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万見
- PDB-2joi: NMR solution structure of hypothetical protein TA0095 from Thermo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2joi
タイトルNMR solution structure of hypothetical protein TA0095 from Thermoplasma acidophilum
要素Hypothetical protein Ta0095
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / protein / Thermoplasma acidophilum / COG4004 orthologous group / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性TATA-Binding Protein - #190 / Uncharacterised conserved protein UCP022080 / Domain of unknown function DUF5611 / Domain of unknown function (DUF5611) / TATA-Binding Protein / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DUF5611 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Jimenez, M. / Leon, E. / Santoro, J. / Rico, M. / Yee, A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Solution structure of the hypothetical protein TA0095 from Thermoplasma acidophilum: A novel superfamily with a two-layer sandwich architecture
著者: Leon, E. / Yee, A. / Ortiz, A.R. / Santoro, J. / Rico, M. / Jimenez, M.A.
履歴
登録2007年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_database_status
Item: _pdbx_database_status.deposit_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein Ta0095


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5961
ポリマ－13,5961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein Ta0095


分子量: 13596.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HLX9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1512D 1H-15N HSQC
1613D HACANH
2722D 1H-15N HSQC
2823D 1H-15N NOESY
2923D HNHA
21022D 1H-15N HSQC
21123D 1H-15N TOCSY
21223D 1H-15N NOESY
21332D 1H-1H COSY
21432D 1H-1H TOCSY
21532D 1H-1H NOESY
21642D 1H-1H COSY
21742D 1H-1H TOCSY
21842D 1H-1H NOESY
21942D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-13C; U-15N] H6TA0095, 450 mM sodium chloride, 25 mM sodium phosphate, 10 mM DTT, 10 mM Zn chloride, 0.1-0.5 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 15N] H6TA0095, 0.5-1.0 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM H6TA0095, 0.5-1.0 mM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41 mM H6TA0095, 0.5-1.0 mM DSS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMH6TA0095[U-13C; U-15N]1
450 mMsodium chloride1
25 mMsodium phosphate1
10 mMDTT1
10 mMZn chloride1
0.1 mMDSS1
1 mMH6TA0095[U-100% 15N]2
0.5 mMDSS2
1 mMH6TA00953
0.5 mMDSS3
1 mMH6TA00954
0.5 mMDSS4
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.56.5ambient 298 K
206.5ambient 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SparkyGoddardデータ解析
CYANA1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
TopSpinBruker Biospin解析
CYANA1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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