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- PDB-2jv0: SET domain of RIZ1 tumor suppressor (PRDM2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2jv0
タイトルSET domain of RIZ1 tumor suppressor (PRDM2)
要素PR domain zinc finger protein 2
キーワードTRANSCRIPTION / SET domain / PR domain / RIZ1 / PRDM2 / protein lysine methyltransferase / histone lysine methyltransferase / HKMT / Activator / Alternative initiation / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphorylation / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-lysine9 N-trimethyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / determination of adult lifespan / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / methylation / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity ...[histone H3]-lysine9 N-trimethyltransferase / histone H3K9 trimethyltransferase activity / determination of adult lifespan / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / methylation / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
PR domain zinc finger protein 2 / PRDM2, PR/SET domain / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / : / C2H2-type zinc finger / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily ...PR domain zinc finger protein 2 / PRDM2, PR/SET domain / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / : / C2H2-type zinc finger / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PR domain zinc finger protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Briknarova, K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2008
タイトル: Structural studies of the SET domain from RIZ1 tumor suppressor
著者: Briknarova, K. / Zhou, X. / Satterthwait, A. / Hoyt, D.W. / Ely, K.R. / Huang, S.
履歴
登録2007年9月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references / Derived calculations / Non-polymer description
改定 1.32021年10月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PR domain zinc finger protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5251
ポリマ－18,5251
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 PR domain zinc finger protein 2 / PR domain-containing protein 2 / Retinoblastoma protein-interacting zinc finger protein / Zinc ...PR domain-containing protein 2 / Retinoblastoma protein-interacting zinc finger protein / Zinc finger protein RIZ / MTE-binding protein / MTB-ZF / GATA-3-binding protein G3B


分子量: 18524.959 Da / 分子数: 1 / 断片: SET domain residues 1-161 / 変異: N2D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDM2, RIZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13029
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1223D 1H-13C NOESY
1323D 1H-13C aromatic NOESY
1444D 15N,15N NOESY
1533D CBCA(CO)NH
1633D C(CO)NH
1733D HN(CA)CB
1823D H(CCO)NH
1923D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4-1 mM [U-99% 15N] entity_1, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2.5 mM DTT, 0-2 mM EDTA, 0-4.5 mM S-adenosyl-L-homocysteine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity_1, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2.5 mM DTT, 0-2 mM EDTA, 0-4.5 mM S-adenosyl-L-homocysteine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5-1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N; 80% 2H] entity_1, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2.5 mM DTT, 1-2 mM EDTA, 0-4.5 mM S-adenosyl-L-homocysteine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.9 mM [U-99% 15N; 80% 2H] entity_1, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2.5 mM DTT, 1-2 mM EDTA, 4.5 mM S-adenosyl-L-homocysteine, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMentity_1[U-99% 15N]0.4-11
20 mMpotassium phosphate1
50 mMpotassium chloride1
2.5 mMDTT1
mMEDTA0-21
mMS-adenosyl-L-homocysteine0-4.51
0.8 mMentity_1[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMpotassium phosphate2
50 mMpotassium chloride2
2.5 mMDTT2
mMEDTA0-22
mMS-adenosyl-L-homocysteine0-4.52
mMentity_1[U-99% 13C; U-99% 15N; 80% 2H]0.5-13
20 mMpotassium phosphate3
50 mMpotassium chloride3
2.5 mMDTT3
mMEDTA1-23
mMS-adenosyl-L-homocysteine0-4.53
0.9 mMentity_1[U-99% 15N; 80% 2H]4
20 mMpotassium phosphate4
50 mMpotassium chloride4
2.5 mMDTT4
mMEDTA1-24
4.5 mMS-adenosyl-L-homocysteine4
試料状態イオン強度: 0.082 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
FelixAccelrys Software Inc.chemical shift assignment
FelixAccelrys Software Inc.データ解析
FelixAccelrys Software Inc.解析
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
X-PLOR NIH2.13Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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