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- PDB-6ozk: Crystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ozk
タイトルCrystal structure of Mus musculus (Mm) Endonuclease V in complex with a 23mer RNA oligo containing an inosine after 68h soak in Ca2+
要素
  • DNA/RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')
  • Endonuclease V
キーワードHYDROLASE / Nucleic acid hydrolysis / RNA recognition / metal ion dependent catalysis / DNA damage / adenosine deamination
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / cytoplasmic stress granule / single-stranded RNA binding / DNA repair / nucleolus / magnesium ion binding / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Endonuclease V / Endonuclease V / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 fold / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / L(+)-TARTARIC ACID / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) / Endonuclease V
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者Samara, N.L. / Yang, W.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Evolution of Inosine-Specific Endonuclease V from Bacterial DNase to Eukaryotic RNase.
著者: Wu, J. / Samara, N.L. / Kuraoka, I. / Yang, W.
履歴
登録2019年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease V
B: Endonuclease V
C: DNA/RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')
D: DNA/RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,63719
ポリマ－69,2044
非ポリマー1,43315
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8770 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area24780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.823, 73.012, 155.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain D and resseq 10:23)
21(chain C and resseq 10:23)
12(chain A and ((resid 7 and (name O or name...
22(chain B and (resseq 7:11 or resseq 13:14 or resseq...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111DIDIUU(chain D and resseq 10:23)DD10 - 2310 - 23
211DIDIUU(chain C and resseq 10:23)CC10 - 2310 - 23
112GLUGLUGLUGLU(chain A and ((resid 7 and (name O or name...AA72
122GLUGLUALAALA(chain A and ((resid 7 and (name O or name...AA7 - 2512 - 246
132GLUGLUALAALA(chain A and ((resid 7 and (name O or name...AA7 - 2512 - 246
142GLUGLUALAALA(chain A and ((resid 7 and (name O or name...AA7 - 2512 - 246
152GLUGLUALAALA(chain A and ((resid 7 and (name O or name...AA7 - 2512 - 246
212GLUGLUGLUGLU(chain B and (resseq 7:11 or resseq 13:14 or resseq...BB7 - 112 - 6
222THRTHRLEULEU(chain B and (resseq 7:11 or resseq 13:14 or resseq...BB13 - 148 - 9
232LEULEUALAALA(chain B and (resseq 7:11 or resseq 13:14 or resseq...BB16 - 2211 - 17
242LEULEUVALVAL(chain B and (resseq 7:11 or resseq 13:14 or resseq...BB24 - 5319 - 48
252ALAALAALAALA(chain B and (resseq 7:11 or resseq 13:14 or resseq...BB6 - 2511 - 246
262ALAALAALAALA(chain B and (resseq 7:11 or resseq 13:14 or resseq...BB6 - 2511 - 246
272ALAALAALAALA(chain B and (resseq 7:11 or resseq 13:14 or resseq...BB6 - 2511 - 246
282ALAALAALAALA(chain B and (resseq 7:11 or resseq 13:14 or resseq...BB6 - 2511 - 246
292ALAALAALAALA(chain B and (resseq 7:11 or resseq 13:14 or resseq...BB6 - 2511 - 246

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Endonuclease V


分子量: 27308.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Endov / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8C9A2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (5'-R(P*CP*GP*GP*UP*AP*AP*CP*CP*C)-D(P*I)-R(P*AP*UP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*AP*UP*U)-3')


分子量: 7293.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 160分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#7: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium sodium tartrate, 20-25% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月4日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.98 Å / Num. obs: 45195 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 37.69 Å2 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 45195
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 1 % / Num. unique obs: 2689 / % possible all: 69

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.15データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.104→35.537 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.79 / 位相誤差: 24.56
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2143 4253 4.95 %
Rwork0.1768 --
obs0.1787 45111 93.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.13 Å2 / Biso mean: 54.8646 Å2 / Biso min: 26.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.104→35.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3805 630 88 145 4668
Biso mean--65.73 50.63 -
残基数----520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074732
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9726540
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054769
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005734
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4212794
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11D306X-RAY DIFFRACTION6.244TORSIONAL
12C306X-RAY DIFFRACTION6.244TORSIONAL
21A1934X-RAY DIFFRACTION6.244TORSIONAL
22B1934X-RAY DIFFRACTION6.244TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1038-2.12770.3544950.29491822191763
2.1277-2.15280.32191300.27962103223373
2.1528-2.1790.27621300.26712162229274
2.179-2.20660.30421090.25462296240580
2.2066-2.23560.24921090.25332308241779
2.2356-2.26620.27321110.23412390250182
2.2662-2.29860.25581380.2472489262786
2.2986-2.33290.28061400.25072667280792
2.3329-2.36940.28991500.24912713286395
2.3694-2.40820.29481370.23332828296598
2.4082-2.44970.28711400.21092936307699
2.4497-2.49420.23571650.20212841300699
2.4942-2.54220.23861330.19462886301999
2.5422-2.59410.21371540.187429073061100
2.5941-2.65050.20641710.188628763047100
2.6505-2.71210.18851380.193328893027100
2.7121-2.77990.27621000.20062952305299
2.7799-2.8550.25861440.214228923036100
2.855-2.9390.25051750.198928533028100
2.939-3.03380.24091310.202829173048100
3.0338-3.14220.22681610.183328583019100
3.1422-3.26790.22571530.18129153068100
3.2679-3.41650.21191280.174929253053100
3.4165-3.59650.18151650.16228663031100
3.5965-3.82160.1971650.160428853050100
3.8216-4.11630.20591560.149528813037100
4.1163-4.52970.18941550.132129193074100
4.5297-5.18350.16911110.133129333044100
5.1835-6.5240.18881630.167128793042100
6.524-35.54160.19011960.16112803299998
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.13874.9179-3.91946.2519-3.44214.3054-0.2132-0.1175-0.3247-0.0984-0.0682-0.42710.20880.03440.2840.43210.03250.00730.19-0.08160.168436.50841.151444.6037
23.8028-0.0973-1.28751.2119-0.49082.4756-0.11230.36740.5916-0.43360.16290.0644-0.2841-0.2714-0.11020.587-0.0013-0.05470.30540.01310.318124.20139.311538.4723
34.9183-0.1401-1.83341.26880.12852.5272-0.02690.00430.3009-0.03670.0975-0.059-0.0078-0.1438-0.03320.48080.00880.01070.24260.01220.253130.58711.747343.6607
42.4095-0.71870.70142.88930.33662.7773-0.00840.2968-0.0552-0.59410.0192-0.00960.3433-0.1488-0.00820.6528-0.05950.01160.27230.02160.242727.8111-8.21633.5989
57.0191-3.6931-2.69946.85424.88117.3991-0.19560.1684-0.0926-0.1055-0.38730.91230.2061-0.59280.63660.4395-0.0547-0.03530.2910.07360.3988-0.75253.2429-10.0689
66.8146-2.3338-2.75157.4284.90843.5826-0.1648-0.71150.51390.74230.12190.05540.2018-0.06970.0510.58020.1087-0.04310.45380.00430.25212.81099.47571.0942
74.68431.8568-0.14342.95480.99013.6336-0.0672-0.47580.79880.37490.2203-0.1576-0.09690.4839-0.13470.60230.0379-0.07140.38770.05450.193311.86278.0592-1.8832
82.7363-1.01681.17043.58771.28492.47390.221-0.64290.90060.02530.095-0.0345-1.0650.3977-0.43530.55620.0161-0.09850.3426-0.03330.33629.331912.992-7.4153
99.08180.2698-2.72582.6560.15373.4713-0.0801-0.15210.17430.19380.06240.220.17170.01090.03990.44710.0192-0.02720.2439-0.00880.23414.72862.9851-8.4966
105.7281.0837-1.58044.1426-1.13196.2252-0.0864-0.5677-0.86661.06620.10560.62931.1496-0.2946-0.07591.0457-0.11120.21370.5290.09140.5231-0.6111-12.35514.4762
115.5563-2.47873.94526.8979-2.58247.1102-0.0107-0.228-0.3420.32280.0175-0.03650.77050.1449-0.04640.52010.00430.03540.28150.05230.24858.4067-7.5845-5.0918
123.81672.15352.27648.52987.27248.7831-0.12770.09250.39631.60380.0074-0.1729-0.11180.79420.05720.8323-0.0093-0.15740.5090.04140.343418.73697.03534.7353
133.88740.63053.9362.30360.35615.2647-0.24680.10710.3412-0.2481-0.06410.2738-0.1634-0.06160.30650.56570.0396-0.00330.3678-0.02080.314219.1052-0.158319.6137
141.9322-1.59893.2272.9124-2.13198.71390.0074-0.09450.2662-0.0219-0.0565-0.1483-0.2441-0.2841-0.03090.5364-0.0630.00130.37540.01120.299914.78520.022716.1388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 46 )A7 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 114 )A47 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 154 )A115 - 154
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 155 through 251 )A155 - 251
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 6 through 46 )B6 - 46
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 47 through 71 )B47 - 71
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 72 through 95 )B72 - 95
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 96 through 114 )B96 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 115 through 154 )B115 - 154
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 155 through 206 )B155 - 206
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 207 through 233 )B207 - 233
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 234 through 251 )B234 - 251
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 9 through 23 )C9 - 23
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 9 through 23 )D9 - 23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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