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- PDB-6p08: Ternary structure of the E52D mutant of ANT-4'' with Neomycin, AM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p08
タイトルTernary structure of the E52D mutant of ANT-4'' with Neomycin, AMP and Pyrophosphate
要素Kanamycin nucleotidyltransferase
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / Aminoglycoside nucelotidyl transferase (ANT) / Aminoglycoside modifying enzymes (AGMEs) / DNA polymerase / ANTIBIOTIC / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Kanamycin nucleotidyltransferase, C-terminal / KNTase C-terminal domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / NEOMYCIN / PYROPHOSPHATE / Aminoglycoside nucleotidyltransferase (4')
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Selvaraj, B. / Cuneo, M.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: "Catch and Release": a Variation of the Archetypal Nucleotidyl Transfer Reaction
著者: Selvaraj, B. / Kocaman, S. / Trifas, M. / Serpersu, E.H. / Cuneo, M.J.
履歴
登録2019年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kanamycin nucleotidyltransferase
D: Kanamycin nucleotidyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,62112
ポリマ－58,2442
非ポリマー2,37710
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10310 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.750, 99.300, 101.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Kanamycin nucleotidyltransferase


分子量: 29121.855 Da / 分子数: 2 / 変異: E52D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus sp. (バクテリア) / 遺伝子: knt, kan
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: P05058, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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非ポリマー , 5種, 238分子

#2: 化合物 ChemComp-NMY / NEOMYCIN / MYCIFRADIN / NEOMAS / PIMAVECORT / VONAMYCIN / ネオマイシンB


分子量: 614.644 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H46N6O13 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸


分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 18% PEG 8K, 0.1 M Tris pH 8.0, 0.1 M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→49.65 Å / Num. obs: 30558 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.134 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.27→2.3 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 2512 / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.243 / Rrim(I) all: 0.476 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KNY

1kny


解像度: 2.27→49.65 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2246 1424 5.08 %
Rwork0.1944 --
obs0.196 30482 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→49.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4036 0 150 228 4414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064316
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9935874
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.843430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079658
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.27110.28991280.24022496X-RAY DIFFRACTION94
2.2711-2.35220.27351320.23312532X-RAY DIFFRACTION96
2.3522-2.44640.26681400.22772548X-RAY DIFFRACTION96
2.4464-2.55770.27361320.22132540X-RAY DIFFRACTION95
2.5577-2.69260.28121280.21742594X-RAY DIFFRACTION96
2.6926-2.86130.2311300.22812607X-RAY DIFFRACTION97
2.8613-3.08220.27971630.2222654X-RAY DIFFRACTION99
3.0822-3.39230.24961130.20332693X-RAY DIFFRACTION99
3.3923-3.8830.20911690.17972689X-RAY DIFFRACTION100
3.883-4.89150.1651630.15492724X-RAY DIFFRACTION99
4.8915-49.66260.1841510.16322856X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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