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万見
- PDB-6ovc: hMcl1 inhibitor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ovc
タイトルhMcl1 inhibitor complex
要素Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
キーワードAPOPTOSIS/INHIBITOR / inhibitor / Mcl1 small molecule complex / APOPTOSIS / APOPTOSIS-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand ...positive regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cell fate determination / cellular homeostasis / mitochondrial fusion / Bcl-2 family protein complex / BH3 domain binding / negative regulation of anoikis / protein transmembrane transporter activity / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / negative regulation of autophagy / release of cytochrome c from mitochondria / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / positive regulation of neuron apoptotic process / channel activity / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family ...Apoptosis regulator, Mcl-1 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-N8J / Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Poppe, L.
引用ジャーナル: Cancer Discov / 年: 2018
タイトル: AMG 176, a Selective MCL1 Inhibitor, Is Effective in Hematologic Cancer Models Alone and in Combination with Established Therapies.
著者: Caenepeel, S. / Brown, S.P. / Belmontes, B. / Moody, G. / Keegan, K.S. / Chui, D. / Whittington, D.A. / Huang, X. / Poppe, L. / Cheng, A.C. / Cardozo, M. / Houze, J. / Li, Y. / Lucas, B. / ...著者: Caenepeel, S. / Brown, S.P. / Belmontes, B. / Moody, G. / Keegan, K.S. / Chui, D. / Whittington, D.A. / Huang, X. / Poppe, L. / Cheng, A.C. / Cardozo, M. / Houze, J. / Li, Y. / Lucas, B. / Paras, N.A. / Wang, X. / Taygerly, J.P. / Vimolratana, M. / Zancanella, M. / Zhu, L. / Cajulis, E. / Osgood, T. / Sun, J. / Damon, L. / Egan, R.K. / Greninger, P. / McClanaghan, J.D. / Gong, J. / Moujalled, D. / Pomilio, G. / Beltran, P. / Benes, C.H. / Roberts, A.W. / Huang, D.C. / Wei, A. / Canon, J. / Coxon, A. / Hughes, P.E.
履歴
登録2019年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4122
ポリマ－18,8661
非ポリマー5451
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8280 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1 / Bcl-2-like protein 3 / Bcl2-L-3 / Bcl-2-related protein EAT/mcl1 / mcl1/EAT


分子量: 18866.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCL1, BCL2L3 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07820
#2: 化合物 ChemComp-N8J / (2S)-N-(benzylsulfonyl)-4-(cyclobutylmethyl)-2-(2,4-dichlorophenyl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-6-carboxamide


分子量: 545.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H26Cl2N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D X-filtered NOESY
121isotropic12D X filtered NOESY-HSQC
232isotropic12D HSQC-NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] human Mcl1 protein, 0.5 mM small molecule, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O1:1 complex90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] hMcl1 protein, 0.25 mg/L small molecule, 90% H2O/10% D2O2:1 complex90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMhuman Mcl1 protein[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.5 mMsmall moleculenone1
20 mMsodium phosphatenone1
50 mMsodium chloridenone1
0.5 mMhMcl1 protein[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.25 mg/Lsmall moleculenone2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
150 mMconditions_17.41 atm298 K
250 mMconditions_27.41 atm310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3Bruker Biospinデータ解析
MatlabMathWorks, Inc.structure calculation
MOECCG精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
詳細: The author states that the small molecule - protein complex was obtained by ligand-protein NOE constraints docking of a small molecule to a previously obtained NMR structure of the apo form (PDB entry 2MHS).
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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