PDB-6p2e: Structure of Aedes aegypti OBP22 in the complex with benzaldehyde

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p2e

タイトル

Structure of Aedes aegypti OBP22 in the complex with benzaldehyde

要素

OBP22, AAEL005772-PA

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Odorant binding protein / Chemo-sensory signaling

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / sensory perception of smell / lipid binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Aedes aegypti (ネッタイシマカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Jones, D.N. / Murphy, E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Aedes aegypti Odorant Binding Protein 22 selectively binds fatty acids through a conformational change in its C-terminal tail.
著者: Wang, J. / Murphy, E.J. / Nix, J.C. / Jones, D.N.M.

履歴

登録	2019年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p2e.cif.gz	66.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p2e.ent.gz	48.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p2e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6p2e_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6p2e_full_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示
XML形式データ	6p2e_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	6p2e_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/6p2e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nbnC 6og0C 6oghC 6oiiC 6omwC 6opbC 6otlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6opb-3 6opb-6 6opb-8 6s45-d 5hff-d 6tcc-d 6omw-7 7a4t-1 5hfc-d 2ll8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OBP22, AAEL005772-PA

ヘテロ分子

14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, NMR relaxation experiments establish the overall correlation time is consistent with the presence of a monomeric species in solution. The dimeric form appears to be ...根拠: assay for oligomerization, NMR relaxation experiments establish the overall correlation time is consistent with the presence of a monomeric species in solution. The dimeric form appears to be a crystallization artifact.

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.934, 86.934, 58.515
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-205- SO4
2	1	A-308- HOH
3	1	A-341- HOH

#1: タンパク質	OBP22, AAEL005772-PA / Odorant binding protein 分子量: 14400.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ) 組織: Antennal cDNA / 遺伝子: 5567053, AAEL005772 / プラスミド: pET13a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1HRL7
#2: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID 分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.4 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, 0.2M sodium potassium tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2013年9月13日 / 詳細: Rosenbaum-Rock monochromator
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→35 Å / Num. obs: 40781 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 30.72 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.01588 / R_pim(I) all: 0.01588 / R_rim(I) all: 0.02246 / Net I/σ(I): 25.63
反射シェル	解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.2494 / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / Num. unique obs: 2001 / CC_1/2: 0.889 / R_pim(I) all: 0.2494 / R_rim(I) all: 0.3528 / % possible all: 99.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: OBP22 structure solved by tantalum SAD

解像度: 1.9→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.269 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20013	1997	9.8 %	RANDOM
R_work	0.18294	-	-	-
obs	0.18464	18421	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.491 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	990	0	31	110	1131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	1015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.132	1.638	1472
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.395	1.591	2314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.327	5	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.987	23.387	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.661	15	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.353	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	268
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.26	3.21	509
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.263	3.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.39	4.785	642
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.387	4.798	643
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.15	3.632	577
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.123	3.584	570
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.973	5.22	818
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.585	38.475	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.582	38.484	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.898→1.947 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	141	-
R_work	0.255	1322	-
obs	-	-	97.99 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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