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- PDB-6p3b: Crystal structure of the anti-HIV antibody DH501 unmutated common... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p3b
タイトルCrystal structure of the anti-HIV antibody DH501 unmutated common ancestor (UCA)
要素
  • DH501UCA Fab Heavy chain
  • DH501UCA Fab Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Nicely, N.I. / Saunders, K.O.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI120801 米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)UM1-AI100645 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2019
タイトル: Cooperation between somatic mutation and germline-encoded residues enable antibody recognition of HIV-1 envelope glycans.
著者: Wu, N.R. / Nicely, N.I. / Lee, E.M. / Reed, R.K. / Watts, B.E. / Cai, F. / Walkowicz, W.E. / Aussedat, B. / Jones, J.A. / Eaton, A. / Trama, A.M. / Alam, S.M. / Montefiori, D.C. / Haynes, B.F. / Saunders, K.O.
履歴
登録2019年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年1月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DH501UCA Fab Heavy chain
L: DH501UCA Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7273
ポリマ－47,6652
非ポリマー621
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.184, 71.821, 87.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.094, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: 抗体 DH501UCA Fab Heavy chain


分子量: 24691.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH501UCA Fab Light chain


分子量: 22973.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.095 M sodium citrate, pH 5.6, 20% isopropanol, 20% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月9日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→50 Å / Num. obs: 29777 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 39.28 Å2 / CC1/2: 0.968 / Rpim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.375 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.01→2.05 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1161 / CC1/2: 0.838 / Rpim(I) all: 0.321 / % possible all: 75.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 5IIE

5iie


解像度: 2.02→35.92 Å / SU ML: 0.2798 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 32.5195
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2719 1993 6.71 %
Rwork0.2184 --
obs0.2219 29681 95.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 69.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→35.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3210 0 4 100 3314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00283287
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69054484
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0456524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.26281951
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.070.35721110.32161547X-RAY DIFFRACTION74.75
2.07-2.120.33691340.29421863X-RAY DIFFRACTION91.69
2.12-2.180.34351450.28922005X-RAY DIFFRACTION97.24
2.18-2.250.34791460.27442047X-RAY DIFFRACTION98.87
2.25-2.330.34151470.26162043X-RAY DIFFRACTION99.77
2.33-2.430.29721480.25752036X-RAY DIFFRACTION99.32
2.43-2.540.30891480.25862046X-RAY DIFFRACTION99.59
2.54-2.670.33661510.2572086X-RAY DIFFRACTION99.69
2.67-2.840.32091460.24262023X-RAY DIFFRACTION98.95
2.84-3.060.261430.24861990X-RAY DIFFRACTION97.49
3.06-3.370.28971450.22812007X-RAY DIFFRACTION95.81
3.37-3.850.25761400.21371961X-RAY DIFFRACTION95.07
3.85-4.850.23791420.17111967X-RAY DIFFRACTION94.4
4.85-35.920.23471470.18612067X-RAY DIFFRACTION97.4
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.472991204060.8042034932640.2603623894681.09717682776-0.3947369376834.868536883750.07410333835830.8961808806890.396919549868-1.77895877518-0.198120359412-0.193714011144-0.4722611918230.001989213476530.08393779722361.273302347050.1517755802420.09523257190920.6611486251810.1841006573010.441537530437-44.432991020124.351848184397.2116910735
25.42274352518-2.88255377492-0.4893465330724.69049075377-0.05893452594792.28778050202-0.01877024624180.1436331961740.0152772549828-0.19547899306-0.0794341136493-0.796908203730.1561987916760.257193958460.1268195480120.345394119414-0.00832601045795-0.0005804982482760.246954437447-0.007019777124860.563631356223-23.792145928613.8171323925119.670546605
31.845925371231.108055672691.371222702912.01613423191-1.006740776554.177757897020.277935994590.952035470757-0.0782771011431-1.87937588415-0.1984856447930.181099979018-0.25868510434-0.133805653297-0.02536429821261.265117199150.255094354633-0.1539010545190.807641006081-0.1637005026580.478111773176-47.81695447643.0791732735492.81627512
42.10779891910.18576925739-0.4119672871054.106414907661.447478495564.139216124030.0574391588649-0.139112692002-0.3739033535490.0767693090154-0.119840579031-0.439485848167-0.2880139460250.12831590022-0.007764948306690.291563216142-0.00777096622906-0.08520539029910.3148241714630.02086287107410.587651506066-31.43858721581.73475012073127.62537342
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 2 through 112 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 113 through 213 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 2 through 108 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 109 through 209 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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