Å2
2---1.08 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→34.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8202 0 9 457 8668
Biso mean--52.46 33.04 -
残基数----1086
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0138515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0177314
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.6411659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3611.57117001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.72151098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54222.636387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.661151247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.6971540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.029729
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021815
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 324 -
Rwork0.266 6440 -
all-6764 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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