PDB-6p1c: Transcription antitermination factor Q21, SeMet-derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6p1c

タイトル

Transcription antitermination factor Q21, SeMet-derivative

要素

Q protein

キーワード

GENE REGULATION / RNA polymerase / DNA Binding / transcription / Q-dependent antitermination / Q antitermination factor

機能・相同性

Bacteriophage 933W, GpQ / Phage antitermination protein Q / negative regulation of termination of DNA-templated transcription / DNA binding / Q protein

機能・相同性情報

生物種

Phage 21 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.005 Å

データ登録者

Yin, Z. / Ebright, R.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Structural basis of Q-dependent antitermination.
著者: Zhou Yin / Jason T Kaelber / Richard H Ebright /

要旨: Lambdoid bacteriophage Q protein mediates the switch from middle to late bacteriophage gene expression by enabling RNA polymerase (RNAP) to read through transcription terminators preceding ...

履歴

登録	2019年5月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年9月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6p1c.cif.gz	103 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6p1c.ent.gz	80.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6p1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/6p1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/6p1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	20233C 20234C 6p18C 6p19C 6p1aC 6p1bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4r5u-d 2jv0-d 2l5c-d 1p3r-2 2wcc-d 5lfi-d 2ghu-3 1914-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Q protein

ヘテロ分子

19.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.466, 88.595, 31.186
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Q protein 分子量: 19043.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Phage 21 (ファージ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XJQ6
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 8000 100 mM HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.987 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.987 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 11573 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.2 % / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.018 / R_rim(I) all: 0.062 / Χ²: 0.927 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 140779

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2-2.03	12.6	1.107	563	0.825	0.319	1.153	1.007	100
2.03-2.07	12.5	0.96	576	0.879	0.279	1	1.001	99.8
2.07-2.11	12.4	0.815	562	0.911	0.236	0.85	0.951	100
2.11-2.15	12.5	0.594	557	0.955	0.172	0.619	0.918	99.6
2.15-2.2	12.1	0.471	564	0.963	0.138	0.491	0.889	100
2.2-2.25	11.8	0.391	573	0.964	0.116	0.408	0.953	99.1
2.25-2.31	10.9	0.288	565	0.972	0.089	0.302	0.885	99.8
2.31-2.37	13.1	0.253	562	0.987	0.071	0.263	0.899	100
2.37-2.44	12.9	0.212	568	0.987	0.061	0.221	0.852	100
2.44-2.52	12.8	0.175	578	0.989	0.05	0.182	0.851	100
2.52-2.61	12.2	0.143	582	0.993	0.042	0.149	0.852	100
2.61-2.71	12.2	0.11	560	0.995	0.032	0.115	0.855	100
2.71-2.84	11	0.076	588	0.995	0.023	0.08	0.842	99.2
2.84-2.99	12.9	0.068	559	0.996	0.019	0.07	0.895	100
2.99-3.17	12.7	0.052	584	0.997	0.015	0.054	0.905	100
3.17-3.42	12.4	0.04	586	0.998	0.012	0.042	0.931	100
3.42-3.76	11.4	0.03	585	0.998	0.009	0.031	0.938	99
3.76-4.31	12.6	0.03	595	0.998	0.009	0.031	1.066	100
4.31-5.43	11.4	0.028	605	0.998	0.008	0.029	1.032	98.9
5.43-50	11.1	0.025	661	0.998	0.008	0.026	1.014	99

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.005→44.297 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2359	2046	10.01 %
R_work	0.1967	-	-
obs	0.2007	11457	95.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 155.89 Å² / B_iso mean: 42.1733 Å² / B_iso min: 9.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.005→44.297 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1190	0	1	55	1246
B_iso mean	-	-	48.23	35.92	-
残基数	-	-	-	-	150

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0051-2.0517	0.2789	109	0.2347	905	1014	68
2.0517-2.103	0.2964	116	0.2441	1027	1143	82
2.103-2.1599	0.2216	131	0.2129	1164	1295	91
2.1599-2.2234	0.2667	141	0.2124	1290	1431	97
2.2234-2.2952	0.2711	136	0.2084	1211	1347	98
2.2952-2.3772	0.2011	138	0.1992	1294	1432	100
2.3772-2.4724	0.3005	141	0.1971	1289	1430	100
2.4724-2.5849	0.2799	145	0.2063	1291	1436	100
2.5849-2.7212	0.2281	141	0.1983	1238	1379	100
2.7212-2.8916	0.2302	142	0.2038	1270	1412	99
2.8916-3.1149	0.2535	144	0.2066	1305	1449	100
3.1149-3.4282	0.2357	139	0.1978	1280	1419	100
3.4282-3.924	0.2152	146	0.1802	1280	1426	99
3.924-4.9428	0.22	137	0.1659	1267	1404	100
4.9428-44.3083	0.2061	140	0.2017	1274	1414	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5889	0.5705	1.3576	4.0474	0.964	4.3608	-0.0859	-0.1439	-0.6502	0.3873	0.0783	1.2444	0.2289	-0.5883	0.0348	0.2028	-0.0239	0.0685	0.174	-0.0198	0.346	31.4578	13.3481	27.7106
2	4.1219	-1.0362	-2.7328	3.7271	-0.2965	3.6583	-0.2712	-0.5328	0.7215	1.0637	0.1763	-0.8424	-0.3516	1.0088	0.1748	0.3356	-0.0211	-0.185	0.3189	-0.0526	0.4193	45.6763	25.5075	31.1081
3	7.4299	-5.9471	-3.633	4.8565	3.0284	2.3602	-0.2852	-1.9243	0.6079	1.7626	-0.6191	0.3607	-0.0413	-0.1556	0.6315	1.3409	-0.4311	0.1035	0.8871	-0.2139	0.9266	36.3672	32.9678	38.6179
4	5.1338	0.497	-0.881	2.612	0.7123	4.9981	-0.0604	-0.5202	-0.1603	0.8137	0.0819	0.1436	0.1791	-0.2145	0.0174	0.291	0.0473	0.0354	0.1842	-0.003	0.1142	40.4939	16.1526	32.0011
5	6.9436	-1.0056	-2.4369	4.9421	-0.1947	3.5136	-0.1377	0.4404	0.0741	-0.0652	-0.1253	0.2617	-0.4302	-0.0039	-0.3281	0.1174	-0.0139	0.0016	0.1664	0.0056	0.1094	35.6632	25.0522	24.0018
6	1.7855	0.2571	0.95	0.24	0.3035	7.0378	-0.2206	0.2278	0.4155	-0.23	0.2089	0.6463	-1.3533	-0.4343	0.5473	0.3274	0.054	-0.0462	0.197	0.0405	0.3588	25.8475	33.821	23.0347
7	7.0106	-4.4529	-1.9886	4.2833	-0.7433	3.3048	-0.7053	1.0762	1.3083	-1.0078	0.4438	-0.9044	-0.6351	0.7341	1.0144	0.8779	-0.2273	-0.0626	0.8163	0.0524	0.7916	25.9518	36.6363	12.317
8	2.4825	-0.3275	0.4702	1.2112	-0.2636	2.5695	-0.0407	0.205	-0.5683	-0.1654	-0.2237	0.3875	0.822	-0.3371	-0.3561	0.1944	0.0074	-0.1448	0.1716	-0.1549	0.2778	34.9782	12.6758	22.0697

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 28 )	A	6 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 46 )	A	29 - 46
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 51 )	A	47 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 52 through 74 )	A	52 - 74
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 93 )	A	75 - 93
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 94 through 103 )	A	94 - 103
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 104 through 122 )	A	104 - 122
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 123 through 159 )	A	123 - 159

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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