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- PDB-6p2l: Crystal structure of Niastella koreensis GH74 (NkGH74) enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p2l
タイトルCrystal structure of Niastella koreensis GH74 (NkGH74) enzyme
要素Glycosyl hydrolase BNR repeat-containing protein
キーワードHYDROLASE / glycosyl hydrolase / GH74 / xyloglucanase / 7-fold beta-propeller
機能・相同性YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / hydrolase activity / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta / Glycosyl hydrolase BNR repeat-containing protein
機能・相同性情報
生物種Niastella koreensis
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Skarina, T. / Arnal, G. / Brumer, H. / Savchenko, A.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)Industrial Biocatalysis Network カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Substrate specificity, regiospecificity, and processivity in glycoside hydrolase family 74.
著者: Arnal, G. / Stogios, P.J. / Asohan, J. / Attia, M.A. / Skarina, T. / Viborg, A.H. / Henrissat, B. / Savchenko, A. / Brumer, H.
履歴
登録2019年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyl hydrolase BNR repeat-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,46930
ポリマ－73,2241
非ポリマー3,24529
水26,1761453
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.869, 119.096, 127.043
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1288-

HOH

21A-2174-

HOH

31A-2434-

HOH

41A-2551-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glycosyl hydrolase BNR repeat-containing protein


分子量: 73224.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Niastella koreensis (strain DSM 17620 / KACC 11465 / GR20-10) (バクテリア)
株: DSM 17620 / KACC 11465 / GR20-10 / 遺伝子: Niako_1751 / Variant: DSM 17620 / KACC 11465 / GR20-10 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8TAF2
#2: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-galactopyranose-(1-2)-alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1225.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4[DGalpb1-2DXylpa1-6]DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,8,7/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-2-2-3-3-3-4/a4-b1_b4-c1_b6-g1_c4-d1_c6-f1_d6-e1_g2-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{[(2+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1062.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-6DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4[DXylpa1-6]DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-1-1-1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_b6-g1_c4-d1_c6-f1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1 M ammonium sulfate, 1 M sodium chloride, 0.1 M bis-Tris propane pH 7, xyloglucan mixture

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→30 Å / Num. obs: 274214 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.08→1.1 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.825 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 13277 / CC1/2: 0.605 / Rpim(I) all: 0.447 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15_3448: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MGL

6mgl


解像度: 1.08→29.128 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1397 1916 0.73 %RANDOM
Rwork0.1185 ---
obs0.1187 262890 94.15 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→29.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5069 0 182 1453 6704
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085490
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1127551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.481836
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096884
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008957
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.08-1.10560.24761300.238615989X-RAY DIFFRACTION82
1.1056-1.13550.2191050.198117076X-RAY DIFFRACTION87
1.1355-1.16890.18261390.176817475X-RAY DIFFRACTION89
1.1689-1.20670.1531300.167617693X-RAY DIFFRACTION90
1.2067-1.24980.18561410.1617928X-RAY DIFFRACTION91
1.2498-1.29980.15551310.149518296X-RAY DIFFRACTION93
1.2998-1.3590.16121240.142718640X-RAY DIFFRACTION95
1.359-1.43060.14811460.132818946X-RAY DIFFRACTION96
1.4306-1.52020.14771460.121519309X-RAY DIFFRACTION98
1.5202-1.63760.12561370.114519518X-RAY DIFFRACTION99
1.6376-1.80240.14331510.111219676X-RAY DIFFRACTION99
1.8024-2.06310.13521360.097719890X-RAY DIFFRACTION100
2.0631-2.59910.10681520.095620008X-RAY DIFFRACTION100
2.5991-29.13820.1261480.097920530X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1923-0.0114-0.01780.3290.1260.3176-0.00290.0076-0.02060.00310.0168-0.0121-0.00270.0205-0.01340.0543-0.0041-0.00710.0555-0.00460.068.888656.936837.3682
20.3060.17680.35431.07210.78931.3037-0.02820.0295-0.0002-0.1907-0.00260.0568-0.15150.0260.03250.0975-0.00240.00060.0666-0.01070.080112.891846.51644.7016
30.26530.27920.16871.1161-0.40131.71-0.03180.00330.0283-0.1057-0.04060.0973-0.0364-0.06580.06060.06330.01-0.01460.0644-0.03380.09542.9626.26491.7377
40.7261-1.2512-1.21053.14650.97353.25840.17130.3146-0.3217-0.1204-0.1426-0.32240.220.2630.00650.09240.01950.00510.1065-0.04580.212323.081922.76247.0725
50.5904-0.1152-0.29061.3080.30990.96770.00260.0013-0.05330.05370.0056-0.11820.0650.041-0.00230.05770.0011-0.01980.0576-0.02060.08816.084328.543517.428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 35:403)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 404:533)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 534:636)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 637:646)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 647:719)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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