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- PDB-6p0q: Crystal Structure of Ubiquitin-like Domain of Human WDR12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p0q
タイトルCrystal Structure of Ubiquitin-like Domain of Human WDR12
要素Ribosome biogenesis protein WDR12
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Ubiquitin-like Domain / WDR12 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


PeBoW complex / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / preribosome, large subunit precursor / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / ribonucleoprotein complex binding / Notch signaling pathway / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / regulation of cell cycle / nucleolus / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
WD repeat WDR12/Ytm1 / NLE / NLE (NUC135) domain / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats ...WD repeat WDR12/Ytm1 / NLE / NLE (NUC135) domain / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosome biogenesis protein WDR12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Halabelian, L. / Dong, A. / Zeng, H. / Li, Y. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Ubiquitin-like Domain of Human WDR12
著者: Halabelian, L. / Dong, A. / Zeng, H. / Li, Y. / Bountra, C. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2019年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome biogenesis protein WDR12
B: Ribosome biogenesis protein WDR12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5427
ポリマ－22,2312
非ポリマー3105
水3,837213
1
A: Ribosome biogenesis protein WDR12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2403
ポリマ－11,1161
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ribosome biogenesis protein WDR12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3024
ポリマ－11,1161
非ポリマー1863
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.197, 50.910, 47.811
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribosome biogenesis protein WDR12 / WD repeat-containing protein 12


分子量: 11115.585 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR12 / プラスミド: pNIC-CTHO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZL7
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.32 % / Mosaicity: 0.724 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 2.5M NH4SO4, 0.1M NaOAc pH4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 20767 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.084 / Χ2: 1.31 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 117773
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.72-1.7530.4388080.8160.2690.5180.87778.4
1.75-1.783.90.419940.8280.2250.471.02294.8
1.78-1.8250.42510360.8610.2090.4751.01199.4
1.82-1.855.50.35110420.9130.1650.3890.938100
1.85-1.895.80.27810400.9450.1270.3070.993100
1.89-1.945.80.22710630.9690.1040.250.981100
1.94-1.995.90.20110500.9720.0910.2211.009100
1.99-2.045.90.1610450.9830.0720.1761.092100
2.04-2.15.90.13210360.9880.0590.1451.15100
2.1-2.175.90.12110710.990.0550.1331.165100
2.17-2.2460.10310350.9930.0460.1141.191100
2.24-2.3360.10210540.9930.0460.1121.272100
2.33-2.4460.09310440.9930.0420.1021.273100
2.44-2.5760.08410650.9950.0380.0931.302100
2.57-2.736.10.07910500.9960.0350.0861.434100
2.73-2.946.10.06710540.9960.030.0731.447100
2.94-3.246.10.05410530.9980.0240.0591.559100
3.24-3.716.10.04810680.9980.0210.0521.936100
3.71-4.676.10.04310770.9980.0190.0482.16599.8
4.67-505.70.0410820.9990.0180.0441.76499.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.72 Å23.84 Å
Translation1.72 Å23.84 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DTC

5dtc


解像度: 1.72→23.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 2.234 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.119
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2229 1073 5.2 %RANDOM
Rwork0.1743 ---
obs0.1767 19675 98.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 52.77 Å2 / Biso mean: 14.779 Å2 / Biso min: 5.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20.02 Å2
2--0.37 Å20 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.72→23.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1520 0 20 219 1759
Biso mean--29.71 24.2 -
残基数----186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0131630
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.6462204
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3531.5713396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5775198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.33325.21792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.50415286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.381154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02326
LS精密化 シェル解像度: 1.721→1.766 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 56 -
Rwork0.298 1217 -
all-1273 -
obs--82.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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