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万見
- PDB-2ll8: Solution NMR structure of the specialized holo-acyl carrier prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ll8
タイトルSolution NMR structure of the specialized holo-acyl carrier protein RPA2022 from Rhodopseudomonas palustris refined with NH RDCs, Northeast Structural Genomics Consortium Target RpR324
要素Specialized acyl carrier protein
キーワードTRANSFERASE / holo / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid A biosynthetic process / acyl binding / acyl carrier activity / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
ACP-like / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Acyl carrier protein (ACP) / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / Acyl carrier protein AcpXL
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ramelot, T.A. / Ni, S. / Rossi, P. / Yang, Y. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Janjua, H. / Nair, R. / Roset, B. ...Ramelot, T.A. / Ni, S. / Rossi, P. / Yang, Y. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Maglaqui, M. / Janjua, H. / Nair, R. / Roset, B. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structure of a specialized acyl carrier protein essential for lipid A biosynthesis with very long-chain fatty acids in open and closed conformations.
著者: Ramelot, T.A. / Rossi, P. / Forouhar, F. / Lee, H.W. / Yang, Y. / Ni, S. / Unser, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Prestegard, J.H. / Hunt, J.F. / ...著者: Ramelot, T.A. / Rossi, P. / Forouhar, F. / Lee, H.W. / Yang, Y. / Ni, S. / Unser, S. / Lew, S. / Seetharaman, J. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Everett, J.K. / Prestegard, J.H. / Hunt, J.F. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2011年10月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.22012年12月5日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Specialized acyl carrier protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,6682
ポリマ－11,3101
非ポリマー3581
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Specialized acyl carrier protein


分子量: 11309.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
遺伝子: RPA2022 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6N882
#2: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1432D 1H-15N HSQC
1532D 1H-13C HSQC
1622D 1H-13C HSQC-CT
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY aliph
1913D HNCO
11013D HN(CA)CB
11113D CBCA(CO)NH
11213D 1H-13C NOESY arom
11313D HN(CO)CA
11413D HBHA(CO)NH
11513D C(CCO)NH
11633D (H)CCH-COSY
11713D (H)CCH-TOCSY
11833D CCH-TOCSY
11934D CC-NOESY
12012D 1H-13C HSQC aromatic
12122D 1H-15N hetNOE
12222D 1H-15N HSQC His

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM U-100% 15N and 5% 13C biosynthetically directed protein, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 10 mM DTT, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMprotein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES-21
200 mMsodium chloride-31
5 mMcalcium chloride-41
0.02 %sodium azide-51
10 mMDTT-61
1.0 mMprotein-7U-100% 15N and 5% 13C biosynthetically directed2
20 mMMES-82
200 mMsodium chloride-92
5 mMcalcium chloride-102
10 mMDTT-112
0.02 %sodium azide-122
1.0 mMprotein-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMMES-143
200 mMsodium chloride-153
5 mMcalcium chloride-163
0.02 %sodium azide-173
10 mMDTT-183
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker Avance IIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2008Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin2.1.4Bruker Biospincollection
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.25Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Sparky3.113Goddardデータ解析
PSVS1.4Bhattacharya and Montelione精密化
AutoAssign2.3Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
PdbStat5.4(PdbStat)-Roberto Tejero and Gaetano T. Montelione構造決定
PINE Server1Bahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift autoassignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
FMCGUIAlex Lemak, University of Toronto精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CNS water refinement + RDCs
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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